24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (3248)
>虫友互识 (354)
>文献求助 (203)
>休闲灌水 (180)
>导师招生 (154)
>考博 (78)
>博后之家 (50)
>硕博家园 (48)
>考研 (48)
>论文投稿 (40)
>基金申请 (34)
>论文道贺祈福 (31)
>公派出国 (30)
>找工作 (26)
>教师之家 (25)
>招聘信息布告栏 (23)

返回列表

当前主题已经存档。

yangcao

金虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: -90.4
散金: 518
帖子: 203
在线: 41分钟
虫号: 335559
注册: 2007-03-31
专业: 化学反应工程

[交流] ［讨论］蛋白质的二级结构的计算

我遇到一问题，就是在用do_dssp来计算蛋白质的二级结构的时候，总是不能产生结果，不知是什么原因
   我的命令是：
   do_dssp -s 1_md.tpr -f 1_md.trr  -o 1_ss.xpm
   运行后就停在下面的地方：
There are 42 residues in your selected group
Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ss.map
trn version: GMX_trn_file (single precision)
Reading frame    0 time 0.000
Back Off! I just backed up ddGPARx0 to ./#ddGPARx0.1#
  然后就不动了，很长时间都没有结果，我看manual上说这个软件运行很慢，于是我用 -b ,-e 来限定它的需计算的时间
，但还是是这样的结果，始终没有输出文件。

回复此楼