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lllswy

银虫 (小有名气)

[交流] [求助]自定义溶剂的输入

请问各位高手,Gaussian03 溶剂自定义的输入文件该如何写。如下是我的gjf 输入部分,为何老是在L301断掉,请帮忙看看哪里错了。非常感谢!
#p opt b3lyp/sdd scrf=(pcm,read,a0=3.56, epsilon=8.55) symm=loose

opt_CF3COOH

0 1
以下就是坐标了
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yyanzq

银虫 (初入文坛)

lei0736(金币+0,VIP+0):多点理解,帮助,少点取笑
这么简单的问题,哈哈
2楼2008-03-17 16:41:17
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lllswy

银虫 (小有名气)

将gjf 输入部分改动如下后,
#p opt b3lyp/sdd scrf(pcm,read) symm=loose

opt_CF3COOH

0 1
以下就是坐标了

8.55 3.56


能算完,但输出文件中显示计算读入的参数与用能算完,但输出文件中显示计算所用参数为
non-standard Water,                              
Eps                           =   8.550000        
Eps(infinity)                 =   1.776000        
d(Eps)/dT                     =  -0.356200 K**-1  
Molar volume                  =  18.070000 Ang**3
Numeral density               =   0.033480 Ang**-3
Absolute temperature          = 298.150000 K      
Thermal expansion coefficient =   0.000257 K**-1  
RSolv                         =   3.560000 Ang.   

请问如何才能将CF3COOH正确定义。非常感谢!
3楼2008-03-17 18:58:05
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lllswy

银虫 (小有名气)

抱歉,心急,打错内容了
将gjf 输入部分改动如下后,
#p opt b3lyp/sdd scrf(pcm,read) symm=loose

opt_CF3COOH

0 1
以下就是坐标了

8.55 3.56


能算完,但输出文件中显示计算读入的参数为
non-standard Water,                              
Eps                           =   8.550000        
Eps(infinity)                 =   1.776000        
d(Eps)/dT                     =  -0.356200 K**-1  
Molar volume                  =  18.070000 Ang**3
Numeral density               =   0.033480 Ang**-3
Absolute temperature          = 298.150000 K      
Thermal expansion coefficient =   0.000257 K**-1  
RSolv                         =   3.560000 Ang.   

请问如何才能将CF3COOH正确定义。非常感谢!
4楼2008-03-17 19:00:05
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
试试 scrf=(pcm,EPS=8.55,RSOLV=3.56)

[ Last edited by niliu on 2008-3-17 at 21:55 ]
5楼2008-03-17 21:50:43
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lllswy

银虫 (小有名气)

太感谢了,我先试试。还有一个问题,不知能否帮忙解释一下。计算输出文件中的摩尔体积与用Volume=tight计算的摩尔体积不一致。

  Polarizable Continuum Model (PCM)
=================================
Model                : PCM.
Atomic radii         : UA0 (Simple United Atom Topological Model).
Polarization charges : Total charges.
Charge compensation  : None.
Solution method      : Matrix inversion.
Cavity               : GePol (RMin=0.200 OFac=0.890).
                        Default sphere list used, NSphG=   13.
                        Tesserae with average area of 0.200 Ang**2.
1st derivatives      : Analytical V*U(x)*V algorithm (CHGder, D1EAlg=0).
                        Cavity 1st derivative terms included.
Solvent              : non-standard Water,
                        Eps                           =   8.550000
                        Eps(infinity)                 =   1.776000
                        d(Eps)/dT                     =  -0.356200 K**-1
                        Molar volume                  =  18.070000 Ang**3                        Numeral density               =   0.033480 Ang**-3
                        Absolute temperature          = 298.150000 K
                        Thermal expansion coefficient =   0.000257 K**-1
                        RSolv                         =   3.560000 Ang.

使用Volume=tight计算的结果为
Molar volume =  609.367 bohr**3/mol ( 54.379 cm**3/mol)Recommended a0 for SCRF calculation =  3.56 angstrom (  6.73 bohr)
6楼2008-03-18 09:51:40
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diy670

银虫 (小有名气)

7楼2008-03-18 09:59:08
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diy670

银虫 (小有名气)

我反正是不会!哈哈哈
8楼2008-03-18 10:00:07
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schroedinger

★ ★
csfn(金币+2,VIP+0):thanks
那是因为gaussian给出的是校正过分子半径
9楼2008-03-18 15:29:34
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by lllswy at 2008-3-18 09:51:
太感谢了,我先试试。还有一个问题,不知能否帮忙解释一下。计算输出文件中的摩尔体积与用Volume=tight计算的摩尔体积不一致。

  Polarizable Continuum Model (PCM)
=================================
M ...

一个是溶质一个是溶剂吧!
10楼2008-03-19 13:48:07
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