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phage368

新虫 (初入文坛)

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虫号: 536013
注册: 2008-03-30
专业: 微生物学

[交流] 生物信息学网站

NCBI 生物信息学研究工具： http://www.ncbi.nih.gov/Tools/
NCBI 生物信息学研究工具网站由美国国家生物技术信息中心支持。该网站提供了许多程序的链接，内容包括数据挖掘、核酸和蛋白质组分析等。同时，网站还提供了许多相关链接和资源。
欧洲生物信息学研究所： http://www.ebi.ac.uk/
欧洲生物信息学研究所是一个非盈利学术机构，是欧洲分子生物学实验室的一部分。它是生物信息学研究和服务的中心。它所管理生物数据的数据库包括核酸，蛋白质序列和大分子结构。它的使命是保证从分子生物学和基因组研究的日益增长的信息向公众公开，并且对科学研究团体提供任何方面的免费使用，以促进科学发展。
欧洲生物信息学研究所 Ensembl 基因组浏览器： ttp://www.ebi.ac.uk/ensembl/index.html
欧洲生物信息学研究所 Thornton 研究组： http://www.ebi.ac.uk/Thornton/index.html
欧洲生物信息学研究所多序列联配数据库 :
http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/alignment.html
欧洲生物信息学研究所工具箱 :http://www.ebi.ac.uk/Tools/
欧洲生物信息学研究所核酸数据库 :http://www.ebi.ac.uk/Databases/nucleotide.html
欧洲生物信息学研究所计算基因组研究组 :http://www.ebi.ac.uk/research/CGG/index.html
欧洲生物信息学研究所完整基因组数据库 :http://www.ebi.ac.uk/genomes/
欧洲生物信息学研究所序列数据库研究组 :http://www.ebi.ac.uk/seqdb/index.html
Brutlag 生物信息学研究组： http://motif.stanford.edu/
Brutlag 生物信息学研究组是斯坦福大学的一个研究团体，主要研究从蛋白质一级结构预测蛋白质结构和功能，其开发了 EMOTIF 、 EMATRIX 和 3MOTIF 软件应用于非鉴定的基因组序列的功能确定，另外还开发了 LOCK 和 3DSEARCH 软件用于比较蛋白质结构和蛋白质结构数据库的搜索。
生物 GBF 信息学小组主页： http://transfac.gbf.de/
生物信息学小组主页是德国生物技术研究中心的生物信息组的主页。其提供的资源十分丰富，包括出版物、研究计划、研究组介绍、五个重要数据库、十二个工具软件和资源链接等。
Pune 大学生物信息学中心： http://bioinfo.ernet.in/
Pune 大学生物信息学中心成立于 1987 年，是生物技术系统的九大中心之一。提供生物工程领域的信息 , 侧重病毒学 , 蛋白质和核酸序列与结构。其提供的资源丰富，包括数据库、微生物菌株数据网络系统、生物信息学中心图书馆、 Alpha 服务器的软件包、生物信息学的有用网址、 EBI 和 PDB 的数据库镜像等。
北京大学生物信息学中心： http://www.cbi.pku.edu.cn/
北京大学生物信息中心（ CBI ）成立于 1997 年，是欧洲分子生物学网络组织 EMBnet 的中国国家接点。几年来，已经与多个国家的生物信息中心建立了合作关系。目前是国内数据库种类最多，数据量最大的生物信息站点。在基因预测、基因组、蛋白质结构等领域都有相应的研究项目。
加拿大生物信息学资源： http://cbr-rbc.nrc-cnrc.gc.ca/index_e.php
