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Crescendo铁杆木虫 (著名写手)
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[求助]
RNA二级结构预测——MFOLD，RNASTRUCTURE和RNAVIZ使用求助(!) 已有1人参与
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想对之前得到的某段rRNA的二级结构进行预测。 查文献，看到“利用MFOLD推算RNA二级结构;利用RNASTRUCTURE筛选最优热力学和次级结构；最后利用RNAVIZ对模型进行修饰。” 读了软件使用说明，但依然是一头雾水。 有几个问题不懂： 1. MFOLD工具推算出的二级结构难道不准，为何还要用RNASTRUCTURE进行筛选？ 2. RNASTRUCTURE和RNAVIZ都可以绘图，为什么要同时使用这两个软件？ 3. 如何用RNAVIZ进行模型修饰，使得图形好看一些？比如怎么将核苷酸背景涂成灰色阴影（如图）？怎么将弯曲的形状改成直线型等？  Untitled.png |
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growlywolf
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【答案】应助回帖
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-06-03 16:14:55
Crescendo: 金币+8, ★★★很有帮助, 先给你一半金币吧！是否对RNAviz做一些说明呢？我试了好多次，就是不知道图片中灰色阴影是怎么弄的。 2014-06-03 20:01:56
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MFOLD是在线的，RNAStructure是以Mfold算法为基础设计的离线软件。其实两者原理一样，用后者就行了。 我记得RNAStructrue只能生成预测的结构图片，不能自己绘图吧。RNAViz可以根据RNAStructre生成的文件来调整图片布局，绘制更为漂亮的图片。 RNAViz是八、九年前用的，具体操作已经忘得差不多了。这玩意最开始的设计就不太友好，操作比较麻烦，慢慢尝试吧。 |
2楼2014-06-03 11:16:01
weer2009
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xxxjyb
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4楼2020-09-22 11:07:09
100