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[交流]
［讨论］蛋白质的二级结构的计算
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我遇到一问题，就是在用do_dssp来计算蛋白质的二级结构的时候，总是不能产生结果，不知是什么原因 我的命令是： do_dssp -s 1_md.tpr -f 1_md.trr -o 1_ss.xpm 运行后 就停在下面的地方： There are 42 residues in your selected group Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ss.map trn version: GMX_trn_file (single precision) Reading frame 0 time 0.000 Back Off! I just backed up ddGPARx0 to ./#ddGPARx0.1# 然后就不动了，很长时间都没有结果，我看manual上说这个软件运行很慢，于是我用 -b ,-e 来限定它的需计算的时间 ，但还是是这样的结果，始终没有输出文件。 |
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2楼2008-03-06 21:33:38