这是加拿大生物信息学资源 (CBR) 的网站。该网站由加拿大国家研究委员会 (NRC) 创建，旨在为国家研究委员会与其它政府、学术部门的科学家提供广泛使用的生物信息学工具和共享数据。加拿大生物信息学资源部分由一个专门使用该资源的委员会管理，而且其资源在用于教育和非盈利研究时只需注册均可免费作用。网站还提供有关新闻、服务与下载等信息。
结构生物信息学公司： http://www.strubix.com/
结构生物信息学公司是世界上占领导地位的、蛋白质组学推动的药物发现的公司，他们大规模地产生和使用蛋白质结构信息，以期加速发现和优化过程。它提供的软件主要针对加速药物发现和优化过程、提高筛选效率和降低成本、极大地重视知识产权的地位、提高药物性能和增加技术和市场成功的可能性。此外，还提供三个药物数据库。
林奈斯生物信息学中心： http://www.lcb.uu.se/
这是林奈斯生物信息学中心 (LCB) 的网站。林奈斯生物信息学中心研究非常活跃，隶属于瑞典 Uppsala 生物医学中心。作为一个由 Uppsala 大学与瑞典农业大学的联合研究机构，确保了高质量的尖端的研究与教育，其研究范围从微生物与哺乳动物基因组学经计算机的功能基因组学到分子进化。网站还提供有关入学、新闻时事、研讨会、工具、学生计划等方面的信息。
曼彻斯特大学生物信息学教育与研究： http://www.bioinf.man.ac.uk/
曼彻斯特大学生物信息学教育与研究是欧洲分子生物网络的节点之一，负责维护一些数据库（如蛋白质模体指纹数据库， PRINTS ）。站点提供蛋白质同源性分析，蛋白质模体指纹分析，系统发生和序列进化分析，以及微阵列分析，并提供生物信息学和 PRINTS 数据库数据下载。
《生物信息学》： http://www3.oup.co.uk/jnls/list/bioinformatics/etoc.html
生物信息学》是由英国牛津大学出版社出版。其主要刊登生物信息和计算生物学方面的研究论文、书评、综述、读者来信和述评等文章。其刊载的文章在两年内供给学术界免费使用。
生物信息学： http://biotech.icmb.utexas.edu/pages/bioinfo.html
生物信息学是印第安纳大学分子和细胞生物学研究所提供的生物信息学资源。此资源包括数据库、基因发现程序、蛋白质模建、生物信息学在线教程、研究基金的来源、研究项目和生物信息学工具软件等。
生物信息学的网络资源： http://www1.cs.columbia.edu/~cleslie/cs4761/resources.html
生物信息学的网络资源是美国哥伦比亚大学的 Bill Noble 教授建立的有关生物信息学的网络资源总集。其涉及面广，包括基因组学和生物信息学中心、生物信息学工具和基因组计划索引、 DNA 和蛋白质分析工具、生物信息学课程主页、生物信息学和生物技术的学术项目、生物信息学文献参考，以及网上引物。
生物信息学趋势导向： http://www.ped.med.utah.edu/genpedscrr/Trends.htm 生物信息学趋势导向主要提供《今天免疫学》杂志的增刊有关生物信息学的内容。这些内容包括的资源十分丰富，涉及文本格式数据库，原理和实用数据库搜索，计算生物学基因发现，多序列联配和检索，蛋白质分类和功能归属，系统进化分析和比较基因组学，功能基因组学等。
生物信息学网： http://starr2.myetang.com/
这是生物信息学的网站，主要是负责中国医学科学院肿瘤医院 / 肿瘤研究所生物信息学研发及服务工作。该网站提供生物统计分析以 SAS 和 R 为主，并且设有其他数十种生物信息学分析辅助软件，如 Blast, Phrap, Bioperl, EMBOSS, Hmmer, GO 等等。另外也提供论坛，相关论文以及常用生物信息学网址等。
生物信息学小组： http://life.anu.edu.au/
生物信息学小组成立于 1997 年，主要从事分子生物信息学和生物多样性信息学的研究。其提供丰富的软件资源，可免费下载使用。软件种类涉及重组扫描、系统发生分析、联配、重复片段的检测和 PCR 引物设计等。此外，还有许多数据库资源。
生物信息学

