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jissrain金虫 (小有名气)
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[交流]
[求助]autodock4中电荷的问题
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我刚开始使用autodock4 使用ADT读大分子 小分子的时候 总是提示电荷不是整数，应该怎么处理呢？ 小分子电荷也有问题怎么修改呢？ 另外读进来的Mg总是0价这样对吗？ autodock4和按autodock3加的电荷是一种吗？ 含有Mg这种对接对接的时候是不是需要什么特别的命令呢？ 十分十分感谢！ |
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wjmed
木虫 (正式写手)
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suntao1982(金币+3,VIP+0):欢迎常来计算模拟版!
suntao1982(金币+3,VIP+0):欢迎常来计算模拟版!
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还有金属离子的对接一般比较麻烦，最好参照一下专门的相关文献，特别注意看一下文献中是怎么设置的参数 比如CYP26中的亚铁血红素，关于其参数的问题（其实就是原子类型），已经在j compt chem上发表了两篇文章了。 不应该问“autodock4和按autodock3加的电荷是一种吗？”这种电荷是使用者自己加的，各种可能都有，一般，对于autodock，习惯加极性氢和kollman_uti电荷，这个对autodock3和4都是合适的。 我很多时候也遇到电荷不是整数的问题，现在也没有 很好的解决 不过，不外以下几个原因： 氨基酸残基确实或者不完整； autodock将氢原子和极性原子合并（merge） 用ADT可能会有这种问题，最近triton出了新版本，把autodock4整合在了里边，可以在图形界面进行处理，你可以试试。不过只有linux版本的。 另外，用pmol2q加氢加电荷不错，这个一个很小的免费软件。如果感兴趣，可以给我发邮件。 |
2楼2008-04-01 07:42:10