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向日葵2012

铜虫 (小有名气)

[求助] RMSD 已有1人参与

请教下面这个图是如何从TRAJEC.xyz文件中利用VMD程序包统计得到的？
求指点。。。。。。
RMSD
RMSD.jpg
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amber

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勿忘心安
1楼 2014-02-20 15:04:24
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
向日葵2012: 金币+8, ★有帮助, 依然感谢 2014-02-20 16:52:24
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 21:55:30
本帖内容被屏蔽
2楼2014-02-20 15:11:44
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向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-02-20 15:11:44
从单个坐标文件得不到这个 这个是跑了分子动力学模拟之后分析得到的

跑了分子动力学模拟之后分析得到的？具体怎么分析的呢，请亲指教
赞一下 回复此楼
勿忘心安
3楼2014-02-20 16:31:16
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 21:55:38
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-23 20:18:48
本帖内容被屏蔽
4楼2014-02-20 16:56:07
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yoghurt117

木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-23 20:19:00
均方偏差，是不是TRAJEC.xyz里每一步的每一个原子坐标和输入文件的每个原子的坐标之差的平方之和，然后除以原子数，然后再开平方得到的?
赞一下 回复此楼
I am 废Man! 把握住每一刻才是最重要的！
5楼2014-02-23 17:16:17
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向日葵2012

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yoghurt117 at 2014-02-23 17:16:17
均方偏差，是不是TRAJEC.xyz里每一步的每一个原子坐标和输入文件的每个原子的坐标之差的平方之和，然后除以原子数，然后再开平方得到的?

我理解应该是这样的，仅供参考
赞一下 回复此楼
勿忘心安
6楼2014-02-24 15:24:37
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oxox6085

专家顾问 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-24 16:45:27
root mean square displacement
不过这个图y轴单位是什么啊？如果是Angstrom的话也太大了
赞一下 回复此楼
有些事情可能只有计算机模拟能告诉我们答案
7楼2014-02-24 16:04:06
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Awcse

新虫 (小有名气)
你好我是第一性远离计算的MD也想求解RMSD不知道你解决了这个问题没有
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8楼2015-12-21 20:16:43
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