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taowanjun1223

铜虫 (初入文坛)

[交流] 请教一些分子描述符怎么计算？用什么软件可以计算？

我刚开始学
希望大家多指教^_^

ABSQon和κα3两个描述符用什么软件可算？怎么算？谢谢

Size and shape-related descriptors
Kappa Alpha 3 (κα3): third order shape index that can discern isomers of the same molecule


Charge-related descriptors
The sum of absolute values of the charges on nitrogen and oxygen atoms in the molecule (ABSQon)
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1楼 2008-01-26 21:59:33
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢您的参与，欢迎您常来计算模拟版。
描述子的计算，更多用于QSAR（或者QSPR）
按说，应该属于化学信息学，而不属于分子模拟。
不过，没有化学信息学专版的情况下，应该属于药物设计。
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3楼2008-01-26 22:21:45
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):辛苦了！感谢帮助！！
(1) 自己编程序
(2) 专门计算描述子的软件：
    MolConnZ
      Dragon
(3) 大型软件中的模块
    Sybyl
      MOE
(4) 有些QSAR网站：很难找，而且未必能计算你要的这几种描述子
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2楼2008-01-26 22:18:45
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taowanjun1223

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2008-1-26 22:21:
描述子的计算，更多用于QSAR（或者QSPR）
按说，应该属于化学信息学，而不属于分子模拟。
不过，没有化学信息学专版的情况下，应该属于药物设计。

是的，我计算的描述子就是用于QSAR。谢谢你给的帮助^_^
我再按你的思路试试之前提到的一些软件!


我最先尝试的常用软件：
ACD ChemSketch V10.0可以算分子体积Volume,极化率等

Chemoffice可以算Dipole,LogP等

^_^这些都没有。。。所以就上来求助了
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4楼2008-01-27 11:34:29
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alicew

铜虫 (正式写手)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的回答，欢迎继续关注计算模拟版！
找原始文献，看看首创者是不是提供了计算方法。
也可以直接查那些qsar文献用了这些discriptor，然后看其methods里用什么工具算的。
QSAR的discriptor太多了，不会每个软件都能包括了
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5楼2008-02-01 11:27:05
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