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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 季铵盐分子的建模问题
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yanwanghu

金虫 (正式写手)

[求助] 季铵盐分子的建模问题 已有1人参与

分子动力学模拟小白，想画一个有机季铵盐的分子结构（阴离子是氯离子），主要的部分都搞定了。
关键的氮原子和氯原子不知道怎么办，也用一根bond连接起来吗？
电荷怎么办？怎么表示离子键呢？
急求！！！
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1楼 2014-03-31 17:39:51
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yanwanghu: 金币+10 2014-04-16 16:09:02
引用回帖:
5楼: Originally posted by yanwanghu at 2014-04-01 08:59:29
那阴离子需要画出来与氮原子以bond连接吗？...

个人认为 离子键不用画的  在MS中 画出来的都是共价键
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
6楼2014-04-01 10:21:39
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smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
2楼2014-03-31 21:39:52
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yanwanghu

金虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-01 08:34:09
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-31 21:39:52
你想做量化计算吧？

感谢应助。
我做的是生物大分子与小分子的相互作用。小分子的建模时，我想把季铵盐的结构画出来。看到版上讨论的修改氮原子类型和电荷的方法，我照着做了一下，修改了total charge和formal charge，但是minimizer和dynamics之后电荷有发生了变化。
我也分别试了有氯离子和没有氯离子的情况，有氯离子时total charge设的是0，但是minimizer和dynamics之后电荷同样发生了变化。
我是试着做的，现在是不知道哪里对，也不知道哪里不对。请大神指导啊！
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3楼2014-03-31 22:36:10
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yanwanghu: 金币+10 2014-04-01 19:15:26
引用回帖:
3楼: Originally posted by yanwanghu at 2014-03-31 22:36:10
感谢应助。
我做的是生物大分子与小分子的相互作用。小分子的建模时，我想把季铵盐的结构画出来。看到版上讨论的修改氮原子类型和电荷的方法，我照着做了一下，修改了total charge和formal charge，但是minimizer ...

分子动力学模拟中，离子只需画出结构，一般在计算的时候，所选用的力场比如COMPASS会自动给你的结构中各个原子分配电荷，而无需你去手动给原子设置电荷，而且力场自动分配的电荷往往更合理。
如果你要自己分配电荷的话，在Discover的设置中，把automation中自动计算电荷项选择no 。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
4楼2014-04-01 08:40:00
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