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虫虫小小小

金虫 (小有名气)

[求助] MSD求助 已有1人参与

各位大神，我在做分子扩散方向，MS中在同样的条件下跑dynamics，为什么最后得到的MSD图不一样呢，而且还差好多。。。。求大神分析！！！
还有，在宗系选择的时候，如果是选NVE或NVT系统，那这时的压力是多少呢？

MSD求助
IMG_20140606_193138.jpg
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我心里有过你，可也只能到喜欢为止了
1楼 2014-06-15 12:08:17
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虫虫小小小

金虫 (小有名气)
自己顶一下
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我心里有过你，可也只能到喜欢为止了
2楼2014-06-15 14:15:34
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
虫虫小小小: 金币+2, ★★★很有帮助, 感谢 2014-06-16 13:43:04
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:55:45
把你的MSD图贴出来。你只有500 ps的数据，如果你要算200 ps以上的MSD误差都会很大。

NVE或NVT下压力设0就行。
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3楼2014-06-16 11:50:51
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虫虫小小小

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lsloneil at 2014-06-16 11:50:51
把你的MSD图贴出来。你只有500 ps的数据，如果你要算200 ps以上的MSD误差都会很大。

NVE或NVT下压力设0就行。

那误差这么大， 文献里那些数据都是他们凑出来的？文献都是500ps的。

[ 发自小木虫客户端 ]
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我心里有过你，可也只能到喜欢为止了
4楼2014-06-16 13:42:45
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-19 14:48:07
引用回帖:
4楼: Originally posted by 虫虫小小小 at 2014-06-15 17:42:45
那误差这么大， 文献里那些数据都是他们凑出来的？文献都是500ps的。
...

有可能是做了多个500ps的simulation然后取平均，这样可以减小误差。

要么你计算有问题。
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虫虫小小小
5楼2014-06-18 08:14:31
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虫虫小小小

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by lsloneil at 2014-06-18 08:14:31
有可能是做了多个500ps的simulation然后取平均，这样可以减小误差。

要么你计算有问题。...

你好，非常感谢你回答我的问题，我想问一下就是我现在在做分子扩散方向，但我最后得到的结果却不甚理想，身边也没人学这个，所以我也不知道我的问题到底在哪，请问可以加下QQ细聊下么？谢谢！！！931972714
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我心里有过你，可也只能到喜欢为止了
6楼2014-06-20 10:33:52
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