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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 荧光定量PCR—显著性分析—应该用生物学重复还是三次实验重复结果？
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monazhou001

新虫 (初入文坛)

[求助] 荧光定量PCR—显著性分析—应该用生物学重复还是三次实验重复结果？ 已有2人参与

我想比较对照，中度干旱，重度干旱下相关基因的表达是否存在显著差异
我用的是ΔΔCT法，每个样品都做了内参和目的基因，每种基因都做了复孔以减少误差，用内参和目的基因CT值得到了ΔCT值
对照三次生物学重复分别叫1、2、3
中度干旱为4、5、6
重度7、8、9
我是应该：
         将123取平均得到对照的RQ=1，然后用4的ΔCT减去123的平均ΔCT，得到4的ΔΔCT和RQ，依次类推得到56789的，然后用456的RQ值与对照比较做方差呢？
        还是应该将456也先取平均ΔCT，得到456的一个平均后的ΔΔCT和RQ，然后在做三次实验重复，用456的三次重复的ΔΔCT和RQ做方差显著性分析？

我的生物学重复效果并不理想，三个重复里经常有一个样品的RQ值明显和另外两个不一样，或者有的时候三个值都有一定差距，做误差棒的时候效果很差，不知道各位有没有遇到过这样的情况。

我试过实验重复，两次实验重复中基因在不同处理中的表达趋势几乎没有任何差别，该上调的还是上调，只是CT数值有区别，算出来的RQ有区别，但是和对照相比相对表达量的倍数没有什么大区别，方差分析是不是应该用三次生物学重复来做呢？

写的有点多，谢谢大家！
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1楼 2014-03-27 10:15:32
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
monazhou001(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-29 21:31:37
理论上生物学重复越多，实验可信度越高。我们实验室一般取六到十二个重复。差异是有的，这要求取样及反转时要严格操作，尽量减少误差。
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hehe
2楼2014-03-28 21:04:56
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monazhou001

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-03-28 21:04:56
理论上生物学重复越多，实验可信度越高。我们实验室一般取六到十二个重复。差异是有的，这要求取样及反转时要严格操作，尽量减少误差。

那是应该用三次生物学重复做差异显著性方差分析呢？还是应该将三次生物学重复取平均作为一次实验结果，再做几次技术重复得到几个平均后的结果作为方差分析？
不知道我说清了没
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3楼2014-04-01 11:43:18
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willychen34

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

这个问题也困扰了我很久，有的误差可以接受，有的完全无法分析~~~生物学重复很坑啊~~~
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所谓兵来将挡，水来土掩，总有一天，会实现的。
4楼2014-11-02 21:44:54
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一茅斋野花开

新虫 (初入文坛)
楼主你最后知道怎么方差分析了吗？也在困惑

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5楼2016-11-12 07:23:28
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