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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vaspkit已经更新到vaspkit.0.21.tar.gz，特推荐，另加功函数提取程序（vasp5版）
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)

[资源] vaspkit已经更新到vaspkit.0.21.tar.gz，特推荐，另加功函数提取程序（vasp5版）

以前的老版本有些不支持vasp5.2或5.3，现在已经更新了新版本，感谢开发者。下载地址：http://vaspkit.sourceforge.net/
1. Introduction                                                                                                         
VASPKIT is a postprocessing tool for VASP code. It is written by Fortran 90!

2. Features                                                                                                               
Extract the data of DOS and Band structure (Open with origin or gunplot);
Extract Charge/Spin density (Open with VESTA );
Linear optical properties;
…
3. Release notes                                                                                                      

0.2-beta version released

Bugs fixed;
Added the data extract with regarding to linear optics, work-function and EOS fitting.附件0.21对一个bug做了修正！！！！！！！！！！！vaspkit脚本中对功函数的提取可能存在一些问题，特提供一个功函数的fortran程序，经测试，没有问题。[ Last edited by mywai520 on 2014-4-24 at 16:24 ]

Version 0.43 (03 Jun. 2015)
   * Bugfix in Charge Density Difference.

Version 0.42 (21 Feb. 2015)
   * Rewritten and Bugfix in Extraction of Band Structure Data;
   * Reformatted DOS data.

Version 0.41 (17 Dec. 2014)
   * Bugfix in Extraction of Spin Density Data.

Version 0.40 (18 Nov. 2014)
   * Added support for runing vaspkit under Command-Line Mode;
   * Added support for Structure Converting, such as POSCAR/CONTCAR to cif, xsf, atat
     structral formats;
   * Added support for Symmetry Toolkit;
   * Added support for generating more uniform K-Mesh scheme;
   * Added support for getting PDOS of f-state;
   * Minor bug fixes and optimisations.

Version 0.31 (10 Oct. 2014)
   * Added crystals folder including several hundreds crsytal structures;
   * Bugfix in EOS;
   * Bugfix in Planar Average Charge Density.[ Last edited by mywai520 on 2015-11-19 at 21:35 ]
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    • 2014-04-12 00:44:51, 744.87 K
  • 附件 2 : vaspkit.0.21.tar.gz
    • 2014-04-23 17:50:18, 742.38 K
  • 附件 3 : workfunction_v2.f
    • 2014-04-24 16:24:39, 3.91 K
  • 附件 4 : vaspkit.0.43.tar.gz
    • 2015-11-19 21:35:11, 927.58 K

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bjwang

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1楼2014-04-12 00:45:13
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
注：新版vaspkit可以做功函数和线性光学计算的结构分析，比如得到absorption coefficient, refractive coefficient, reflectivity coefficient, extinction coefficient
and energy-loss function。

