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[交流]
[求助]自定义溶剂的输入
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请问各位高手，Gaussian03 溶剂自定义的输入文件该如何写。如下是我的gjf 输入部分，为何老是在L301断掉，请帮忙看看哪里错了。非常感谢！ #p opt b3lyp/sdd scrf=(pcm,read,a0=3.56, epsilon=8.55) symm=loose opt_CF3COOH 0 1 以下就是坐标了 |
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2楼2008-03-17 16:41:17
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将gjf 输入部分改动如下后， #p opt b3lyp/sdd scrf(pcm,read) symm=loose opt_CF3COOH 0 1 以下就是坐标了 8.55 3.56 能算完，但输出文件中显示计算读入的参数与用能算完，但输出文件中显示计算所用参数为 non-standard Water, Eps = 8.550000 Eps(infinity) = 1.776000 d(Eps)/dT = -0.356200 K**-1 Molar volume = 18.070000 Ang**3 Numeral density = 0.033480 Ang**-3 Absolute temperature = 298.150000 K Thermal expansion coefficient = 0.000257 K**-1 RSolv = 3.560000 Ang. 请问如何才能将CF3COOH正确定义。非常感谢！ |
3楼2008-03-17 18:58:05
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抱歉，心急，打错内容了 将gjf 输入部分改动如下后， #p opt b3lyp/sdd scrf(pcm,read) symm=loose opt_CF3COOH 0 1 以下就是坐标了 8.55 3.56 能算完，但输出文件中显示计算读入的参数为 non-standard Water, Eps = 8.550000 Eps(infinity) = 1.776000 d(Eps)/dT = -0.356200 K**-1 Molar volume = 18.070000 Ang**3 Numeral density = 0.033480 Ang**-3 Absolute temperature = 298.150000 K Thermal expansion coefficient = 0.000257 K**-1 RSolv = 3.560000 Ang. 请问如何才能将CF3COOH正确定义。非常感谢！ |
4楼2008-03-17 19:00:05
niliu
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5楼2008-03-17 21:50:43
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太感谢了，我先试试。还有一个问题，不知能否帮忙解释一下。计算输出文件中的摩尔体积与用Volume=tight计算的摩尔体积不一致。 Polarizable Continuum Model (PCM) ================================= Model : PCM. Atomic radii : UA0 (Simple United Atom Topological Model). Polarization charges : Total charges. Charge compensation : None. Solution method : Matrix inversion. Cavity : GePol (RMin=0.200 OFac=0.890). Default sphere list used, NSphG= 13. Tesserae with average area of 0.200 Ang**2. 1st derivatives : Analytical V*U(x)*V algorithm (CHGder, D1EAlg=0). Cavity 1st derivative terms included. Solvent : non-standard Water, Eps = 8.550000 Eps(infinity) = 1.776000 d(Eps)/dT = -0.356200 K**-1 Molar volume = 18.070000 Ang**3 Numeral density = 0.033480 Ang**-3 Absolute temperature = 298.150000 K Thermal expansion coefficient = 0.000257 K**-1 RSolv = 3.560000 Ang. 使用Volume=tight计算的结果为 Molar volume = 609.367 bohr**3/mol ( 54.379 cm**3/mol)Recommended a0 for SCRF calculation = 3.56 angstrom ( 6.73 bohr) |
6楼2008-03-18 09:51:40
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7楼2008-03-18 09:59:08
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niliu
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10楼2008-03-19 13:48:07