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[求助]
紧急求助：帮忙从蛋白质CD谱中计算出alfa-helix、beta-sheet、turn等二级结构含量 已有1人参与
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如题，紧急求助，求哪位大神帮忙解析下蛋白质的CD谱，我想要计算出helix、sheet等二级结构的相对含量。非常非常着急，如果会的，麻烦站内联系]，感激不尽！！ [ Last edited by 费姚永芬 on 2014-6-11 at 22:25 ] |
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3楼2014-06-12 11:13:37
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Jella: 金币+10, ★有帮助 2014-06-12 11:13:56
感谢参与，应助指数 +1
Jella: 金币+10, ★有帮助 2014-06-12 11:13:56
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蛋白质的CD 光谱一般分为两个波长范围,即178～250 nm 为远紫外区CD 光谱, 250～320 nm 为近紫外区CD 光谱。远紫外区CD 光谱反映肽键的圆二色性。在蛋白质或多肽的规则二级结构中,肽键是高度有规律排列的,排列的方向性决定了肽键能级跃迁的分裂情况。因此,具有不同二级结构的蛋白质或多肽所产生CD 谱带的位置、吸收的强弱都不相同。如图1 所示[6 ] :α2螺旋结构在靠近192 nm 有一正的谱带,在222 和208 nm 处表现出两个负的特征肩峰谱带;β2折叠的CD 谱在216 nm 有一负谱带,在185～200 nm 有一正谱带;β2转角在206 nm 附近有一正CD 谱带,而左手螺旋P2 结构在相应的位置有负的CD 谱带。因此,根据所测得蛋白质或多肽的远紫外CD 谱,能反映出蛋白质或多肽链二级结构的信息。尽管,处于不对称微环境的芳香氨基酸残基、二硫键也具有圆二色性,但它们的CD 信号出现在250～320 nm 近紫外区,这些信息可以作为光谱探针研究它们不对称微环境的扰动,对肽键在远紫外区的CD 信号并不造成干扰。 蛋白质最佳浓度的选择和测定,决定CD 数据计算二级结构的准确性。CD 光谱的测量一般在蛋白质含量相对低(0. 01～0. 2 g/ L) 的稀溶液中进行,溶液最大的吸收不超过2 。稀溶液可减少蛋白质分子 间的聚集。但如果太稀,则导致蛋白质过多地吸附在容器壁上,影响实验的准确性。确定蛋白质的精确浓度是计算样品的二级结构的关键,一般蛋白质在280 nm 附近的消光系数可用来计算浓度,但此处吸收信号与蛋白质的构象有关,该方法的误差一般可达到5 %. |
2楼2014-06-12 10:52:33