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急问一个关于DNA复性的问题
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在下非生物专业,但是与生物交叉非常紧密,现在有一个问题请教各位: 实验室订购的引物是5'-TAMRA-TATTAAAATTTAATT-3' (OD1) 和5’-AATTAAATTTTAATA-3' (OD2) 5'-TAMRA-CGCCGGGGCCCGGCC-3' (OD3) 和5’-GGCCGGGCCCCGGCG-3' (OD4) 本来想设计两条全部都是AT和全部都是GC的15-20bp的DNA双链,OD1和OD2互补,OD3和OD4互补,OD1和OD3末端荧光标记。 现在发现复性成双链出现问题,复性不上去,怀疑出现了分子内的互补状态,形成一个hairpin的结构,对于OD1来说,从第二个A到第七个A可以和第九个T到第14个T之间形成配对 不知道这样说是不是有道理,可能性大吗?另外如果有这样的竞争,那怎么样才能是OD1和OD2互补配对呢? 我们采用的复性方法是95度下煮5分钟,再慢慢在水浴锅里冷却到30度左右,检测复性不上去是用的中性的PAGE胶 |
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