24小时热门版块排行榜

返回列表

zhuimeng08

银虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1381.8
散金: 153
红花: 2
帖子: 435
在线: 276小时
虫号: 1254053
注册: 2011-04-03
专业: 药物化学

[求助] 不会用 VMD 求高手指教

刚刚接触VMD软件，不会用，看了一下它的中文教程依然不会，请高手赐教：
我要做分子的膜动力学，想用VMD软件，把膜和我处理好的蛋白放在一块，也就是在磷脂双分子层膜中镶嵌蛋白质，然后把不需要的磷脂双分子层删除？但是删除时，运行命令vmd -dispdev text < combine.tcl | tee combine.log 后，输出的PDB文件，没有坐标，combine.log显示
psfgen) Created by CHARMM version 27 1
vmd > vmd > vmd > psfgen) clearing structure, preserving topology and aliases
vmd > psfgen) reading structure from psf file membrane.psf
psfgen) psf file does not contain cross-terms
vmd > psfgen) reading coordinates from pdb file membrane.pdb
psfgen) no segment
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom C1    DPP:1
psfgen) no segment
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom C2    DPP:1
psfgen) no segment
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom C3    DPP:1
psfgen) no segment
psfgen) Warning: failed to set coordinate for atom N4    DPP:1
psfgen) no segment

...........
Info) Finished with coordinate file temp.pdb.
0
vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > atomselect0
vmd > vmd > ? ? ? ? ? ? ? ? vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > -55
vmd > 41
vmd > -51
vmd > 34
vmd > ? ? ? ? ? ? ? ? vmd > vmd > vmd > psfgen) Info: writing psf file protein_mem.psf
psfgen) total of 26390 atoms
psfgen) total of 9146 bonds
psfgen) total of 16572 angles
psfgen) total of 24364 dihedrals
psfgen) total of 1500 impropers
psfgen) total of 558 cross-terms
psfgen) Info: psf file complete.
vmd > psfgen) Info: writing pdb file protein_mem.pdb
psfgen) Info: pdb file complete.
vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > vmd > Info) VMD for WIN32, version 1.9.1 (February 1, 2012)
Info) Exiting normally.
psfplugin) Detected a Charmm31 PSF file

不知错在哪里了？求指教？

[ Last edited by zhuimeng08 on 2014-3-6 at 12:41 ]

回复此楼