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LAMMPS中dpd模块的参数如何设置，求大家给予帮助
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小弟刚刚学习DPD，使用LAMMPS中的DPD模块功能进行大分子自组装模拟，在重复文献中的模拟时，不能将文献中的参数完全对应的放进去，尤其是timestep，差了一个量级，文献中是0.02,而我只能到0.002，稍微设置大一点儿就出现bond atoms missing 或者angle atom missing这样的错误。。。不知道有没有人能帮忙改一改参数设置, 或者有什么指点的地方，感谢。文献是这篇 Martin Bates and Martin Walker,Soft Matter, 2009, 5, 346–353, Dissipative particle dynamics simulation of T- and X-shaped polyphilic molecules exhibiting honeycomb columnar phases. boundary p p p units lj atom_style full bond_style harmonic angle_style harmonic variable T equal 0.7 pair_style dpd ${T} 1.0 34387 read_data resultTshape3.data mass * 1 bond_coeff 1 4.0 0. angle_coeff 1 4.0 180 angle_coeff 2 4.0 140 angle_coeff 3 1.0 180 angle_coeff 4 4.0 120 special_bonds lj 1.0 1.0 1.0 #default is 0 0 0. variable gamma equal 3.67^2/2./${T} pair_coeff * * 0 0 pair_coeff 6 6 5 ${gamma} #6:polar; 7:core1; 9:core2; 8:side chain. Sigma=sqrt(2*T*gamma)=3.67(given in the paper) pair_coeff 6 7 15 ${gamma} #pair_coeff specifies A and gamma, do not support mixing pair_coeff 6 8 40 ${gamma} #coefficients for all I,J pairs must be specified explicitly. pair_coeff 6 9 10 ${gamma} #LAMMPS sets ij and ji to be the same values. pair_coeff 7 7 15 ${gamma} #pair_coeff command can override a previous setting. pair_coeff 7 8 40 ${gamma} pair_coeff 7 9 15 ${gamma} pair_coeff 8 8 20 ${gamma} pair_coeff 8 9 40 ${gamma} pair_coeff 9 9 10 ${gamma} communicate multi vel yes #velocites are stored by ghost atoms for dpd style. velocity all create ${T} 49863 dist uniform neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 timestep 0.001 # timestep 0.02, 1M steps was found to be sufficient for N=5000 system thermo 100000 thermo_style one restart 100000 restart dump d1 all xyz 1000000 dump.fluid.*.xyz dump_modify d1 flush yes fix 1 all nvt temp 0.7 1.7 1.0 run 5000000 unfix 1 fix 1 all nvt temp 1.7 1.7 1.0 run 50000000 |
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2014-06-09 15:00:16, 1.77 M
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