24小时热门版块排行榜    

查看: 2084  |  回复: 7

向日葵2012

铜虫 (小有名气)

[求助] RMSD 已有1人参与

请教下面这个图是如何从TRAJEC.xyz文件中利用VMD程序包统计得到的?
求指点。。。。。。
RMSD
RMSD.jpg
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

勿忘心安
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
向日葵2012: 金币+8, 有帮助, 依然感谢 2014-02-20 16:52:24
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-20 21:55:30
本帖内容被屏蔽

2楼2014-02-20 15:11:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向日葵2012

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-02-20 15:11:44
从单个坐标文件得不到这个 这个是跑了分子动力学模拟之后分析得到的

跑了分子动力学模拟之后分析得到的?具体怎么分析的呢,请亲指教
勿忘心安
3楼2014-02-20 16:31:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-20 21:55:38
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-23 20:18:48
本帖内容被屏蔽

4楼2014-02-20 16:56:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yoghurt117

木虫 (正式写手)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-23 20:19:00
均方偏差,是不是TRAJEC.xyz里每一步的每一个原子坐标和输入文件的每个原子的坐标之差的平方之和,然后除以原子数,然后再开平方得到的?
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的!
5楼2014-02-23 17:16:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

向日葵2012

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yoghurt117 at 2014-02-23 17:16:17
均方偏差,是不是TRAJEC.xyz里每一步的每一个原子坐标和输入文件的每个原子的坐标之差的平方之和,然后除以原子数,然后再开平方得到的?

我理解应该是这样的,仅供参考
勿忘心安
6楼2014-02-24 15:24:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

oxox6085

专家顾问 (正式写手)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-24 16:45:27
root mean square displacement
不过这个图y轴单位是什么啊?如果是Angstrom的话也太大了
有些事情可能只有计算机模拟能告诉我们答案
7楼2014-02-24 16:04:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Awcse

新虫 (小有名气)

你好我是第一性远离计算的MD也想求解RMSD不知道你解决了这个问题没有
8楼2015-12-21 20:16:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 向日葵2012 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 303求调剂 +3 睿08 2026-03-17 3/150 2026-03-17 15:24 by 哦哦123
[考研] 材料专硕306英一数二 +6 z1z2z3879 2026-03-16 8/400 2026-03-17 14:03 by 勇敢太监王公公
[考研] 278求调剂 +3 Yy7400 2026-03-13 3/150 2026-03-17 08:24 by laoshidan
[考研] 274求调剂 +5 时间点 2026-03-13 5/250 2026-03-17 07:34 by 热情沙漠
[考研] 材料专硕326求调剂 +5 墨煜姒莘 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:30 by 木瓜膏
[考研] 085601求调剂 +3 Du.11 2026-03-16 3/150 2026-03-16 20:42 by 无际的草原
[文学芳草园] 伙伴们,祝我生日快乐吧 +17 myrtle 2026-03-10 26/1300 2026-03-16 18:32 by 青橙Ln
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 中科院材料273求调剂 +4 yzydy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 15:59 by Gaodh_82
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +6 zlingli 2026-03-13 6/300 2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考研] 288求调剂 +4 奇点0314 2026-03-14 4/200 2026-03-14 23:04 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 求调剂(材料与化工327) +4 爱吃香菜啦 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[考研] 336求调剂 +6 Iuruoh 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:06 by JourneyLucky
[考研] 土木第一志愿276求调剂,科研和技能十分丰富,求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 309分请求调剂 +7 dtdxzxx 2026-03-12 8/400 2026-03-13 14:43 by jxchenghu
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂! +3 不想理你 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[考研] 0856化工原理 +6 z2839474511 2026-03-10 6/300 2026-03-13 10:41 by houyaoxu
信息提示
请填处理意见