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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » CH4在MOF-5中的自扩散系数计算
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smutao
送红花一朵
11楼2014-09-25 04:51:02
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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7楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 10:38:19
应该是用origin step、length来选取后一段时间做分析

其实完全可以把数据全部放到excel里处理 取可信段做直线求斜率...

你好！关于根据MSD-t曲线求自扩散系数，我发现平行做两次NVT动力学得到的扩散系数有时会相差很大，不知道您有没有遇到过这种情况那？
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12楼2014-09-30 10:41:22
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
12楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-09-30 10:41:22
你好！关于根据MSD-t曲线求自扩散系数，我发现平行做两次NVT动力学得到的扩散系数有时会相差很大，不知道您有没有遇到过这种情况那？...

我没做过长时间的模拟
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
13楼2014-09-30 12:50:01
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by pigrass at 2014-09-30 12:50:01
我没做过长时间的模拟...

仍然很感谢您1
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14楼2014-09-30 16:42:00
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laufe

铜虫 (初入文坛)
★
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优化后骨架中苯环 碳和氢原子不在一个平面上，这样正常吗？
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15楼2014-10-28 11:23:54
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
15楼: Originally posted by laufe at 2014-10-28 11:23:54
优化后骨架中苯环 碳和氢原子不在一个平面上，这样正常吗？

把图片发上来看看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
16楼2014-10-28 12:43:30
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laufe

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
16楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-28 12:43:30
把图片发上来看看
...

forcite 优化出现以下状况
CH4在MOF-5中的自扩散系数计算
122.jpg
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17楼2014-10-28 16:26:09
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
17楼: Originally posted by laufe at 2014-10-28 16:26:09
forcite 优化出现以下状况

122.jpg
...

你的苯环部分没有修正为大π键 当然不在一个平面
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
18楼2014-10-28 16:50:21
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laufe

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-28 16:50:21
你的苯环部分没有修正为大π键 当然不在一个平面...

build bond 的时候确实没有勾选caculate bond type...
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19楼2014-10-28 19:00:21
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xiaoyao715

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
很好的帖子，刚开始接触这一块，很多都不懂，照着楼主的方法想要重复一下。弱弱的问一句：生成MSD.xcd和MSD.xtd，观察xcd文件之后，该如何选择有效数据范围啊？我得到的y=35.3865*X+1.03534，这样的一条斜线。跟楼主的结果为什么差别这么大呢。
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20楼2014-11-06 16:50:44
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