24小时热门版块排行榜    

查看: 8068  |  回复: 29
本帖产生 1 个 模拟EPI ,点击这里进行查看
送红花一朵
11楼2014-09-25 04:51:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

敏sunflower

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 10:38:19
应该是用origin step、length来选取后一段时间做分析

其实完全可以把数据全部放到excel里处理 取可信段做直线求斜率...

你好!关于根据MSD-t曲线求自扩散系数,我发现平行做两次NVT动力学得到的扩散系数有时会相差很大,不知道您有没有遇到过这种情况那?
12楼2014-09-30 10:41:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

引用回帖:
12楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-09-30 10:41:22
你好!关于根据MSD-t曲线求自扩散系数,我发现平行做两次NVT动力学得到的扩散系数有时会相差很大,不知道您有没有遇到过这种情况那?...

我没做过长时间的模拟
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
13楼2014-09-30 12:50:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by pigrass at 2014-09-30 12:50:01
我没做过长时间的模拟...

仍然很感谢您1
14楼2014-09-30 16:42:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

laufe

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
优化后骨架中苯环 碳和氢原子不在一个平面上,这样正常吗?
15楼2014-10-28 11:23:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

引用回帖:
15楼: Originally posted by laufe at 2014-10-28 11:23:54
优化后骨架中苯环 碳和氢原子不在一个平面上,这样正常吗?

把图片发上来看看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
16楼2014-10-28 12:43:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

laufe

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
16楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-28 12:43:30
把图片发上来看看
...

forcite 优化出现以下状况
CH4在MOF-5中的自扩散系数计算
122.jpg

17楼2014-10-28 16:26:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

引用回帖:
17楼: Originally posted by laufe at 2014-10-28 16:26:09
forcite 优化出现以下状况

122.jpg
...

你的苯环部分没有修正为大π键 当然不在一个平面
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
18楼2014-10-28 16:50:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

laufe

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
18楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-28 16:50:21
你的苯环部分没有修正为大π键 当然不在一个平面...

build bond 的时候确实没有勾选caculate bond type...
19楼2014-10-28 19:00:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoyao715

金虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
很好的帖子,刚开始接触这一块,很多都不懂,照着楼主的方法想要重复一下。弱弱的问一句:生成MSD.xcd和MSD.xtd,观察xcd文件之后,该如何选择有效数据范围啊?我得到的y=35.3865*X+1.03534,这样的一条斜线。跟楼主的结果为什么差别这么大呢。
20楼2014-11-06 16:50:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 pigrass 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 让我中一个面上吧! +8 大萍1987 2026-08-20 10/500 2026-08-20 21:48 by 大萍1987
[基金申请] 科研孤儿太难了 +13 我4大白菜 2026-08-20 14/700 2026-08-20 21:28 by 一碗砂锅米线
[基金申请] 言之凿凿,明天官网会通知放榜? +15 医学老男孩 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:35 by CaoLG
[基金申请] 时间戳又变了 +12 wuchongjun 2026-08-20 17/850 2026-08-20 20:05 by spzhao
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 22/1100 2026-08-20 17:03 by yaoyewhu2008
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+3 snowwithsea 2026-08-19 12/600 2026-08-20 15:56 by lfy8008
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
请填处理意见