具体说明书如下：
User’s Guide
March 26, 2014
VASPKIT 0.2-beta
Postprocessing tool for VASP code
Written and implemented by Vei WANG
* Bug report: the user can send a copy of both input and output files by E-mail to the Dr.
WANG (wangvei@icloud.com)
1
1. New features
New features in VASPKIT.0.2-beta
• Added EOS fitting
• Added linear optics
• Added workfunction
2. Installation
For the VASPKIT installation, basic UNIX/LINUX environment and fortran compiler are
required. Also, you can install VASPKIT on WINDOWS system using MinGW program.
Compiling the program is very simple, please use the following commands.
$ tar -zvxf vaspkit.*.tar.gz
$ cd vaspkit.*/src
$ modify the Makefile file based on your machine environment;
$ make
* Note that the formats of POSCAR, CONCAR and CHGCAR files in VASP.5.x are
slightly different from those in VASP.4.x. Please set the vasp5=.false. in the src/module.f90
file if you use VASP.4.x;
3. Usage
3.1 EOS fitting
The Equation of state (EOS) sub-program for fitting energy-volume data was implemented
from elk code (http://elk.sourceforge.net/). You need to prepare the eos.in file before
performing EOS fitting. The following variables are set in the file eos.in:
cname : name of crystal up to 256 characters
natoms : number of atoms in unit cell
etype : equation of state type (see below)
vplt1, vplt2, nvplt : volume interval over which to plot energy, pressure etc. as well as
the number of points in the plot
nevpt : number of energy-volume points to be inputted vpt(i)
ept(i) : energy-volume points (atomic units)
* Note that the input units are VASP default values, i.e., Å3 and eV. See an example in
vaspkit.*/examples/eos/
2
The equations of state currently implemented are:
1. Universal EOS (Vinet P et al., J. Phys.: Condens. Matter 1, 1941 (1989))
2. Murnaghan EOS (Murnaghan F D, Am. J. Math. 49, 235 (1937))
3. Birch-Murnaghan 3rd-order EOS (Birch F, Phys. Rev. 71, 809 (1947))
4. Birch-Murnaghan 4th-order EOS
5. Natural strain 3rd-order EOS (Poirier J-P and Tarantola A, Phys. Earth Planet Int.
109, 1 (1998))
6. Natural strain 4th-order EOS
7. Cubic polynomial in (V-V0)
3.2 Linear optics
The absorption coefficient, refractive coefficient, reflectivity coefficient, extinction coefficient
and energy-loss function as a function of photon energy can be calculated. You need to
prepare the real.in and imag.in files which include the real and imaginary parts of
frequency-dependent complex dielectric function. The real.in and imag.in consist of the
following data:
energy xx yy zz xy yz zx
.. .. .. .. .. .. ..
.. .. .. .. .. .. ..
energy is the photon energy (in eV). xx , yy, zz , xy, yz and zx are the calculated values
of frequency dependent dielectric tensor writted in vasprun.xml. There is a bash script
optics.sh as a reference in the vaspkit.*/examples/optic/ could help you to prepare the
real.in and imag.in files.
3.3 Misc
Under construction ......
3
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14楼2014-04-20 06:26:48
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by 鹰羽龙 at 2014-04-23 17:30:59
请问用vaspkit提取功函数的话，VASP计算的时候该设哪些参数？另外用什么命令提取？谢谢！

1.加极化修正

IDIPOL=3 极化修正的方向
LDIPOL= .TRUE. 是否加极化修正
LVTOT = .TRUE. 计算work function （即静电势）

2.如果不加极化，直接用

LVTOT = .TRUE. 计算work function （即静电势）

编译好vaspkit,直接运行vaspkit，然后输入41
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20楼2014-04-23 17:46:59
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bjwang

铁杆木虫 (正式写手)
送红花一朵
0.3版本中的选项41：41: WorkFunction处理功函；
而04版本中的41/42: Planar Average Charge/Potential，
这里42是同功函一个意思吗？
41的Planar Average Charge是啥意思？
同仁给科普一下呀！谢谢！
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93楼2016-10-29 16:04:29
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普通回帖

mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
^_^，自己顶一下
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2楼2014-04-12 22:50:27
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

vaspkit更新至0.21版本，修正提取自旋密度时的bug：）
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15楼2014-04-20 20:58:39
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 灯塔守望者 at 2014-04-20 20:58:39
vaspkit 0.2版本在提取自旋密度时有bug，仍然是电荷密度数据。如需要此功能，请重新下载0.3 版本（请稍后）！

自旋密度提取不了，可是用0.14版本
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16楼2014-04-20 22:52:02
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鹰羽龙

木虫 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

请问用vaspkit提取功函数的话，VASP计算的时候该设哪些参数？另外用什么命令提取？谢谢！
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19楼2014-04-23 17:30:59
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鹰羽龙

木虫 (著名写手)
引用回帖:
20楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-23 17:46:59
1.加极化修正

IDIPOL=3 极化修正的方向
LDIPOL= .TRUE. 是否加极化修正
LVTOT = .TRUE. 计算work function （即静电势）

2.如果不加极化，直接用

LVTOT = .TRUE. 计算work function （即静电势）

编 ...

