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发夹结构属于unpaired secondary structure吗？ 已有2人参与
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| 看到一篇文献讲的是一个RNA结合蛋白更易结合发夹结构的序列，但是有一处结论是该RNA结合蛋白倾向于结合unpaired secondary structure？这个非配对的二级结构式是指发夹结构吗？或者说发夹结构属于unpaired secondary structure？非配对的二级结构不是很理解。求大神解答，谢谢！ |
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【答案】应助回帖
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hairpin中有两处unpaired 1，最大的就是所谓的terminal loop，hairpin就是一条RNA自己跟自己配上了，这样他必须绕弯过来，这个弯或大或小，但是肯定是存在的，这个地方就是terminal loop，这个loop肯定有配对不上的。 2，RNA hairpin的一个特征就是不完全配对，hairpin的非terminal loop一般叫stem，stem上往往有局部没配对的区域，这些区域叫法就很多了，最常见的bulge，pseudoknot之类。这也也是没有配对的。 个人认为，凭经验，这里别人形容的，应该是一个单链RNA结合蛋白，但是又喜欢结合在hairpin的terminal loop。这种情况比较常见。 |
3楼2014-05-20 12:44:07
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