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dinghong1983

新虫 (初入文坛)

[求助] blastx和blastn结果不一致,如何确定预测结果 已有1人参与

麻烦问一下我有一个序列在ncbi中blastx没有相似序列,blastn有相似序列,翻译的蛋白进行蛋白比对也有相似蛋白,这三个比较结果不一致,应该哪种方法比较可信?
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sun_in_night

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-01-18 16:09:39
dinghong1983: 金币+15, ★★★很有帮助 2014-01-18 20:05:45
做蛋白一般就直接比蛋白序列,所得结果你也得看e-vale, identity,和query然后再决定这个结果可信否。而且有些蛋白序列比较之间相似很低,但是都有相同的保守序列或保守功能结构,这个也很可能是同一家族的蛋白。

你比核酸序列除非你在需要在核酸层面上做些什么。总的来说还是看你的目的而定。
2楼2014-01-18 06:39:52
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