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zhuimeng08银虫 (正式写手)
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[求助]
不会用 VMD 求高手指教
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刚刚接触VMD软件，不会用，看了一下它的中文教程 依然不会，请高手赐教： 我要做分子的膜动力学，想用VMD软件，把膜和我处理好的蛋白放在一块，也就是在磷脂双分子层膜中镶嵌 蛋白质，然后把不需要的磷脂双分子层删除？但是删除时，运行命令vmd -dispdev text < combine.tcl | tee combine.log 后，输出的PDB文件，没有坐标，combine.log显示 psfgen) Created by CHARMM version 27 1 vmd > vmd > vmd > psfgen) clearing structure, preserving topology and aliases vmd > psfgen) reading structure from psf file membrane.psf psfgen) psf file does not contain cross-terms vmd > psfgen) reading coordinates from pdb file membrane.pdb psfgen) no segment psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom C1 DPP:1 psfgen) no segment psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom C2 DPP:1 psfgen) no segment psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom C3 DPP:1 psfgen) no segment psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom N4 DPP:1 psfgen) no segment ........... Info) Finished with coordinate file temp.pdb. 0 vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > atomselect0 vmd > vmd > ? ? ? ? ? ? ? ? vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > -55 vmd > 41 vmd > -51 vmd > 34 vmd > ? ? ? ? ? ? ? ? vmd > vmd > vmd > psfgen) Info: writing psf file protein_mem.psf psfgen) total of 26390 atoms psfgen) total of 9146 bonds psfgen) total of 16572 angles psfgen) total of 24364 dihedrals psfgen) total of 1500 impropers psfgen) total of 558 cross-terms psfgen) Info: psf file complete. vmd > psfgen) Info: writing pdb file protein_mem.pdb psfgen) Info: pdb file complete. vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > Info) VMD for WIN32, version 1.9.1 (February 1, 2012) Info) Exiting normally. psfplugin) Detected a Charmm31 PSF file 不知错在哪里了？求指教？ [ Last edited by zhuimeng08 on 2014-3-6 at 12:41 ] |
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zhuimeng08
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