生物信息学入门教材
国内主要教材有：
<< 生物信息学概论》 ( 英 ) T K Attwood , D J Parry-Smith 著　罗静初等译
　　　　　　　　　　　　北京大学出版社 2002 年 4 月第一版
本书从生物信息学的研究对象、意义出发，介绍生物信息学研究的基本方法和常用工具。主要介绍的是核酸和蛋白质序列的计算机分析方法，探讨利用现有的计算机程序，从现有的数据库中能够获取什么、不能够获取什么。全书共分十章： 1. 概论， 2. 信息网络， 3. 蛋白质信息资源， 4. 基因组信息资源， 5. DNA 序列分析， 6. 双序列比对， 7. 多序列比对， 8. 二次数据库搜索， 9. 数据库搜索实例， 10. 序列分析软件包。每章末尾均提供了进一步阅读指南和有关的网址。这本书的一大特色在于丰富的例子和图表，使读者可以很直观的了解和掌握书中的内容。此外，书的末尾还附有与生物信息学相关的词汇表。总的说来，这本书实用性强，可以作为高等院校生物信息学教材，也可以作为生命科学和生物技术各领域分子生物学研究和开发工作者的生物信息学参考书。
《生物信息学手册》　　　　　　郝柏林张淑誉编著
　　　　　　　　　　　　　　上海科学技术出版社 2000 年 10 月第一版
一本手册式的生物信息学书籍。除了介绍了生物信息学，还包括了计算机及计算机网络（这一部分提供了一些网址）和分子生物学的知识。更为重要的是，该书的主要部分 ?quot; 生物信息数据库 " 和 " 服务、软件和算法 " 部分，提供了大量的网址。几乎是每一个条目下面都有不少网址。这本书将网络上的生物信息学资源进行了索引式的介绍，并作了必要的说明。书中列举了近千条网址和引文，基本涵盖了生物学研究的各个方面，堪称生物信息的汪洋大海中的导航图。对生物信息学的服务、软件和算法，本书也作了较全面的描述。本书可供广大生命科学工作者以及由物理学、数学和计算机学转入生命科学领域的研究教学人员参阅（上面可以查到很多网址）。
《生物信息学》　　　　　　　赵国屏等编著
　　　　　　　　　　　　　科学出版社 2002 年 4 月第一版
本书是 "863" 生物高科技丛书之一。它比较全面地介绍了生物信息学的若干个主要分支，并特别介绍了与人类基因组研究相关的生物信息学的一些较新成果；着重介绍了数据库和数据库的查询、序列的同源比较及其在生物进化研究中的应用；以生物芯片中的生物信息学问题为例，介绍与基因表达相关的生物信息学问题；还介绍了蛋白质结构研究中的生物信息学问题，以及与分子设计和药物设计相关的生物信息学技术。本书可供生物信息学专业和生命科学相关专业的本科生、研究生和教学科研人员阅读学习，也可供相关专业的科技和应用机构的科研、管理和决策人员参考。注意，本书有很大篇幅是讲基因芯片和蛋白质结构预测的。
《生物信息学 -- 基因和蛋白质分析的实用指南》
 "Bioinformatics--A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins "
　　　　　　　　 Andreas D.Baxevanis B.F.Francis Ouellette 著
　　　　　　　　　　　　　　李衍达孙之荣等译
　　　　　　　　　　　　　　　　清华大学出版社 2000 年 8 月第一版
这本书由前卫计算生物学家撰写，贯穿了已有的工具和数据库，包括应用软件、因特网资源、向数据库提交 DNA 序列以及进行序列分析和利用核酸序列与蛋白质序列进行预测的的方法。以下是该书的目录： 1. 因特网与生物学家， 2. GeneBank 序列数据库， 3. 结构数据库， 4. 应用 GCG 进行序列分析， 5. 生物数据库的信息检索， 6. NCBI 数据模型， 7. 序列比对和数据库搜索， 8. 多序列比对和实际应用， 9. 系统发育分析， 10. 利用核酸序列的预测方法， 11. 利用蛋白质序列的预测方法， 12. 鼠类和人类公用物理图谱数据库漫游， 13. ACEDB: 基因组信息数据库， 14. 提交 DNA 序列数据库。本书有很多实际的序列和序列分析的例子。这本书适合高等院校的师生和从事生物工程研究的科技工作者阅读。
此外，浙江大学樊龙江老师《生物信息学札记》手稿也是入门的很好教材，书目录如下：
第一章生物信息学通论
第二章分子数据库
第三章序列分析与比较
序列组成与联配分析
数据库搜索引擎—— BLAST 和 FASTA 应用
第四章基因组测序与分析
第五章分子进化
第六章蛋白质结构与功能预测
附录：生物信息学主要英文术语及释义
核苷酸和氨基酸代码
分子生物学主要数据库和应用工具网址一览表
序列分析软件目录
与核苷酸和蛋白质序列相关的特征关键词表
主要参考文献
国外有关生物信息学书籍有：华盛顿大学 bioinformatics 教程、 Algorithms in Bioinformatics 、 Beginning Perl for Bioinformatics 、 Bioinformatics 、 Bioinformatics-Sequence and Genome Analysis 、 Developing Bioinformatics Computer Skills 、
BIOINFORMATICS METHODS AND PROTOCOLS 等书籍。

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