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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 怎么用Amorphous Cell 模块建立液态铝模型(类似水盒子模型)？
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Johnnase

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lkd-syl at 2014-06-19 20:48:15
你可以把输入文件贴出来看看。。。。...

我用的是Discover模块，选的是NPT系统，1290K，Verlocity Scaling控温、Andersen控压方法，一共运行了30Ps。
Inp文件如下：#BIOSYM btcl 3
#
#  Input File For Discover Generated By Materials Studio
#  Input Client Model Document: D:\MS mission\Alumium droplet Files\Documents\Al.xsd
#  Job: [RJY9Z] - Al Disco Dynamics
#
  autoEcho off
#
# Begin Forcefield Section
  begin forcefield = compass
#
# Nonbond section:
  forcefield nonbond \
      -separate_coulomb \
    vdw \
    summation_method = atom_based \
      cutoff = 9.50 \
      spline_width = 1.00 \
      buffer_width = 0.50 \
    coulomb \
    dielectric_value = 1.0000
#
# vdW long range energy correction
  vdWTailCorrection 9.50
# End Forcefield Section
#
# Dynamics Section:
  dynamics \
    time = 30000.00 \
    timestep = 1.00 \
    initial_temperature = 1290.00 \
    ensemble = NPT \
    temperature_control_method = velocity_scaling \
    temperature_window = 100.00 \
    temperature = 1290.00 \
    press_choice = pressure \
    pressure = 0.00010 \
    pressure_control_method = andersen_cp \
    cell_mass = 20.00 \
    deviation = 5000.00 \
    execute frequency = 5000.00 \
      command = {print history}

这中情况下得到的液体胞混乱度比较好，但是能量如之前回复您的那张图所示，是随着模拟时间增大后保持不变的。
请问可否告知您在对超晶胞做分子动力学时候的具体设置：主要是控温方法和控压方法，模拟时长，以及得到的能量随时间变化的曲线，我希望知道什么样的能量——时间变化曲线是正确的。
不胜感激！
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Jugglers and singersr equire applause!
11楼2014-06-20 15:46:57
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lkd-syl

金虫 (著名写手)

快乐家族
引用回帖:
11楼: Originally posted by Johnnase at 2014-06-19 19:46:57
我用的是Discover模块，选的是NPT系统，1290K，Verlocity Scaling控温、Andersen控压方法，一共运行了30Ps。
Inp文件如下：#BIOSYM btcl 3
#
#  Input File For Discover Generated By Materials Studio
#  ...

你用那种控温方式是在看别人做的用的吗？  我见过用Brendsen的，另外那个能量升高后稳定在一个定值波动，这个没什么问题吧，因为你做的是一个升温动力学，能量升高也是理所当然的，，，
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Nothingimpossible！！
12楼2014-06-21 11:30:11
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Johnnase

木虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by lkd-syl at 2014-06-21 11:30:11
你用那种控温方式是在看别人做的用的吗？  我见过用Brendsen的，另外那个能量升高后稳定在一个定值波动，这个没什么问题吧，因为你做的是一个升温动力学，能量升高也是理所当然的，，，...

首先感谢您的回复！
我各种控温的方式都尝试过了，包括nose、andersen和berendsen的，但是就混乱度而言我发现用verlocity scale的最好，其他几种控温方式混乱度比较差，就如同之前那张图上展示的。我看到过网上有个教程用的是nose控温方式，网址链接如下：http://www.docin.com/p-484673708.html
还有，您说我的是做的升温动力学？那么应当怎样设置为恒温动力学呢？我其实也是想做恒温动力学的。还请指导一下，不胜感激！
另外还有一点就是，选择NPT的话，那么压力应当控制为一个大气压吗？还是应当是别的数值？
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13楼2014-06-21 12:22:07
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lkd-syl

金虫 (著名写手)

快乐家族
引用回帖:
13楼: Originally posted by Johnnase at 2014-06-20 16:22:07
首先感谢您的回复！
我各种控温的方式都尝试过了，包括nose、andersen和berendsen的，但是就混乱度而言我发现用verlocity scale的最好，其他几种控温方式混乱度比较差，就如同之前那张图上展示的。我看到过 ...

我说的意思你可能没明白，我上边说的升温过程是从一个可能是室温（建立超胞的状态，此状态晶格规则排列，具体条件是什么我还没弄明白，但后边目标温度在1290K的话这个是不影响结果的，不管初始时300还是400K，，，）的构型，然后直接升到1290K，在此温度下进行的一个弛豫过程，而不是说从300K慢慢升到1290K的过程，1290K相比于之前的（比如300K）就是一个升温过程，此过程能量是升高的，关于压力的话好像也没有明确的界定，没有特殊要求的话应该还是在一个标准条件下进行的，，，
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Nothingimpossible！！
14楼2014-06-21 12:40:01
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聆听世界

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lkd-syl at 2014-05-12 16:25:24
做倒是好几个模块都可以做的，我做的铁液凝固，用的GULP，貌似castep，dmol3都可以，关键要看你想做什么了，，，...

你好，考虑钢液与Al2O3粒子间润湿可以用GULP做吗，我是新手，望解答
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15楼2014-11-02 15:56:41
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15216105346

金虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Johnnase at 2014-05-12 20:49:58
我其实想做铝液液滴在石墨基体上的润湿模拟，想先建立铝液液滴的模型。...

你好！
很开心发现你跟我是同个研究方向，我是中南的，看到你的帖子，液态铝在石墨上润湿，想必师兄你是搞电解铝的吧！我也是，能不能把你的石墨模型结构cif文件和模拟所用的gin文件给我一份啊！ 不甚感激
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16楼2015-02-17 15:20:32
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Johnnase

木虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 15216105346 at 2015-02-17 15:20:32
你好！
很开心发现你跟我是同个研究方向，我是中南的，看到你的帖子，液态铝在石墨上润湿，想必师兄你是搞电解铝的吧！我也是，能不能把你的石墨模型结构cif文件和模拟所用的gin文件给我一份啊！ 不甚感激...

我们专业应该是同一个方向，不知道你具体是做什么的？
石墨的模型在MS晶体库里面就有，你只要用适当的方法就可以切成方形的就可以了。
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17楼2015-03-19 10:31:38
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蜉蝣生物

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lkd-syl at 2014-06-19 20:48:15
你可以把输入文件贴出来看看。。。。...

师兄我想问一下建立超晶胞后需要对其进行GULP的几何优化么
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18楼2017-10-31 22:40:19
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钱某人

新虫 (正式写手)
温度升高能量增大不是正常的吗？

发自小木虫Android客户端
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19楼2017-11-01 01:13:14
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