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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 有smiles分子格式，如何得到相应的3D，mol2格式的化学结构式？
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虫末末

新虫 (小有名气)

[求助] 有smiles分子格式，如何得到相应的3D，mol2格式的化学结构式？ 已有1人参与

2张图，需要从smiles转化成mol2、

我这里的corina不能用。还有别的办法吗？
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1楼 2014-02-18 19:48:40
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-19 11:01:21
虫末末: 金币+10, ★有帮助, 还在迷茫中 2014-02-20 14:56:58
本帖内容被屏蔽
2楼2014-02-18 19:58:50
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 22:00:56
本帖内容被屏蔽
3楼2014-02-18 19:59:09
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虫末末

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by smutao at 2014-02-18 19:59:09
babel -i in.smiles -o out.mol2

您好。这是什么意思啊？没看懂啊。

我是新手。
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4楼2014-02-18 20:13:18
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虫末末

新虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-19 11:01:30
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-02-18 19:58:50
babel -i in.smiles -o out.sdf

明白楼主的意思了。我试过这个办法了。可以倒出文件来。

可是用sybyl还是打不开。

只能认为文件格式没有转换成功。
赞一下 回复此楼
5楼2014-02-18 21:00:43
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 22:02:11
本帖内容被屏蔽
6楼2014-02-20 15:08:26
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虫末末

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by smutao at 2014-02-20 15:08:26
你用pymol打开先试试
...

好。我再试试
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7楼2014-02-20 21:23:31
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虫末末

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by smutao at 2014-02-20 15:08:26
你用pymol打开先试试
...

我是用软件转化无机小分子。
赞一下 回复此楼
8楼2014-02-20 21:26:39
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