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木虫 (著名写手)

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[交流] 药物化学软件概貌

药物化学软件概貌

除去合成技术，数据分析中最多的就是软件的应用，介绍几个药物化学常用的软件和分析技术
软件：
1. Gaussian
最简单的软件，最难的解释。有位业界文人曾说，假如没有Gaussian，中国将失业数以千计的PI，数以万计的博士，节省国家几亿的经费。虽为戏言，不难看出这个软件的应用范围。“事物的存在必有它的理由”，gaussian的应用领域包括NMR，红外，紫外波谱猜测，小分子在真空或溶液状态的构象，化学反应过渡态等诸多功能。这所有的所有，都包含在一个简单的gjf文件的输入和out输出中。一句话，gaussian就象一位待字闺中的大户小姐，“揭开红布那一瞬间，人生最大的错误不可挽回”
2. DOCK(Kuntz)
结构为基础的药物设计的鼻祖，当然晶体结构是必须要有的
3. TSAR
配体为基础的药物设计，WINDOWS平台
4。 spss/sas/stata
统计三姐妹，构效关系不是瞅不出来的，不是编出来的，那是要作出来的。量化的统计学指标给你最大的支撑。也许你说，jmc,bmc没有几篇看到用正规的统计软件阿，是，学术和工业的差别就是如此，学术也许能做了再想，工业是预备好了才作. 想有大志向的朋友，去学一个吧.

技术
1.programming
去学一个吧，VB也行，可以实现你的想法
2.data mining
想做主管吗，想脱离第一线工作吗，学会分析才是王道
我总结的关于全新药物设计的一些知识，与大家分享

全新药物设计

概念：根据靶标分子结合位点的几何性质和化学性质，设计出与其相匹配的具有全新结构的化学结构，叫做全新药物设计。

一般步骤：
1。确定靶点的活性位点。
2。根据活性位点的结构，位置，设计出合适的配体分子。
3。对设计的配体分子进行活性评估。
4。活性分子的合成和活性测试。

全新药物设计一些重要的方法：
一。活性位点分析法(ASA):主要用来猜测与生物大分子有较好结合的原子或者基团，评价的方法有基于能量的计算方法和经验计算法。采用ASA的计算软件主要有GRID,MCSS,HINT等。
　优点：能够获得不同碎片与受体结合的最佳位置，并且通过能量评价可以发现不同碎片与受体的结合取向，为以后的分子对接打下基础。同时大大扩大了分子的设计范围。
　缺点：不能设计出完整的分子，必须与其他方法联用。

二。分子连接法
　又分为４种方法：
　１。位点连接法：根据位点的特征和位置在活性口袋放入合适的小分子碎片，在片断上进行合适的生长和连接以得到完整的配体分子。
　２。碎片连接法：将与受体活性位点有较好作用的基团用连接基团连接。
3。逐步生长法：以一个片断作为起点，逐步生长得到一个完整的配体分子的方法。
4。随机连接法：原理类似于上一个方法。

全新药物设计面临的问题：
1。设计片断和蛋白质的柔性问题。
2。缺乏完善。有效的评价方法来评估配体。
3。设计过程只考虑受体与配体的作用，无法考虑药物复杂的作用机制。
4。可能设计的基团在化学和生物上存在不稳定现象，或者难于合成

结语：以上是我根据自己的学习体会和我的笔记整理所写，也是对我对于全新药物设计文献阅读的一个总结。在这里把我阅读的文献也发上来，希望我的这点文字能够对对这个方面感爱好的版友们提供一点帮助。
文献：1。Computational approaches to structure-based ligand design
2。Computer-AssistedDrugDesign
3。全新药物设计方法的新进展
文献发到了我的油箱，zai20060616@163.com,密码223344，谢谢！

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