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解子林

新虫 (小有名气)

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虫号: 1697306
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专业: 有机合成

[求助] 使用berendsen方法控温控压问题已有1人参与

在使用berendsen对含水的MOF进行控温控压模拟时，同样的fix条件，不同的含水量有的可以跑，有的出现温度升高，体系分解的状况，哪位大神帮忙给点建议！以下是我的in文件：

# ReaxFF potential for MOF

units real
boundary p p p
atom_style charge

read_data data.IRMOF1+16H2O-BER.txt

mass 1 12.0107          #苯环上的C
mass 2 12.0107          #羧基C
mass 3 1.00794          #苯环上的H
mass 4 15.9994          #中心O
mass 5 15.9994          #桥O
mass 6 65.38          #Zn
mass 7 15.9994       #水中的O
mass 8 1.00794       #水中的H

pair_style reax 6.0 1 1 1.0e-6
pair_coeff * * ffield.reax 1 1 2 3 3 4 3 2

compute reax all pair reax

variable eb       equal c_reax[1]
variable ea       equal c_reax[2]
variable elp    equal c_reax[3]
variable emol    equal c_reax[4]
variable ev    equal c_reax[5]
variable epen    equal c_reax[6]
variable ecoa    equal c_reax[7]
variable ehb    equal c_reax[8]
variable et    equal c_reax[9]
variable eco    equal c_reax[10]
variable ew    equal c_reax[11]
variable ep    equal c_reax[12]
variable efi    equal c_reax[13]
variable eqeq    equal c_reax[14]

neighbor 2.5 bin
neigh_modify every 10 delay 0 check no
group IRMOF1 type 1 2 3 4 5 6
group water type 7 8
#minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
velocity all create 300.0 825577 dist gaussian units box
fix 1 all reax/bonds 1000 bonds.reax
fix 2 all nve
fix 4 all temp/berendsen 300.0 300.0 10.0
fix 6 all press/berendsen iso 1.0 1.0 1000.0 modulus 1.0e6
run_style verlet
dump 1 all custom 1000 trj.IRMOF1+20water-1 id type q x y z
#dump_modify 1 scale no
dump_modify 1 sort 1
restart 100 restart1 restart2
thermo 1000
thermo_style custom step cpu temp evdwl ecoul epair etotal press vol enthalpy &
               v_eb v_ea v_elp v_emol v_ev v_epen v_ecoa v_ehb &
         v_et v_eco v_ew v_ep v_efi v_eqeq
thermo_modify flush yes
timestep 1
run 2000000

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