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monazhou001

新虫 (初入文坛)

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专业: 植物遗传学

[求助] 荧光定量PCR—显著性分析—应该用生物学重复还是三次实验重复结果？已有2人参与

我想比较对照，中度干旱，重度干旱下相关基因的表达是否存在显著差异
我用的是ΔΔCT法，每个样品都做了内参和目的基因，每种基因都做了复孔以减少误差，用内参和目的基因CT值得到了ΔCT值
对照三次生物学重复分别叫1、2、3
中度干旱为4、5、6
重度7、8、9
我是应该：
将123取平均得到对照的RQ=1，然后用4的ΔCT减去123的平均ΔCT，得到4的ΔΔCT和RQ，依次类推得到56789的，然后用456的RQ值与对照比较做方差呢？
还是应该将456也先取平均ΔCT，得到456的一个平均后的ΔΔCT和RQ，然后在做三次实验重复，用456的三次重复的ΔΔCT和RQ做方差显著性分析？

我的生物学重复效果并不理想，三个重复里经常有一个样品的RQ值明显和另外两个不一样，或者有的时候三个值都有一定差距，做误差棒的时候效果很差，不知道各位有没有遇到过这样的情况。

我试过实验重复，两次实验重复中基因在不同处理中的表达趋势几乎没有任何差别，该上调的还是上调，只是CT数值有区别，算出来的RQ有区别，但是和对照相比相对表达量的倍数没有什么大区别，方差分析是不是应该用三次生物学重复来做呢？

写的有点多，谢谢大家！

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