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使用gfortan，openmpi以及BLAS, BLACS, Lapack, Scalapack编译SIESTA已有1人参与
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1.编译openmpi (http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.6/) (1) ./configure --prefix=/home/x_guazh/software/openmpi-1.6.5 CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran FC=gfortran (3) make all install (4) 打开 ~/.bashrc 添加环境变量: export PATH=/home/x_guazh/software/openmpi-1.6.5/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH= /home/x_guazh/software/openmpi-1.6.5/lib: $LD_LIBRARY_PATH (5) source ~/.bashrc 2.编译Lapack (http://www.netlib.org/lapack) (1) cp make.inc.example make.inc 然后编辑Makefile，找到lib选项，编辑为： lib: lapacklib blaslib lapackelib tmglib variants 这样就把所有的东西都编译出来，默认是不编译blas的 (2) make 这样在目录下就会出来： liblapack.a, blaslib.a, lapackelib.a, tmglib.a 3.编译BLACS (1) 下载MPIBLACS: http://www.netlib.org/blacs/mpiblacs.tgz 下载补丁：http://www.netlib.org/blacs/mpiblacs-patch03.tgz (2) tar -zxvf mpiblacs.tgz tar -zxvf mpiblacs-patch03.tgz (3) cd BLACS cp BMAKES/Bmake.MPI-LINUX ./Bmake.inc (4) vi Bmake.inc (参见：http://www.open-mpi.org/faq/?category=mpi-apps#blacs) # Section 1: BTOPdir = /home/x_guazh/software/BLACS COMMLIB = MPI # Ensure to use MPI for the communication layer COMMLIB = MPI # The MPIINCdir macro is used to link in mpif.h and # must contain the location of Open MPI's mpif.h. # The MPILIBdir and MPILIB macros are irrelevant # and should be left empty. MPIdir = /home/x_guazh/software/openmpi-1.6.5-gnu MPILIBdir = MPIINCdir = $(MPIdir)/include MPILIB = # Section 2: SYSINC = INTFACE = -Df77IsF2C SENDIS = BUFF = TRANSCOMM = -DUseMpi2 WHATMPI = SYSERRORS = # Section 3: # You may need to specify the full path to # mpif77 / mpicc if they aren't already in # your path. F77 = mpif77 F77LOADFLAGS = CC = mpicc CCLOADFLAGS = (4) make mpi 编译完成后，在LIB下面出现： blacsCinit_MPI-LINUX-0.a blacsF77init_MPI-LINUX-0.a blacs_MPI-LINUX-0.a 4.编译scalapack 参见：http://www.open-mpi.org/faq/?category=mpi-apps#scalapack (1) 下载：http://www.netlib.org/scalapack/scalapack-2.0.2.tgz (2) tar zxvf scalapack-2.0.2.tgz (3) cd scalapack-2.0.2 (4) cp SLmake.inc.example SLmake.inc (5) vi SLmake.inc 2.0.2版本的文件设置比较简单 BLASLIB = /home/x_guazh/software/lapack-3.5.0/librefblas.a LAPACKLIB = /home/x_guazh/software/lapack-3.5.0/liblapack.a 5.编译siesta 把上面得到的.a文件全部拷到一个文件中，方便使用，比如~/software/lib librefblas.a liblapack.a blacsCinit_MPI-LINUX-0.a blacs_MPI-LINUX-0.a blacsF77init_MPI-LINUX-0.a libscalapack.a part of arch.make: FFLAGS= -ftree-vectorize -O3 FFLAGS_DEBUG= -g PATH_LIB=/home/x_guazh/software/lib BLAS_LIBS=$(PATH_LIB)/librefblas.a LAPACK_LIBS=$(PATH_LIB)/liblapack.a BLACS_LIBS=$(PATH_LIB)/blacsCinit_MPI-LINUX-0.a $(PATH_LIB)/blacs_MPI-LINUX-0.a $(PATH_LIB)/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a SCALAPACK_LIBS=$(PATH_LIB)/libscalapack.a #COMP_LIBS=dc_lapack.a # it it needed only if there is lack of LAPACK/BLAS MPI_INTERFACE= libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=. FPPFLAGS_MPI=-DMPI [ Last edited by zhangguangping on 2014-1-17 at 11:43 ] |
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2楼2014-01-16 08:03:57
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先收藏了，guangping兄好勤奋啊，佩服佩服。另外借宝地想请教guangping兄和各位大侠们，用siesta做结构优化的时候有没有用过MD.RelaxCellOnly T这个设置先只优化晶胞参数？我现在在优化一个六方晶系的晶体，其他人一般的做法是：先设置一系列晶格常数，计算总能量，找到总能量最低的晶格常数，然后固定晶胞，只优化原子坐标。我看见siesta手册上有MD.RelaxCellOnly 这个参数，可以只优化晶胞参数，所以就直接拿这个参数来优化晶格常数和夹角，不知道这样做可不可以？ 下面是晶胞和坐标一起优化的设置：  结果是： outcell: Cell vector modules (Ang) : 7.942596 7.942622 5.742192 outcell: Cell angles (23,13,12) (deg): 90.0157 90.0139 120.0227 下面是只优化晶胞参数的设置：  结果是： outcell: Cell vector modules (Ang) : 7.931178 7.931178 5.750268 outcell: Cell angles (23,13,12) (deg): 90.0000 90.0000 120.0000 请问一下这两种方法哪种是正确的，哪种不正确呢？还请赐教，多谢了。 |
3楼2014-01-16 10:05:45
5楼2014-02-22 14:37:56