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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】计算出错
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zhaohuxian

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】计算出错

我用同样的设置计算（ZnO）n不同结构的 TDDFT，小团簇没有什么问题，但是现在算到  n>10的时候程序就会报错：
Insufficient memory for PRISM at phase 15 IEnd=     1464614 LenI=     1328902.
Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l914.exe at Fri Mar 07 19:59:59 2008.
Job cpu time:  0 days  0 hours 44 minutes 48.0 seconds.
这是为什么，怎么解决，谢谢
输入程序都是：

％chk＝。。。

＃p pbepbe/6-311g(d) td

。。。

0 1
（分子结构省略）


谢谢
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1楼 2008-03-08 13:38:33
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zjy1818

银虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):多谢
很明显，内存不够，不知你的结构是什莫，有多少原子，是否带周期？
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2楼2008-03-08 14:01:04
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zhaohuxian

木虫 (正式写手)
我算的就是（ZnO）n的团簇，最大是 n＝18，即36个原子
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3楼2008-03-08 14:33:06
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greatqi

木虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):多谢
呵呵，可以减少基组，变成6-31G(d), 或者6-31+G,或者是到比较大的内存的机子上去计算。
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4楼2008-03-08 15:49:47
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K372

银虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):多谢
内存不够。
%mem=xxxxmw
1W=8B
注意，记得要留一些给操作系统！一般4G的机器最多分配3.2G给GAUSS程序（DFT）或2.4G给GAUSS程序（电子相关方法）

另外，有的时候你无论给多大的内存都出现“内存不够”的错误，说明基组规模（HILBERT空间维度）太大，此时就要降低基组，改用6-31G(d)可能好转。
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5楼2008-03-08 20:16:40
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):多谢
引用回帖:
Originally posted by K372 at 2008-3-8 20:16:
内存不够。
%mem=xxxxmw
1W=8B
注意，记得要留一些给操作系统！一般4G的机器最多分配3.2G给GAUSS程序（DFT）或2.4G给GAUSS程序（电子相关方法）

另外，有的时候你无论给多大的内存都出现“内存不够”的错误 ...

我的经验是这3.2或者2.4G要平均分配给每一个使用的CPU

以3.2G空余为例，
如果使用%nprocs=4，则应使用%mem=800mb
如果使用%nprocs=2，则应使用%mem=16000mb

lz不妨按照这个规则分配一下内存试试看
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
6楼2008-03-08 20:44:47
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K372

银虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):多谢交流
LS的好像不对，%mem是指定程序所能使用的最大内存（包括物理的和虚拟的）而不是分配给每一个CPU核心的内存
另外上面推荐的内存大小是使得计算机整体性能接近最高的最大分配物理内存，若超过该限度，LINUX系统会用SWAP分区模拟内存供GAUSS使用，从而导致GAUSS计算效率严重下降
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7楼2008-03-09 09:15:14
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★
lei0736(金币+1,VIP+0):多谢讨论
引用回帖:
Originally posted by K372 at 2008-3-9 09:15:
LS的好像不对，%mem是指定程序所能使用的最大内存（包括物理的和虚拟的）而不是分配给每一个CPU核心的内存
另外上面推荐的内存大小是使得计算机整体性能接近最高的最大分配物理内存，若超过该限度，LINUX系统会用 ...

具体原理我不太清楚，但我开始说的只是经验，就是在我开展的很多大一点的计算中(以3.2G空余内存和LZ计算需要调用的l914.exe为例)，如果使用
%mem=400mw
%nprocs=4
大约有80%的时间中，电脑一直在读硬盘，而CPU占用率只有可怜的2%左右，计算时间延长不是一般的多

而使用
%mem=100mw
%nprocs=4
CPU占用率在绝大部分时间里都能维持在400%。

[ Last edited by hairan on 2008-3-9 at 09:51 ]
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
8楼2008-03-09 09:45:38
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K372

银虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):多谢持续关注
是的，LS的L914是需要很大的读写交换文件，导致操作系统分配了大量的内存作为BUFFER，而导致剩余物理内存不足3.2G，若此时强行要求GAUSS分配3.2G内存，则操作系统讲启用SWAP分区模拟虚拟内存，从而加重了磁盘交换和BUFFER的占用，进一步压缩了GAUSS的可用物理内存，从而造成恶性循环！
所有的电子相关方法使用的物理内存上限为系统内存的60%，就是因为电子相关方法需要存储大量的双电子积分，从而需要大量的磁盘交换，为避免BUFFER溢出造成SWAP占用，必须控制GAUSS 的物理内存使用量。而HF-SCF、DFT等方法由于对SWF文件的访问量比较小，可以占用大约80%的物理内存而不必担心系统BUFFER溢出。
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9楼2008-03-09 15:18:20
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