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求助 如何实现leava one out
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loappleve
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专业: 制药
[交流]
求助 如何实现leava one out
用多元线性回归建模以后 如果做leave one out 检验
有什么软件可以实现 自己写的话 需要输出什么结果
[
Last edited by csfn on 2008-12-29 at 20:16
]
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1楼
2008-01-11 12:33:11
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专业: 生物大分子结构与功能
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8楼
2008-01-31 11:15:20
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申请仿真EPI
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snoopyzhao
至尊木虫
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注册: 2006-02-13
专业: 污染生态化学
★
spur(金币
+1
,VIP
+0
): 感谢参与!欢迎常来!
我以前在这里贴过一个用 R 语言写的 leave-one-out 的小程序,可以找找看,呵呵
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2楼
2008-01-11 14:19:04
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2006Jerry
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虫号: 419579
注册: 2007-07-06
专业: 质谱分析
没有搜到啊!
能否请snoopyzhao发一份啊!
谢谢!
gzg_123@tom.com
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3楼
2008-01-11 14:43:02
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snoopyzhao
至尊木虫
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注册: 2006-02-13
专业: 污染生态化学
★ ★ ★ ★ ★
zzgyb(金币
+5
,VIP
+0
):谢谢您的参与,欢迎您常来计算模拟版。
两年前写的,仅供参考。
CODE:
cv.lm <- function(obj, loo = TRUE) {
#
# The Leave-One-Out (LOO) and/or Leave-Group-Out (LGO) Cross-Validation in R for (Multiple) Linear Regression.
#
# Input:
# obj: the model of MLR
# loo: logic, if FALSE, do LGO CV
#
# Note:
# the following two varible should be assigned according to the number of observation in the data set.
# m: the number of loop when doing validation.
# n: the number of removed observations.
#
# Output:
# q.squared: cross-validation relation coefficient.
# SDEP: Standard Deviation of Error of Predictions
# newsq: variance in Y explained only for LOO CV
#
# Usage:
# loo <- cv.lm(obj)
# lgo <- cv.lm(obj, loo = FALSE)
#
# Copyright (C) 2005
#
data <- data.frame(y = obj$model[,1], x = obj$model[, -1])
N <- nrow(data)
if (loo == TRUE) {
ytest <- data[, 1]
newrsq <- numeric(N)
ypred <- numeric(N)
for(i in 1:N){
newtrain <- data[-i, ]
xtest <- data[i, -1]
newfm <- lm(y ~., data = newtrain)
newrsq[i] <- summary(newfm)$r.squared
ypred[i] <- predict(newfm, xtest)
}
}
else {
m <- 40
n <- round(N / 10)
newrsq <- numeric(m)
ytest <- numeric(m*n)
ypred <- numeric(m*n)
for (i in 1:m) {
j <- sample(N, n, replace = FALSE)
newtrain <- data[-j, ]
xtest <- data[j, -1]
ytest[((i-1) * n + 1):(i * n)] <- data[j, 1]
newfm <- lm(y ~., data = newtrain)
ypred[((i-1) * n + 1):(i * n)] <- predict(newfm, xtest)
}
}
q.squared <- 1 - sum((ytest - ypred)^2) / sum((ytest - mean(ytest))^2)
if (loo == TRUE) {
SDEP <- sqrt(sum((ytest - ypred)^2) / N)
}
else {
SDEP <- sqrt(sum((ytest - ypred)^2) / (m * n))
}
if (loo == TRUE) {
return(list(q.squared = q.squared, SDEP = SDEP, newrsq = newrsq))
}
else {
return(list(q.squared = q.squared, SDEP = SDEP))
}
}
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4楼
2008-01-12 10:09:19
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