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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 大家一起来交流下自己的MD建模方法
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huachao90

禁虫 (正式写手)
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1楼 2014-03-31 08:58:39
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-31 21:43:03
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2楼2014-03-31 21:42:06
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-04-01 08:43:03
“大体系，需要盒子和溶液拼接的时候就容易出问题”，让你老板给你配新电脑吧，你的电脑配置有点差。

蛋白质分子可以直接从PDB库里下载，DNA也有专门的建模工具，
其他的MD模型基本上用VMD+packmol 就可以搞定一切。
VMD功能真不是一般的牛X，也可以建立随意的氨基酸序列，建立小分子模型，修改很多很多种官能团，磷脂双分子层，各种晶体结构。。。。。。。。。。

话说，我这破电脑试过用VMD 建立过100万个原子的模拟体系
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3楼2014-03-31 22:25:24
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huachao90

禁虫 (正式写手)
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4楼2014-04-01 00:16:45
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