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夏虫语冰8

新虫 (小有名气)

[求助] 知道赝势基组Hay-Wadt VDZ (n+1) ECP和原子坐标,怎样写高斯的几何优化输入文件 已有1人参与

赝势基组为Hay-Wadt VDZ (n+1) ECP
#  Hay-Wadt VDZ (n+1) ECP  EMSL  Basis Set Exchange Library  5/12/14 8:35 PM
# Elements                             References
# --------                             ----------
# K - Au: P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 299 (1985).
#         P. J. Hay (Private Communication).
#   


BASIS "ao basis" PRINT
#BASIS SET: (5s,6p,4d) -> [3s,3p,2d]
Pd    S
      2.7870000             -1.6102393              1.3540775        
      1.9650000              1.8489842             -1.6780848        
      0.6243000              0.6037492             -0.8559381        
      0.1496000              0.0000000              1.0200299        
Pd    S
      0.0436000              1.0000000        
Pd    P
      5.9990000             -0.1034910        
      1.4430000              0.7456952        
      0.5264000              0.3656494        
Pd    P
      0.7368000              0.0763285        
      0.0899000              0.9740065        
Pd    P
      0.0262000              1.0000000        
Pd    D
      6.0910000              0.0376146        
      1.7190000              0.5200479        
      0.6056000              0.5706071        
Pd    D
      0.1883000              1.0000000        
END
# Elements                             References
# --------                             ----------
# K - Au: P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 299 (1985).
#         P. J. Hay (Private Communication).
#   


ECP
Pd nelec 28
Pd ul
0    598.3336444             -0.0563177        
1    162.4298290            -20.1288036        
2     51.5714771           -105.8197923        
2     16.4888260            -42.5733345        
2      5.8287656             -3.6165086        
Pd S
0     73.3806304              3.0003651        
1     14.7550438             32.4350093        
2     17.8350204            459.0830383        
2     12.7111477           -868.0629029        
2      9.3292063            514.4726098        
Pd P
0     55.6689877              4.9593099        
1     64.2337771             21.1711029        
2     17.6254952            605.0560092        
2     11.9058155           -726.9641846        
2      8.5100832            396.3274883        
Pd D
0     49.9994728              3.0508745        
1     39.7477547             22.2506580        
2     11.4321366            674.8357698        
2      9.1790080          -1040.8554048        
2      7.5624429            505.9375147        
END
b3lyp The density functional hybrid model Becke3LYP  was used together with the valence triple-fbasis set 6-311+G(d,p) Pd was treated by  Hay-Wadt VDZ (n+1)(ECP)

原子坐标为
2 3
Pd                -0.47468421   -0.55468477   -0.00857500
N                 -1.68368998    0.15122248   -0.00857500
N                 -1.49131094   -1.22207451   -0.00857500
N                  0.79386306    0.73216134    0.00756931
N                  1.33215486   -0.57102727    0.01400269
H                  0.98591474    1.71354265    0.01019095
H                  2.16077145   -1.13075032    0.02423222
H                 -2.28857332    0.94753657   -0.00857500
H                 -1.92092591   -2.12508668   -0.00857500

我已经自己试过写一些输入文件,怎么都不对,请高手帮忙。
不胜感谢。。。
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夏虫语冰8

新虫 (小有名气)

第一次上手高斯就要处理这种比较麻烦的情况,请大家不要见笑,多多帮忙啊。
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2楼2014-05-13 11:57:26
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gkf高: 金币+3 2014-05-13 16:12:14
你试写过的输入文件是怎么样的?不对是不对在哪里?高斯如何报错的?
高斯手册gen,genecp这章是否有看过?
不知道你现在会到什么程度,只能先写个大概给你

# opt b3lyp/genecp

分子描述后空一行开始赝势的定义

这块内容略复杂,可以参考大神的随笔:http://hi.baidu.com/sobereva/item/6d3dc1b4639b52f163388e77

可以把你的输入文件贴出来,大家帮你看看。
3楼2014-05-13 13:13:40
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夏虫语冰8

新虫 (小有名气)

# opt B3LYP GEN scf=qc

title

2 3
Pd                -0.47468421   -0.55468477   -0.00857500
N                 -1.68368998    0.15122248   -0.00857500
N                 -1.49131094   -1.22207451   -0.00857500
N                  0.79386306    0.73216134    0.00756931
N                  1.33215486   -0.57102727    0.01400269
H                  0.98591474    1.71354265    0.01019095
H                  2.16077145   -1.13075032    0.02423222
H                 -2.28857332    0.94753657   -0.00857500
H                 -1.92092591   -2.12508668   -0.00857500

H,N 0
6-31g**
****

Pd     0
S   3   1.00
      2.7870000             -1.6102393        
      1.9650000              1.8489842        
      0.6243000              0.6037492        
S   4   1.00
      2.7870000              1.3540775        
      1.9650000             -1.6780848        
      0.6243000             -0.8559381        
      0.1496000              1.0200299        
S   1   1.00
      0.0436000              1.0000000        
P   3   1.00
      5.9990000             -0.1034910        
      1.4430000              0.7456952        
      0.5264000              0.3656494        
P   2   1.00
      0.7368000              0.0763285        
      0.0899000              0.9740065        
P   1   1.00
      0.0262000              1.0000000        
D   3   1.00
      6.0910000              0.0376146        
      1.7190000              0.5200479        
      0.6056000              0.5706071        
D   1   1.00
      0.1883000              1.0000000        
****
学校,学习ing...
4楼2014-05-13 15:58:39
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夏虫语冰8

新虫 (小有名气)

我自己写出来时这样的,但是高斯一直报错,
学校,学习ing...
5楼2014-05-13 15:59:27
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夏虫语冰8

新虫 (小有名气)

问题还没有解决,请大家帮忙!!
学校,学习ing...
6楼2014-05-13 16:06:59
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
夏虫语冰8: 金币+200, ★★★★★最佳答案, 非常感谢。 2014-05-15 14:47:54
引用回帖:
6楼: Originally posted by 夏虫语冰8 at 2014-05-13 16:06:59
问题还没有解决,请大家帮忙!!

