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送红花一朵
11楼2014-09-25 04:51:02
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敏sunflower

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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7楼: Originally posted by pigrass at 2014-04-28 10:38:19
应该是用origin step、length来选取后一段时间做分析

其实完全可以把数据全部放到excel里处理 取可信段做直线求斜率...

你好!关于根据MSD-t曲线求自扩散系数,我发现平行做两次NVT动力学得到的扩散系数有时会相差很大,不知道您有没有遇到过这种情况那?
12楼2014-09-30 10:41:22
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

引用回帖:
12楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-09-30 10:41:22
你好!关于根据MSD-t曲线求自扩散系数,我发现平行做两次NVT动力学得到的扩散系数有时会相差很大,不知道您有没有遇到过这种情况那?...

我没做过长时间的模拟
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
13楼2014-09-30 12:50:01
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by pigrass at 2014-09-30 12:50:01
我没做过长时间的模拟...

仍然很感谢您1
14楼2014-09-30 16:42:00
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laufe

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
优化后骨架中苯环 碳和氢原子不在一个平面上,这样正常吗?
15楼2014-10-28 11:23:54
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

引用回帖:
15楼: Originally posted by laufe at 2014-10-28 11:23:54
优化后骨架中苯环 碳和氢原子不在一个平面上,这样正常吗?

把图片发上来看看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
16楼2014-10-28 12:43:30
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laufe

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
16楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-28 12:43:30
把图片发上来看看
...

forcite 优化出现以下状况
CH4在MOF-5中的自扩散系数计算
122.jpg

17楼2014-10-28 16:26:09
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

引用回帖:
17楼: Originally posted by laufe at 2014-10-28 16:26:09
forcite 优化出现以下状况

122.jpg
...

你的苯环部分没有修正为大π键 当然不在一个平面
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
18楼2014-10-28 16:50:21
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laufe

铜虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
18楼: Originally posted by pigrass at 2014-10-28 16:50:21
你的苯环部分没有修正为大π键 当然不在一个平面...

build bond 的时候确实没有勾选caculate bond type...
19楼2014-10-28 19:00:21
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xiaoyao715

金虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
很好的帖子,刚开始接触这一块,很多都不懂,照着楼主的方法想要重复一下。弱弱的问一句:生成MSD.xcd和MSD.xtd,观察xcd文件之后,该如何选择有效数据范围啊?我得到的y=35.3865*X+1.03534,这样的一条斜线。跟楼主的结果为什么差别这么大呢。
20楼2014-11-06 16:50:44
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