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weitong金虫 (正式写手)
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作业管理torque和maui使用问题：error while loading shared libraries: libimf.so
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尝试组建一个集群，按照网上的安装过程http://blog.csdn.net/educast/article/details/7168467，安装了Torque2.5.13和Maui3.3.1,并且参考了南开大学张鋆的集群构建教程，安了了mpiexec 0.84替代pbs_sched. 在主机root下将pbs_server，pbs_mom,maui都正常启动了，子节点上pbs_mon也正常启动了。 pbsnodes可以看到各个节点的情况。 但是测试一个任务时$ qsub submit.pbs, terminal下没有出错信息,但是result文件是空的。查看了first_task.o0，发现里面有出错信息 /usr/local/sbin/pbs_iff: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory mpiexec: Error: get_hosts: pbs_connect: Unauthorized Request . 查找libimf.so，发现在/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64,/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/ia32,/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/mic里面都有，尝试将他们都在/etc/profile和/etc/bashrc里面添到到LD_LIBRARY_PATH，并且source了一下。但是仍然没决决问题。 其实这 个libimf.so找到到，还发生在$sudo /etc/init.d/pbs_server start时。只有在su登录后，才能正常启动。 [root@magnetics weitong]# /etc/init.d/pbs_server start /var/spool/torque/server_priv/serverdb Starting TORQUE Server: [确定] [weitong@magnetics ~]$ sudo /etc/init.d/pbs_server start [sudo] password for weitong: /var/spool/torque/server_priv/serverdb Starting TORQUE Server: /usr/local/sbin/pbs_server: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory [失败] *附***submit.pbs***** #!/bin/sh #PBS -l nodes=mag02:ppn=8+magnetics:ppn=8 （使用mag02上8个CPU和magnetics上8个CPU） #PBS -q batch #PBS -j oe #PBS -N first_task (任务名字，随便取) cd /home/weitong /usr/local/mpitorque/bin/mpiexec ./Work/Computing/hellocluster > result |
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weitong
金虫 (正式写手)
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- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
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问题解决,根本原因是计算节点slave上的so文件路径不全，要修改补充计算节点上/etc/ld.so.conf,以及/etc/ld.so.conf.d/里面的conf文件。 附上解决过程： 主机上: [root@magnetics ld.so.conf.d]# scp torque.conf mag02:/etc/ld.so.conf.d/ 在计算节点mag02机子上： [weitong@mag02 etc]$ sudo /sbin/ldconfig /etc/ld.so.conf (新新so路径) 在主机上: [weitong@magnetics Computing]$ qsub submit.pbs 61.magnetics 出现新的错误first_task.o61， 说明上面通过conf文件添加so路径的方法奏效了。 /usr/local/sbin/pbs_iff: error while loading shared libraries: libtorque.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory mpiexec: Error: get_hosts: pbs_connect: Unauthorized Request . 查找发现libtorque.so.2在/usr/local/lib里面 在计算节点mag02机子上： [weitong@mag02 etc]$ sudo vim ld.so.conf，加入/usr/local/lib include ld.so.conf.d/*.conf /usr/local/lib 主上上： [root@magnetics ld.so.conf.d]# scp mpitorque.conf mag02:/etc/ld.so.conf.d/ 在计算节点mag02机子上： [weitong@mag02 etc]$ sudo /sbin/ldconfig /etc/ld.so.conf *************Done,解决问题。原来要将找不到的so文件路径加入到conf文件中。 ************* |
2楼2014-03-23 00:09:38