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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » CH4在MOF-5中的自扩散系数计算
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
20楼: Originally posted by xiaoyao715 at 2014-11-06 16:50:44
很好的帖子，刚开始接触这一块，很多都不懂，照着楼主的方法想要重复一下。弱弱的问一句：生成MSD.xcd和MSD.xtd，观察xcd文件之后，该如何选择有效数据范围啊？我得到的y=35.3865*X+1.03534，这样的一条斜线。跟楼主 ...

根据一些文献，自扩散的模拟时间需要达到ns级别，且前面几ns是平衡结构过程，不能用于计算自扩散系数，我看的文献是2.5ns开始的数据拟合直线。我的帖子只是做演示所以没有完整模拟6ns，实际值可以查阅文献看看

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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
21楼2014-11-06 19:36:22
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xiaoyao715

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
21楼: Originally posted by pigrass at 2014-11-06 19:36:22
根据一些文献，自扩散的模拟时间需要达到ns级别，且前面几ns是平衡结构过程，不能用于计算自扩散系数，我看的文献是2.5ns开始的数据拟合直线。我的帖子只是做演示所以没有完整模拟6ns，实际值可以查阅文献看看
...

好的，我再查文献看一下，非常感谢。
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22楼2014-11-06 21:32:54
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wangfei天空

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
21楼: Originally posted by pigrass at 2014-11-06 19:36:22
根据一些文献，自扩散的模拟时间需要达到ns级别，且前面几ns是平衡结构过程，不能用于计算自扩散系数，我看的文献是2.5ns开始的数据拟合直线。我的帖子只是做演示所以没有完整模拟6ns，实际值可以查阅文献看看
...

学长 您好  请问Adsorption和sorption有什么区别吗  哪个做两种气体的吸附最好呢
我现在用的是sorption做完了两种气体的吸附    怎样得到吸附密度随孔径的分布曲线呢
两种气体是怎样用forcite来计算各自的扩散系数呢   
好像discover也可以动力学分析，请问应该用哪个来计算扩散系数呢
恳请得到学长的帮助  谢谢您
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23楼2014-11-23 15:18:13
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
23楼: Originally posted by wangfei天空 at 2014-11-23 15:18:13
学长 您好  请问Adsorption和sorption有什么区别吗  哪个做两种气体的吸附最好呢
我现在用的是sorption做完了两种气体的吸附    怎样得到吸附密度随孔径的分布曲线呢
两种气体是怎样用forcite来计算各自的扩散系 ...

我所了解的，adsorption locator是建模时将小分子放在可能的吸附位置；sorption是计算吸附等温线等性质，判断最可能吸附位置的，一般实验文献有吸附等温线数据，利用sorption模块可以判断模型的合理性；discover和forcite等动力学模块可以计算自扩散系数，大致过程就是我帖子里说的，两种小分子就用adsorption locator加入两种小分子吧；一个结构应该加几个小分子可以根据sorption得到loading。。。。不同孔径的结构的吸附密度？我觉得可以sorption模块计算不同孔径结构在相同条件下的loading。。。。。以上只是我的理解，仅供参考

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24楼2014-11-23 19:16:02
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秦无殇

新虫 (小有名气)
送红花一朵
很贴心
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25楼2015-11-10 13:51:57
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秦无殇

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
MOF5.cif导入MS中是这样的，如何弄成那种周期性的？（我不确定周期性这个说法准确不，或者叫晶胞？）
CH4在MOF-5中的自扩散系数计算
QQ截图20151110142658.png
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26楼2015-11-10 14:29:09
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
26楼: Originally posted by 秦无殇 at 2015-11-10 14:29:09
MOF5.cif导入MS中是这样的，如何弄成那种周期性的？（我不确定周期性这个说法准确不，或者叫晶胞？）

QQ截图20151110142658.png
...

是下载的这个帖子里的cif吗 如果是的话不应该没看到晶胞的样子啊
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27楼2015-11-10 15:03:13
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字符画生

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
L-J势能参数是如何设置的，我看到好多文献把吸附质的势能参数δ与ε，如CO2的δ=2.789Å，ε=29.66K，这些力场参数是力场自带的还是需要自己编辑。
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28楼2017-09-09 11:51:10
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
28楼: Originally posted by 字符画生 at 2017-09-09 11:51:10
L-J势能参数是如何设置的，我看到好多文献把吸附质的势能参数δ与ε，如CO2的δ=2.789Å，ε=29.66K，这些力场参数是力场自带的还是需要自己编辑。

MS的力场编辑器可以编辑部分力场，打开可编辑的力场文件可以设置某些化学键为LJ势能形式
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29楼2017-09-09 18:03:55
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何海何海
送红花一朵


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30楼2017-12-01 17:45:20
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