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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Multiwfn » 有关Multiwfn视图方面我遇到的问题
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shuangliwang

铁杆木虫 (小有名气)

超级终结者

[求助] 有关Multiwfn视图方面我遇到的问题 已有1人参与

我在重复周老师《范德华作用的量子化学研究(三)》时又遇到的卡壳的地方，所以还请大家指导！
下图一是H2He的电子密度差的等值面图：
                 有关Multiwfn视图方面我遇到的问题
                                                          图一
图二是我使用Multiwfn做出的相对应的等值线图：
                 有关Multiwfn视图方面我遇到的问题-1
                                                          图二
从上图二很容易看出，做出相对应的等值线并没有出现，我想可能是自己设置出现了问题。但自己一时没有检查出来，所以向大家请教一下！
                   谢谢！
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1楼 2014-04-03 20:34:22
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
最好将输入文件上传，并将你每一步的操作过程贴上来，这样便于排除错误。
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2楼2014-04-04 02:44:18
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
晨起见到帖子，在去京都的路上一直想着，回后还没有见到你每一步的操作过程等，我只好猜一下。
你取的等值面的数值是多少？是程序默认的0.0004吗？0.0004是对于通常价键的经验值，这时电子密度变化较大。而对于范德华作用引起的电子密度变化要小得多，比如取到0.000001，取多小，要看是否合乎图形展示的需要。对范德华作用引起的电子密度差，如果取的等值面的数值是0.0004可能没有图可见。
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3楼2014-04-04 15:07:37
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shuangliwang

铁杆木虫 (小有名气)

超级终结者
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-04-04 15:07:37
晨起见到帖子，在去京都的路上一直想着，回后还没有见到你每一步的操作过程等，我只好猜一下。
你取的等值面的数值是多少？是程序默认的0.0004吗？0.0004是对于通常价键的经验值，这时电子密度变化较大。而对于范德 ...

周老师，你好！
    上图的等值面我选取值为4e-7，下图是我使用Sob老师开发的软件绘制的电子密度等值线图，可能是由于参数设置的问题，没有出现想要的结果！
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4楼2014-04-06 21:09:18
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shuangliwang

铁杆木虫 (小有名气)

超级终结者
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-04-04 02:44:18
最好将输入文件上传，并将你每一步的操作过程贴上来，这样便于排除错误。

Sob老师,你好!
    下面是我的输入文件：
（1）H2的波函数文件（其中一部分）：
H2                                                      
GAUSSIAN             49 MOL ORBITALS     54 PRIMITIVES        2 NUCLEI
  H    1    (CENTRE  1)  -0.70223460  0.00000000 -0.00919908  CHARGE =  1.0
  H    2    (CENTRE  2)   0.70223460  0.00000000 -0.00919908  CHARGE =  1.0
CENTRE ASSIGNMENTS    1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1
CENTRE ASSIGNMENTS    1  1  1  1  1  1  1  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2
CENTRE ASSIGNMENTS    2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2
TYPE ASSIGNMENTS      1  1  1  1  1  1  2  3  4  2  3  4  2  3  4  5  6  7  8  9
TYPE ASSIGNMENTS     10  5  6  7  8  9 10  1  1  1  1  1  1  2  3  4  2  3  4  2
TYPE ASSIGNMENTS      3  4  5  6  7  8  9 10  5  6  7  8  9 10
EXPONENTS  0.3387000D+02 0.5095000D+01 0.1159000D+01 0.3258000D+00 0.1027000D+00
EXPONENTS  0.2526000D-01 0.1407000D+01 0.1407000D+01 0.1407000D+01 0.3880000D+00
EXPONENTS  0.3880000D+00 0.3880000D+00 0.1020000D+00 0.1020000D+00 0.1020000D+00
EXPONENTS  
（2）He的波函数文件（一部分）
He                                                      
GAUSSIAN             25 MOL ORBITALS     28 PRIMITIVES        1 NUCLEI
  He   1    (CENTRE  1)   0.00000000  0.00000000  7.01038486  CHARGE =  2.0
CENTRE ASSIGNMENTS    1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1
CENTRE ASSIGNMENTS    1  1  1  1  1  1  1  1
TYPE ASSIGNMENTS      1  1  1  1  1  1  1  2  3  4  2  3  4  2  3  4  5  6  7  8
TYPE ASSIGNMENTS      9 10  5  6  7  8  9 10
EXPONENTS  0.2340000D+03 0.3516000D+02 0.7989000D+01 0.2212000D+01 0.6669000D+00
EXPONENTS  0.2089000D+00 0.5138000D-01 0.3044000D+01 0.3044000D+01 0.3044000D+01
EXPONENTS  0.7580000D+00 0.7580000D+00 0.7580000D+00 0.1993000D+00 0.1993000D+00
EXPONENTS  0.1993000D+00 0.1965000D+01
（3）H2He的波函数文件（一部分）                                                   
GAUSSIAN             75 MOL ORBITALS     82 PRIMITIVES        3 NUCLEI
  H    1    (CENTRE  1)  -0.70223460  0.00000000 -0.00919908  CHARGE =  1.0
  H    2    (CENTRE  2)   0.70223460  0.00000000 -0.00919908  CHARGE =  1.0
  He   3    (CENTRE  3)   0.00000000  0.00000000  7.01038486  CHARGE =  2.0
CENTRE ASSIGNMENTS    1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1  1
CENTRE ASSIGNMENTS    1  1  1  1  1  1  1  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2
CENTRE ASSIGNMENTS    2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  3  3  3  3  3  3
CENTRE ASSIGNMENTS    3  3  3  3  3  3  3  3  3  3  3  3  3  3  3  3  3  3  3  3
CENTRE ASSIGNMENTS    3  3
TYPE ASSIGNMENTS      1  1  1  1  1  1  2  3  4  2  3  4  2  3  4  5  6  7  8  9
TYPE ASSIGNMENTS     10  5  6  7  8  9 10  1  1  1  1  1  1  2  3  4  2  3  4  2
TYPE ASSIGNMENTS      3  4  5  6  7  8  9 10  5  6  7  8  9 10  1  1  1  1  1  1
TYPE ASSIGNMENTS      1  2  3  4  2  3  4  2  3  4  5  6  7  8  9 10  5  6  7  8
TYPE ASSIGNMENTS      9 10
EXPONENTS  0.3387000D+02 0.5095000D+01 0.1159000D+01 0.3258000D+00 0.1027000D+00
EXPONENTS  0.2526000D-01 0.1407000D+01 0.1407000D+01 0.1407000D+01 0.3880000D+00
EXPONENTS  0.3880000D+00 0.3880000D+00 0.1020000D+00 0.1020000D+00 0.1020000D+00
EXPONENTS  0.1057000D+01 0.1057000D+01