# opt b3lyp/gen pseudo=read scf=qc

title

2 3
Pd                -0.47468421   -0.55468477   -0.00857500
N                 -1.68368998    0.15122248   -0.00857500
N                 -1.49131094   -1.22207451   -0.00857500
N                  0.79386306    0.73216134    0.00756931
N                  1.33215486   -0.57102727    0.01400269
H                  0.98591474    1.71354265    0.01019095
H                  2.16077145   -1.13075032    0.02423222
H                 -2.28857332    0.94753657   -0.00857500
H                 -1.92092591   -2.12508668   -0.00857500

H,N 0
6-31g**
****
pd 0
S   3   1.00
      2.7870000             -1.6102393        
      1.9650000              1.8489842        
      0.6243000              0.6037492        
S   4   1.00
      2.7870000              1.3540775        
      1.9650000             -1.6780848        
      0.6243000             -0.8559381        
      0.1496000              1.0200299        
S   1   1.00
      0.0436000              1.0000000        
P   3   1.00
      5.9990000             -0.1034910        
      1.4430000              0.7456952        
      0.5264000              0.3656494        
P   2   1.00
      0.7368000              0.0763285        
      0.0899000              0.9740065        
P   1   1.00
      0.0262000              1.0000000        
D   3   1.00
      6.0910000              0.0376146        
      1.7190000              0.5200479        
      0.6056000              0.5706071        
D   1   1.00
      0.1883000              1.0000000        
****

Pd  0
pd-ecp 3 28
Pd ul
5
0    598.3336444             -0.0563177        
1    162.4298290            -20.1288036        
2     51.5714771           -105.8197923        
2     16.4888260            -42.5733345        
2      5.8287656             -3.6165086        
Pd S
5
0     73.3806304              3.0003651        
1     14.7550438             32.4350093        
2     17.8350204            459.0830383        
2     12.7111477           -868.0629029        
2      9.3292063            514.4726098        
Pd P
5
0     55.6689877              4.9593099        
1     64.2337771             21.1711029        
2     17.6254952            605.0560092        
2     11.9058155           -726.9641846        
2      8.5100832            396.3274883        
Pd D
5
0     49.9994728              3.0508745        
1     39.7477547             22.2506580        
2     11.4321366            674.8357698        
2      9.1790080          -1040.8554048        
2      7.5624429            505.9375147        


我把你的文件改成这样是可以运行了,但是我不知道结果是否可靠。
另外你的高斯是03还是09,我用09跑你本来的输入文件也能跑。。。
7楼2014-05-14 08:52:28
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夏虫语冰8

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-05-14 08:52:28
# opt b3lyp/gen pseudo=read scf=qc

title

2 3
Pd                -0.47468421   -0.55468477   -0.00857500
N                 -1.68368998    0.15122248   -0.00857500
N                 -1.4913109 ...

我知道可以跑,但是算出来的out文件提示错误,我看了下最终的优化结构也是不对的。
学校,学习ing...
8楼2014-05-14 09:11:50
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 夏虫语冰8 at 2014-05-14 09:11:50
我知道可以跑,但是算出来的out文件提示错误,我看了下最终的优化结构也是不对的。...

是的,因为你pd没有指定基组,你开始没讲清楚我以为你是直接就报错了。。。
你先用我这个跑跑看吧,如果不对的话应该是pd的基组定义那块还要修改,ECP那块应该就这样了。
9楼2014-05-14 09:48:19
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夏虫语冰8

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-05-14 09:48:19
是的,因为你pd没有指定基组,你开始没讲清楚我以为你是直接就报错了。。。
你先用我这个跑跑看吧,如果不对的话应该是pd的基组定义那块还要修改,ECP那块应该就这样了。...

我用你的这个跑过的,一提交就出错啊
学校,学习ing...
10楼2014-05-14 14:20:58
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[考研] 328求调剂,英语六级551,有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-16 12/600 2026-03-19 11:10 by 生物工程调剂
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +7 小材化本科 2026-03-18 7/350 2026-03-19 10:46 by Linda Hu
[考研] 297求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-17 8/400 2026-03-18 14:30 by laoshidan
[考研] 302求调剂 +10 呼呼呼。。。。 2026-03-17 10/500 2026-03-18 12:45 by Linda Hu
[考研] 0854,计算机类招收调剂 +3 胡辣汤放糖 2026-03-15 6/300 2026-03-18 12:09 by 上岸上岸……..
[考研] 293求调剂 +11 zjl的号 2026-03-16 16/800 2026-03-18 08:10 by zhukairuo
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] [0860]321分求调剂,ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
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