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wang4681060

铁虫 (小有名气)

[求助] blastall 已有3人参与

求高手指教，下载好的格式化的blast nr数据库，有24个分开的，我解压到同一个目录下，blastall这个目录怎么不能执行，是要把这24个nr库都合并到一起吗？
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1楼 2014-06-21 14:18:42
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飞约疯人院

专家顾问 (著名写手)

科学怪人

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wang4681060(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-21 19:34:48
好像是直接解压就默认成一个了吧，如果不行只有合并了
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人生贵在行动，迟疑不决时，不妨先迈出小小一步。
2楼2014-06-21 16:18:11
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wang4681060

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 飞约疯人院 at 2014-06-21 16:18:11
好像是直接解压就默认成一个了吧，如果不行只有合并了

你好，我解压了，nr.00解压又有nr.00.phd、nr.00.pni等12个文件，24个nr每个又有12个解压文件，是都要合并吗
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3楼2014-06-22 13:02:30
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wang4681060

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 飞约疯人院 at 2014-06-21 16:18:11
好像是直接解压就默认成一个了吧，如果不行只有合并了

你好，我解压了，nr.00解压又有nr.00.phd、nr.00.pni等12个文件，24个nr每个又有12个解压文件，是都要合并吗
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4楼2014-06-22 13:04:05
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wang4681060(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-06-23 18:37:55
假设你下载了整个NCBI BLAST软件包，在bin目录下，有个perl文件叫update_blastdb.pl。
你运行这个程序，就可以下载预先生成的数据库的。

还有一个可能性blast不识别是你的设置不对。比如在linux下，在你的根目录下，有个隐藏文件.ncbirc，这个文件里指明你blast数据库的地址。检查的办法是你自己生成一个小数据库，比如100条序列，看blast能不能找到它。
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5楼2014-06-23 07:08:53
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wang4681060

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wizardfan at 2014-06-23 07:08:53
假设你下载了整个NCBI BLAST软件包，在bin目录下，有个perl文件叫update_blastdb.pl。
你运行这个程序，就可以下载预先生成的数据库的。

还有一个可能性blast不识别是你的设置不对。比如在linux下，在你的根目录 ...

我下的是格式化的nr，然后解压到一个目录下，在Linux下blast这个目录怎么不能执行
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6楼2014-06-23 08:44:49
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

你找到我说的那个.ncbirc文件没有?
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7楼2014-06-23 21:07:03
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
6楼: Originally posted by wang4681060 at 2014-06-23 08:44:49
我下的是格式化的nr，然后解压到一个目录下，在Linux下blast这个目录怎么不能执行...

不能blast目录，直接blastall -d nr就行了，不用加后面的00、01啥的。
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8楼2014-06-24 09:03:04
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wang4681060

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by growlywolf at 2014-06-24 09:03:04
不能blast目录，直接blastall -d nr就行了，不用加后面的00、01啥的。...

blastall -d nr 不行，找不到nr
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9楼2014-06-24 09:27:52
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growlywolf

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by wang4681060 at 2014-06-24 09:27:52
blastall -d nr 不行，找不到nr...

带上nr文件的路径啊
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10楼2014-06-24 09:44:19
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