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请教一个生物方面的问题
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急问一个关于DNA复性的问题 在下有机化学专业，但是与生物交叉非常紧密，就是传说中的化学生物学，现在有一个问题请教各位： 实验室订购的引物是5'-TAMRA-TATTAAAATTTAATT-3' （OD1） 和5’-AATTAAATTTTAATA-3' (OD2) 5'-TAMRA-CGCCGGGGCCCGGCC-3' (OD3) 和5’-GGCCGGGCCCCGGCG-3' (OD4) 本来想设计两条全部都是AT和全部都是GC的15-20bp的DNA双链，OD1和OD2互补，OD3和OD4互补，OD1和OD3末端荧光标记。 现在发现复性成双链出现问题，复性不上去，怀疑出现了分子内的互补状态，形成一个hairpin的结构，对于OD1来说，从第二个A到第七个A可以和第九个T到第14个T之间形成配对 不知道这样说是不是有道理，可能性大吗？另外如果有这样的竞争，那怎么样才能是OD1和OD2互补配对呢？ 我们采用的复性方法是95度下煮5分钟，再慢慢在水浴锅里冷却到30度左右，检测复性不上去是用的中性的PAGE胶 |
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帮你作了一下分析。用vector NTI的oligo analysis功能， 分析OD1 ：没有hairpin形成，但是有引物自身二聚体形成。 Hairpin Loops: 0 total Dimers: 10 total TATTAAAATTTAATT + + |||||| + + TTAATTTAAAATTAT Stem Length = 6 Dimer dG = -4.3 kcal/mol TATTAAAATTTAATT +++ ||| TTAATTTAAAATTAT Stem Length = 3 Dimer dG = 1.6 kcal/mol TATTAAAATTTAATT |||| ++++ TTAATTTAAAATTAT Stem Length = 4 Dimer dG = -0.4 kcal/mol TATTAAAATTTAATT |||| TTAATTTAAAATTAT Stem Length = 4 Dimer dG = -0.4 kcal/mol TATTAAAATTTAATT ++++ |||| TTAATTTAAAATTAT Stem Length = 4 Dimer dG = -0.4 kcal/mol TATTAAAATTTAATT ||| +++ TTAATTTAAAATTAT Stem Length = 3 Dimer dG = 1.6 kcal/mol TATTAAAATTTAATT |||||| ++++++ TTAATTTAAAATTAT Stem Length = 6 Dimer dG = -3.3 kcal/mol TATTAAAATTTAATT + |||| + TTAATTTAAAATTAT Stem Length = 4 Dimer dG = 0.1 kcal/mol TATTAAAATTTAATT + |||| + TTAATTTAAAATTAT Stem Length = 4 Dimer dG = 0.1 kcal/mol TATTAAAATTTAATT ++++++ |||||| TTAATTTAAAATTAT Stem Length = 6 Dimer dG = -3.3 kcal/mol OD2 也是一样，没有hairpin ，有自身二聚体。 OD3和OD4都是一样的结果。（注：分析时没有考虑荧光标记） |
2楼2008-03-20 09:55:42