楼主你好。我按你说的1中加极化修正的方法算功函数，最后用vaspkit处理输入41并选择z方向的时候出现以下错误：
Which direction to keep? (1-3 --- 1=X,2=Y,3=Z)
3
          99
positions read
Error opening or reading file LOCPOT.
item :         100
请问是什么原因？
我的是VASP5.2，算功函数的时候有个warning：
For LVTOT=.TRUE. VASP.5.x writes the TOTAL local potential to   
the file LOCPOT. If you want the Hartree contributions only, use
LVHAR=.TRUE. instead.
是因为LVTOT没设置的原因吗？
万分感谢！
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21楼2014-04-24 08:38:11
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by 鹰羽龙 at 2014-04-24 08:38:11
楼主你好。我按你说的1中加极化修正的方法算功函数，最后用vaspkit处理输入41并选择z方向的时候出现以下错误：
Which direction to keep? (1-3 --- 1=X,2=Y,3=Z)
3
          99
positions read
Error ope ...

就是直接LVHAR= .TRUE.，不加极化计算
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

鹰羽龙
22楼2014-04-24 08:55:30
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鹰羽龙

木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
22楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-24 08:55:30
就是直接LVHAR= .TRUE.，不加极化计算...

两种方法都试了，还是同样的错误。thanks anyway
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23楼2014-04-24 15:59:33
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
23楼: Originally posted by 鹰羽龙 at 2014-04-24 15:59:33
两种方法都试了，还是同样的错误。thanks anyway...

那说明可能脚本的问题，你用这个的0.21版本试过没有？
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24楼2014-04-24 16:20:08
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
上面我已经提供一个功函数提出的fortran脚本，针对vasp5的。你可以用一用，这个我测试过了，没有什么问题。
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25楼2014-04-24 16:26:11
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鹰羽龙

木虫 (著名写手)
引用回帖:
24楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-24 16:20:08
那说明可能脚本的问题，你用这个的0.21版本试过没有？...

我用的就是0.21版的
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26楼2014-04-24 17:18:25
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
26楼: Originally posted by 鹰羽龙 at 2014-04-24 17:18:25
我用的就是0.21版的...

上面我已经提供一个功函数提出的fortran脚本，针对vasp5的。你可以用一用，这个我测试过了，没有什么问题。
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27楼2014-04-24 17:32:11
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鹰羽龙

木虫 (著名写手)
引用回帖:
27楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-24 17:32:11
上面我已经提供一个功函数提出的fortran脚本，针对vasp5的。你可以用一用，这个我测试过了，没有什么问题。...

非常感谢，请问需要编译吗？
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28楼2014-04-24 17:37:45
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
28楼: Originally posted by 鹰羽龙 at 2014-04-24 17:37:45
非常感谢，请问需要编译吗？...

当然，fortran程序需要编译
ifort -o workfunction_v2.x workfunction_v2.f
或者用gfortran:
gfortran -o workfunction_v2.x workfunction_v2.f
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29楼2014-04-24 18:10:01
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踏行者

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

模型中有三种原子，有两种的个数都上百个，请问如何画出 每一种  原子的态密度图呢？？？
这个用这个软件能做吗？怎么做呢？？？
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30楼2014-04-24 22:32:14
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
30楼: Originally posted by 踏行者 at 2014-04-24 22:32:14
模型中有三种原子，有两种的个数都上百个，请问如何画出 每一种  原子的态密度图呢？？？
这个用这个软件能做吗？怎么做呢？？？

split_dos或者p4v可以。
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31楼2014-04-25 00:00:54
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)
VASPKIT代码重新优化了，增加了一些新功能，估计存在一些bug，不知道谁有兴趣测试VASPKIT 0.30 新功能？如果有兴趣，请站内联系我！

Choose the problem to solve:
=============== Structural options ==================
4: Building Supercell （新增功能）
5: EOS Fitting

=============== Electronic options ==================
11: Total DOS
12: Projected DOS
13: l-m Decomposed DOS
-----------------------------------------------------
21: Band Structure
22: Projected Band Structure
-----------------------------------------------------
31/32: Charge/Spin Density
33: Spin Up/Down Density （新增功能）
34/35: Charge/Spin Density Difference （新增功能）
41: WorkFunction

=============== Optical options =====================
51: Linear Optics
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32楼2014-05-11 23:15:51
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奔跑的爷们

银虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

鎰熻阿鍒嗕韩锛?

