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[求助]
关于使用棉签/海绵采样地板/墙面，非培养提取微生物宏基因组转录组的问题
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我是在工厂的地板、墙角、扶手、排水系统等地方用棉签/海绵采样，回实验室直接提取宏基因组等进行全基因测序，之前没做过类似的实验，被采样和样品处理的细节搞得头都大了。想问下有人在做这类的实验吗？如果有的话是怎么进行样品处理的？ 我现在是想使用预润湿的棉签/海绵采样后，回实验室处理。加入PBS缓冲液震荡，转移液体至离心管8000rpm离心10min收集沉淀，如此洗脱三次，取沉淀用于DNA提取。之前没做过非培养提取，据说要尽量避免样品中菌的损失，但感觉海绵/棉签采样之后损耗率其实挺大。本来想过用0.22um滤膜抽滤直接用滤膜进行提取，但样品体积不是非常大，感觉用滤膜和一次性漏斗比较浪费，成本太高。 另外我还需要提取宏转录组，想问问如果有做这方面实验的人都是如何保护RNA的？无论是做大量水样还是土壤样品的，在抽滤/沉淀/离心过程中感觉RNA会降解的挺厉害啊？我目前想到的是使用RNA稳定剂+低温储存 希望大家给点建议和实验细节，我被实验搞得愁死了，搜索文献的时候查到的大部分是自然环境、大体积水样土壤样品，以及粪便等样品，而且很少有实验细节。素以求助一下，谢谢各位！！！！ |
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