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berry94

铁虫 (初入文坛)

[求助] 基因克隆 已有2人参与

亲爱的们，有没有根据转录组测序结果克隆基因的啊？小女子从测序结果中筛选出我的目的基因序列，可是相关性的有好几条，在NCBI上BLAST后也不能具体确定是哪一条，所以只能根据ORF相对可靠的序列设计引物，克隆基因，可是一直没得到有效结果，所以特来求助，望相关领域的哥哥姐姐们给予一些意见
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实验快快出结果
1楼 2014-06-05 21:42:49
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-06-06 12:38:06
转录组测序一般都是可编码的，可以到NCBI试试blastX。或者把你说的几个相关基因拿出来做个信息学分析，看看哪一个和你预想的功能最相似。
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2楼2014-06-06 08:26:40
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berry94

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2014-06-06 08:26:40
转录组测序一般都是可编码的，可以到NCBI试试blastX。或者把你说的几个相关基因拿出来做个信息学分析，看看哪一个和你预想的功能最相似。

你好，生物学分析是指什么嘞？比如？谢谢啊
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实验快快出结果
3楼2014-06-06 21:34:46
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by berry94 at 2014-06-06 21:34:46
你好，生物学分析是指什么嘞？比如？谢谢啊...

比如看看有没有相似度比较高并且研究比较多的基因，同物种或者不同物种都可以，或者看看有没有哪些比较特别的结构域，或者蛋白的定位啊、GO注释之类的。
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4楼2014-06-07 12:05:49
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berry94

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2014-06-07 12:05:49
比如看看有没有相似度比较高并且研究比较多的基因，同物种或者不同物种都可以，或者看看有没有哪些比较特别的结构域，或者蛋白的定位啊、GO注释之类的。...

嗯嗯，最终还是两条序列，我还是先根据这两条序列先设计引物做着吧
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实验快快出结果
5楼2014-06-07 18:43:27
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youlinglyw

荣誉版主 (著名写手)

一匡天下

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+4, 鼓励交流！ 2014-06-08 02:55:48
楼上说的好，转录组都是可以表达翻译的基因，所以这个参考性一般

你可以把你找到的两条基因对比下，大体上能够确定基因的类型，比如一条神经方面的，一条胚胎发育的，哪个跟你更相关，这个可以找得到

另一方面，你测序时候，应该大体定位到某条染色体吧，这个两个基因难道是都很接近这条染色体？
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天行健
6楼2014-06-07 23:41:58
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berry94

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by youlinglyw at 2014-06-07 23:41:58
楼上说的好，转录组都是可以表达翻译的基因，所以这个参考性一般

你可以把你找到的两条基因对比下，大体上能够确定基因的类型，比如一条神经方面的，一条胚胎发育的，哪个跟你更相关，这个可以找得到

另一方面 ...

定位到染色体？我们测的转录组，这样也可以吗?
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实验快快出结果
7楼2014-06-09 07:40:23
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