[ 发自小木虫客户端 ]
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33楼2014-05-13 18:10:41
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pro_junjie

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
35楼2014-05-15 09:39:39
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
35楼: Originally posted by pro_junjie at 2014-05-15 09:39:39
我运行optics.sh时出现如下错误：

awk: cmd. line:1: BEGIN{i=1} /imag/,
awk: cmd. line:1:                   ^ unexpected newline or end of string
awk: cmd. line:1: BEGIN{i=1} /real/,
awk: cmd. lin ...

这是awk的问题，没有遇到过。可以google一下解决办法。
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36楼2014-05-15 09:57:54
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pro_junjie

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
37楼2014-05-16 17:01:52
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by 鹰羽龙 at 2014-04-24 09:38:11
楼主你好。我按你说的1中加极化修正的方法算功函数，最后用vaspkit处理输入41并选择z方向的时候出现以下错误：
Which direction to keep? (1-3 --- 1=X,2=Y,3=Z)
3
          99
positions read
Error ope ...

功函数部分代码重新写了，更新见下一个版本
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38楼2014-05-20 16:36:05
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leozpj

新虫 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

感谢楼主的分享，下载的vaspkit.0.2版本，可是我明明装了gfortran，但编译时却说没有发现。幸好还装了ifort。看看用着咋样。
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40楼2014-09-15 19:13:30
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leozpj

新虫 (著名写手)
非常感谢楼主的分享~O(∩_∩)O~
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41楼2014-09-19 09:51:34
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)
打算最近放出vaspkit.0.4.tar.gz的测试版，新版本主要包含以下特性：
（1）除了菜单交互运行模式之外，增加vaspkit +参数 命令格式运行；
（2）结构转换，卡迪尔，分数坐标相互转换，输出cif, xsf, atat等格式等；
（3）对称性操作，包括寻找单胞，输出VASP结构文件的对称操作信息；
（4）根据晶格常数产生KPOINTS文件。

+---------------------------------------------------+
|        VASPKIT Version: 0.40 (5 Aug.2014)         |
|         Postprocesing Tool for VASP Code          |
|     Written by Vei WANG (wangvei@icloud.com)      |
|     Code URL: http://vaspkit.sourceforge.net      |
+---------------------------------------------------+

Choose the problem to solve:
=============== Structural Options ==================
3:     Structure Converting   （新增）
4:     Supercell Building         
5:     EOS Fitting
6:     Symmetry Toolkit        （新增）
9:     K-Mesh Generating      （新增）

=============== Electronic Options ==================
11/12: Total/Projected DOS
13:    l-m Decomposed DOS
21/22: Total/Projected Band Structure

======== Charge Density & Potential Options =========
31/32: Charge/Spin Density
33:    Spin-Up & -Down Density
34/35: Charge/Spin Density Difference
41/42: Planar Average Charge/Potential

=============== Optical options =====================
51:    Linear Optics

0:     Quit
------------>>
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46楼2014-10-20 17:09:43
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nanost3楼
2014-04-13 12:58   回复  
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beibeilover4楼
2014-04-13 21:07   回复  
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shqshq5楼
2014-04-14 11:39   回复  
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Y.-L.Guo6楼
2014-04-14 15:48   回复  
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tangsw9117楼
2014-04-14 20:10   回复  
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cell8楼
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sxm20129楼
2014-04-17 09:30   回复  
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kuangfg198710楼
2014-04-18 09:22   回复  
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zique11楼
2014-04-19 12:59   回复  
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zique12楼
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wangdading13楼
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cavediger17楼
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113468457118楼
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c_chi34楼
2014-05-13 22:40   回复  
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2008089039楼
2014-07-01 19:53   回复  
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孙远慧42楼
2014-09-19 16:19   回复  
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74012201743楼
2014-09-21 10:40   回复  
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2008089044楼
2014-09-30 11:44   回复  
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yaogejlu45楼
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fanguright47楼
2014-12-01 12:15   回复  
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汪佩48楼
2014-12-17 17:16   回复  
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200813025249楼
2014-12-18 19:10   回复  
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xiewuhua50楼
2014-12-28 18:32   回复  
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