     马上我把具体的操作步骤贴出来！
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5楼2014-04-06 21:15:45
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shuangliwang

铁杆木虫 (小有名气)

超级终结者
具体操作方法：
（1）选取功能4，做等值面图，如下图：
有关Multiwfn视图方面我遇到的问题-2
（2）选取功能0，如下：
有关Multiwfn视图方面我遇到的问题-3
（3）接下来的操作如下：
有关Multiwfn视图方面我遇到的问题-4
（4）操作如下：
有关Multiwfn视图方面我遇到的问题-5
（5）下面的操作：
有关Multiwfn视图方面我遇到的问题-6
（6）最后显示的图片：
有关Multiwfn视图方面我遇到的问题-7
麻烦Sob老师了，谢谢！
有关Multiwfn视图方面我遇到的问题-8
99F7832B-52FD-495A-8295-7FB3AACCB5F0.jpg
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6楼2014-04-06 21:34:56
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
最好还是把波函数文件打包上传上来，或者直接发给我sobereva@sina.com也可以，这样的话我这里可以直接重复你的过程，具体原因容易分析。

绘制步骤的说明其实不用贴图，这样比较麻烦。就按照我的帖子那种做法（比如《使用Multiwfn作电子密度差图》http://hi.baidu.com/sobereva/item/96eaeb5dd1b12309e7c4a5c1），每一步给出你敲入的命令就可以了，并同时注明所用的Multiwfn版本号。
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7楼2014-04-06 23:42:02
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shuangliwang

铁杆木虫 (小有名气)

超级终结者
引用回帖:
7楼: Originally posted by sobereva at 2014-04-06 23:42:02
最好还是把波函数文件打包上传上来，或者直接发给我sobereva@sina.com也可以，这样的话我这里可以直接重复你的过程，具体原因容易分析。

绘制步骤的说明其实不用贴图，这样比较麻烦。就按照我的帖子那种做法（比 ...

Sob老师，你好！
     我已将波函数文件上传，我使用的是Multiwfn3.1版本！
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    • 2014-04-07 09:51:58, 52.3 K
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8楼2014-04-07 09:53:05
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
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zhou2009: 金币+10 2014-04-07 16:24:05
我试了一下，你原先图上没出现等值线是因为密度的变化太小。计算后屏幕上提示了图上最大值和最小值
The minimum of data is -9.260946652170422E-005
The maximum of data is  3.804516462959597E-005
而默认的等值线是从±0.001逐渐增大的。所以作图前需要调节等值线，让起始值更小。

完整的作图过程是
H2He.wfn
4
0
2
-,h2.wfn
-,he.wfn
1
2
[回车]
2
0
关掉图像，然后
3   //修改等值线
9   //用几何级数来生成等值线，先生成正值部分
0.0000001,2,30       //起始值为1E-7，步长为2，生成30个
y       //去掉原有等值线
9   //用几何级数来生成等值线，这次生成负值部分
-0.0000001,2,30
n       //不去掉原有等值线（即保留刚才生成的正值部分）
1    //保存设定
-1    //重新绘图

结果如下
有关Multiwfn视图方面我遇到的问题-9
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9楼2014-04-07 10:43:23
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shuangliwang

铁杆木虫 (小有名气)

超级终结者
引用回帖:
9楼: Originally posted by sobereva at 2014-04-07 10:43:23
我试了一下，你原先图上没出现等值线是因为密度的变化太小。计算后屏幕上提示了图上最大值和最小值
The minimum of data is -9.260946652170422E-005
The maximum of data is  3.804516462959597E-005
而默认的 ...

谢谢Sob老师精彩的解答，我试了一下，完美运行！
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10楼2014-04-07 21:30:47
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