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samtools软件的使用
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楼主老板正在进行一个基因组项目，但是资金没有到位，测序公司不给已经组装好的数据给楼主。 楼主另外还委托他们重测序了一批样品。 楼主现在手中有以前用500bp文库测序出来的数据，想用非常近源物种的叶绿体基因组作为参考序列，从测序数据中组装出楼主研究的植物的叶绿体基因组。 而现在的情况是楼主已经有近源物种的叶绿体基因组了。测序数据是21g左右的fastq文件。楼主先用bwa软件进行处理，得到sam格式的文件，接下来准备用samtools软件进行后续处理，这下楼主就不明白了，samtools软件的说明真的看不懂，也不知道接下来要怎么做了，求大神支援，不胜感激。最好是能给楼主讲解一下samtools的使用方法及参数设置。或者有什么新的思路提供。 最后求一个从总基因组数据中拼接叶绿体基因组的策略，或者说从总的基因组数据中挑选出叶绿体的reads。 |
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2楼2018-06-12 14:44:28