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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 用DL_POLY模拟了硅酸盐熔体后，如何计算硅氧四面体Qn结构？
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killbast

铜虫 (初入文坛)

[求助] 用DL_POLY模拟了硅酸盐熔体后，如何计算硅氧四面体Qn结构？

模拟了CaO,Al2O3，SiO2的体系，然后想计算其中硅氧四面体类型分布，即计算与所有硅配位的氧原子是否桥氧，
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1楼 2014-04-28 15:33:31
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我是砖头

银虫 (小有名气)
楼主您好；
我最近也在看硅酸盐熔体模拟文献，我能问您一个问题吗，就是我们模拟之前的初始构象怎么建？新人，求助
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2楼2015-09-14 15:12:46
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15216105346

金虫 (著名写手)
这是统计程序，matlab的！
供你参考一下！

clear
Ob=0;Onb=0;Of=0;
A=xlsread('CS1');
[m,n]=size(A);
Si=0;Ca=0;O=0;
for i=2:m
    if A(i,4)==1
        Si=Si+1;
    elseif A(i,4)==2
        Ca=Ca+1;
    else
        O=O+1;
    end
end

for i=Si+Ca+2:Si+Ca+O+1 %O的个数
    for j=2:Si+Ca+1 %Si和Ca的个数
        B(i-Si-Ca-1,j-1)=sqrt((A(i,1)-A(j,1))^2+(A(i,2)-A(j,2))^2+(A(i,3)-A(j,3))^2);
    end
    [P,Q]=sort(B(i-Si-Ca-1,1:Si+Ca));
    if Q(1)<Si+2&&Q(2)<Si+2
        Ob=Ob+1;
    end
    if Q(1)<Si+2&&Q(2)>Si+1
        Onb=Onb+1;
    end
    if Q(1)>Si+1&&Q(2)<Si+2
        Onb=Onb+1;
    end
    if Q(1)>Si+1&&Q(2)>Si+1
        Of=Of+1;
    end
end

Ob=Ob/O*100
Onb=Onb/O*100
Of=Of/O*100

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3楼2015-09-14 23:37:39
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我是砖头

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 15216105346 at 2015-09-14 23:37:39
这是统计程序，matlab的！
供你参考一下！
clear
Ob=0;Onb=0;Of=0;
A=xlsread('CS1');
=size(A);
Si=0;Ca=0;O=0;
for i=2:m
    if A(i,4)==1
        Si=Si+1;
    elseif A(i,4)==2
        Ca=Ca+1;
    else ...

你好，我想问一下，用matlab可以统计出桥氧与非桥氧的百分数吗？
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4楼2016-04-03 13:23:13
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15216105346

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 我是砖头 at 2016-04-03 13:23:13
你好，我想问一下，用matlab可以统计出桥氧与非桥氧的百分数吗？...

MATLAB是可以做到的！我做过这个工作的

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5楼2016-04-03 13:47:49
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我是砖头

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 15216105346 at 2016-04-03 13:47:49
MATLAB是可以做到的！我做过这个工作的
...

我看了下这个编程，还有个问题想请教你，这个读入的CS1文件数据是什么数据啊，还有这个m、n、P、Q分别代表的是什么，谢谢
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6楼2016-04-07 14:57:13
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15216105346

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 我是砖头 at 2016-04-07 14:57:13
我看了下这个编程，还有个问题想请教你，这个读入的CS1文件数据是什么数据啊，还有这个m、n、P、Q分别代表的是什么，谢谢...

m n是矩阵的行列数，PQ是矩阵！看看matlab 教材吧

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7楼2016-04-07 17:59:05
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回形针的生活

新虫 (初入文坛)
楼主您好，我也想统计下硅酸盐的Qn结构，不知您现在是否找到方法，希望能得到您的指教
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8楼2016-04-27 21:37:47
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回形针的生活

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 15216105346 at 2015-09-14 23:37:39
这是统计程序，matlab的！
供你参考一下！
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Ob=0;Onb=0;Of=0;
A=xlsread('CS1');
=size(A);
Si=0;Ca=0;O=0;
for i=2:m
    if A(i,4)==1
        Si=Si+1;
    elseif A(i,4)==2
        Ca=Ca+1;
    else ...

您好，我现在想统计出Si-O-Si、Si-O-Al，Al-O-Al桥氧各自所占的比例，不知道您有没有这方面的程序，谢谢
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9楼2016-04-27 21:45:14
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