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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Linux应用 » Gaussian确实跟不上时代发展了，并行不好
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] Gaussian确实跟不上时代发展了，并行不好 已有15人参与

测试机器：
两片E5-2680v2处理器，64G内存，普通SAS硬盘，整个机器是按照DDRIII-1600配起来的，关掉超线程后，共20个计算核心
系统为Centos 6.4

测试题：
一个已经用cam-b3lyp优化好的200多个原子的体系，有氢氧硫碳氮碘锌。基组为6-31G(d)和LanL2DZ混用。现在拿着这个构型在同等水平下，进行单点能计算，很幸运的，两次测试的cycle都是13次。

当使用12核心并行的时候，总CPU时间为33分36秒，平均每核心运行时间2分48秒
当使用20核心并行的时候，总CPU时间为43分32秒，平均每核心运行时间2分11秒

多用的八个核心似乎没有发挥出应有的效能来

现在看来，E5-2643v2，6核心3.5G主频，出厂价1500+美元
对比E5-2690v2,10核心3.0G主频，出厂价2000+美元
如果以高斯为主要工具的话，很明显应该选E5-2643v2而不是E5-2690v2

从这个意义上讲，对于高斯计算来说，E5-2697v2属于昂贵的鸡肋

应该说年前买的一堆E5-2680v2和E5-2650v2的节点都买废了，花钱买教训，可惜了几十万银子。现在看来只能一个节点交两个任务才会比较合理了。

看来以后买cpu，钱少就买E5-2637v2钱多就卖E5-2643v2就好了
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    • 2014-07-04 17:56:28, 14.79 K

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1楼 2014-07-04 14:41:53
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

寒雨人生

铁杆木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
冬哥是来嘚瑟新机器的，鉴定完毕，哈哈

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2014-07-04 14:49:43
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
赤果果的炫富，我一直都在用一个核芯跑计算.....
赞一下(2人) 回复此楼
11楼2014-07-04 18:09:38
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普通回帖

南飞探

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
3楼2014-07-04 14:55:14
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newsong1900

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 寒雨人生 at 2014-07-04 14:49:43
冬哥是来嘚瑟新机器的，鉴定完毕，哈哈

同意
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4楼2014-07-04 14:59:45
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
引用回帖:
2楼: Originally posted by 寒雨人生 at 2014-07-04 14:49:43
冬哥是来嘚瑟新机器的，鉴定完毕，哈哈

好冤，六月雪！
回复此楼
5楼2014-07-04 15:14:16
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yanrding

金虫 (正式写手)
适合算小体系吧。
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华北电力大学（北京）数理学院，计算化学，凝聚态物理。欢迎合作！招硕士/博士研究生，招老师。
6楼2014-07-04 15:27:21
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qwqwqw22

木虫 (小有名气)
哎，真是浪费
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7楼2014-07-04 15:44:07
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寒雨人生

铁杆木虫 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by yjcmwgk at 2014-07-04 15:14:16
好冤，六月雪！...

冬哥，你就表解释了，哈哈

[ 发自小木虫客户端 ]
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8楼2014-07-04 15:46:30
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
有没有测试过别的程序？10核心的E7我们买过，跑啥都不行，虽然我们的问题有可能和主频有关。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
9楼2014-07-04 15:49:18
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黄金比例

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你是怎么并行的？？？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2014-07-04 17:54:55
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