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polo1022

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[交流] 【求助】 CoMFA中的分子构象的处理

利用docking做CoMFA是将化合物先与目标受体对接，找到活性构象，然后将对接的配体抽出进行分子叠合做CoMFA分析，但是我从很多文献中看到抽出的配体还要进行能量优化，这样的话它的构象不是又变了吗？请问是怎么回事，谢谢

[ Last edited by lei0736 on 2008-3-20 at 08:29 ]

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1楼 2008-03-19 23:01:08

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ky96998

金虫 (小有名气)

应助: 8 (幼儿园)
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性别: GG
专业: 计算机辅助药物设计

★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢精辟意见
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与，欢迎您常来计算模拟版！

做CoMFA，很可能基于分子对接的叠和的q2还不如一般的构象搜索后叠和的q2，其实就像楼上所说，CoMFA对分子叠和的依赖性很强，只不过是在比较一系列分子对“探针”的反应而已。如果有经验的话你会发现基于分子对接出来的q2很可能是很小甚至为负。所以这种情况我认为也要看运气，如果分子对接出来的分子叠合后q2好的话那么你就不需要再修饰，如果不好那么你肯定需要再修饰。

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3楼2008-03-21 02:23:02

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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

计算强帖: 2
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专业: 高等教育学
管辖: 计算模拟

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):多谢指导

蛋白质与配体的复合物结构，主要是来自于晶体衍射数据。

一方面，对复合物来说，这是一种比较着真实、合理的结构。
但是，在生物体内时，配体分子与蛋白质的复合物未必仍保持这种结构。

另一方面，配体分子在与蛋白质结合的前、后，其结构（构象）也未必一致。

对照CoMFA的思想，只不过是在比较一系列分子对“探针”的反应而已。
你既可以选用晶体复合物中的配体构象，也可以对配体构象进行一些优化处理。

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2楼2008-03-20 01:27:21

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