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lao7

金虫 (正式写手)

[求助] 分子模拟计算机配置选择 已有2人参与

各位,小弟刚刚加入分子模拟行列,啥都不懂,现在手头只有25000元的款项,想购台用于分子模拟的计算机,一直纠结,问题如下:
    1)用高斯或者Amber软件,用来模拟生物分子。这样可能最低要16核CPU,32G内存的配置,这样的配置品牌机应该在至少3万以上,如果购买组装机只能买工程测试CPU,这样的CPU有很大的隐患,各位能否推荐一款25000元以下的计算机配置?
    2)酷龙AMD的CPU用来做分子模拟的性能怎么样?
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lao7

金虫 (正式写手)

引用回帖:
15楼: Originally posted by smutao at 2014-01-19 22:45:01
对的 线程越多 加速几乎是成倍的
如果原来单线程30天跑完,现在有16核的,可能跑2天不到,32核的,可能1天就跑完,但是只是大概,
这个关系在cpu数目比较少的时候是成立的,叫scale,
如果有条件的话,买支持G ...

谢谢你的交流,使我受益匪浅,我准备买AMD的处理器的了,把主板CPU升级为AMD OPTERON 6272  2.1G 十六核 正式版 ,相当于主频从1.6升级为2.1GHZ。
   加两块显卡NVIDIA GTX 680进行GPU加速。但是有个问题,NVIDIA GTX 680好像对双精度运算不支持?请问分子模拟时,双精度运算很重要吗?
17楼2014-01-19 22:59:16
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lkui486

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lao7: 金币+2 2014-01-19 21:01:27
这个价格的话可以配Intel 至强 e5 2650两颗,内存金士顿ecc 32G,1TB WD黑盘,华硕Z系列主板。

[ 发自小木虫客户端 ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2014-01-19 14:41:59
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smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lao7: 金币+2 2014-01-19 21:01:21
lao7: 金币+1, ★★★★★最佳答案 2014-01-19 23:18:22
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-21 18:12:08
本帖内容被屏蔽

3楼2014-01-19 16:14:41
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lao7

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by smutao at 2014-01-19 16:14:41
推荐国产 亿时空 的服务器
性价比超高 可以给你配的
楼主搞双路cpu 每个12线程 一共24个线程 应该够了

刚才问了一个公司,推荐两个配置,请楼主帮我看看哪个更合适?我用高斯和Amber分子模拟软件,请帮我参考一下,就听你意见了,明天下单:
方案1:AMD平台:

CPU        AMD OPTERON 6262He 1.6G 十六核 正式版                 2        19900
风扇        1944 针  服务器专用散热风扇                4       
内存        原装 正品原厂 4G DDR3 ECC  REGS                8       
硬盘        希捷ST  1T SATA 7200转 企业级硬盘                1       
显卡        NVIDIA GTX 680                       
主板        超微H8DGI-F 双路服务器主板 三个PCI-E 16X插槽                1       
超微塔式机箱电源        5个热插拔硬盘  塔式                                       1400W冗余电源(2+1)                                                                                          1       
                               
方案2:
CPU        Intel Xeon 5650 2.66G  六核十二线程 正式版                2        17500
风扇        1U 1366针  服务器专用散热风扇                2       
内存        原厂 正品 8G DDR3 ECC  REGS 1600                4       
硬盘        希捷ST  1T SATA 7200转 企业级硬盘                1       
显卡        Nvidia GTX 680                       
华硕准系统        2U 八盘位 热插拔 机架式 服务器机箱 1620W冗余电源(1+1) Intel 5500芯片组主板 四个PCI-E16X                 1
4楼2014-01-19 20:57:36
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