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lmc2537

铜虫 (小有名气)

[求助] 发夹结构属于unpaired secondary structure吗? 已有2人参与

看到一篇文献讲的是一个RNA结合蛋白更易结合发夹结构的序列,但是有一处结论是该RNA结合蛋白倾向于结合unpaired secondary structure?这个非配对的二级结构式是指发夹结构吗?或者说发夹结构属于unpaired secondary structure?非配对的二级结构不是很理解。求大神解答,谢谢!
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-05-20 08:26:30
lmc2537: 金币+1, 有帮助 2014-05-20 16:22:02
发夹结构肯定是paired的了,不然不会形成hairpin。
RNA的话,多个发夹结构很常见,可能这个unpaired的是指多个发夹之间的序列。没有上下文,只能理解到这个地步了
2楼2014-05-20 06:25:49
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lmc2537: 金币+4, ★★★很有帮助 2014-05-20 16:21:48
hairpin中有两处unpaired
1,最大的就是所谓的terminal loop,hairpin就是一条RNA自己跟自己配上了,这样他必须绕弯过来,这个弯或大或小,但是肯定是存在的,这个地方就是terminal loop,这个loop肯定有配对不上的。
2,RNA hairpin的一个特征就是不完全配对,hairpin的非terminal loop一般叫stem,stem上往往有局部没配对的区域,这些区域叫法就很多了,最常见的bulge,pseudoknot之类。这也也是没有配对的。
个人认为,凭经验,这里别人形容的,应该是一个单链RNA结合蛋白,但是又喜欢结合在hairpin的terminal loop。这种情况比较常见。
3楼2014-05-20 12:44:07
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lmc2537

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-05-20 12:44:07
hairpin中有两处unpaired
1,最大的就是所谓的terminal loop,hairpin就是一条RNA自己跟自己配上了,这样他必须绕弯过来,这个弯或大或小,但是肯定是存在的,这个地方就是terminal loop,这个loop肯定有配对不上的 ...

你好,我大致明白你的意思了,这里小弟还有一个疑问希望你能够回答,stem上有局部没配对的区域是是指配对的区域个别碱基不配对,是突出来之后配对上?,还是不突出来下一个碱基配对上?
比如
ATCCCGTTCCT
TAG     AAGGC(突出来之后配对上)
TAGCTTAAGGC(不突出来下游碱基配对上)
4楼2014-05-20 18:04:40
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biostar2009

专家顾问 (正式写手)

你说的就是bulge和mismatch/internal loop的问题
这些都算。
发夹结构属于unpaired secondary structure吗?
StructuralMotifs.png

5楼2014-05-20 18:15:14
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lmc2537

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-05-20 18:15:14
你说的就是bulge和mismatch/internal loop的问题
这些都算。

StructuralMotifs.png

非常感谢,
6楼2014-05-20 19:49:49
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LuckyBoy3508

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by biostar2009 at 2014-05-20 18:15:14
你说的就是bulge和mismatch/internal loop的问题
这些都算。

StructuralMotifs.png

一目了然

发自小木虫Android客户端
7楼2015-09-24 08:59:01
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