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loappleve

金虫 (小有名气)

[交流] 关于moe

实验室明年要买moe
大家有没有用过的 介绍点经验啊
看help文件 感觉不够啊
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1楼 2007-12-29 22:24:16
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):感谢帮助！！
MOE是加拿大ChemComp Group公司的产品，从设计上来说，包含了Sybyl、Catalyst、Discovery Studio等软件的功能。
从界面上来说，最突出的是MOE在Windows、Linux和UNIX系统下的界面和操作完全一致。做到这一点还是很不容易的。
不过，熟悉了Windows下Modeless风格（即每个窗口只有被激活时才能接受鼠标或者键盘的输入）的用户，也许感到不太习惯。因为MOE如果开了几个窗口的话，每个窗口都不必在激活的情况下就可以直接接受用户输入。
此外，该公司的创立人是一个数学家。MOE和SYBYL类似，也有自己的编程语言。SYBYL是SPL语言，MOE是SVL。SVL语言的最大特色是其基本变量是矢量。
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2楼2007-12-29 22:48:41
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cometring

木虫 (著名写手)

爱你就等于爱自己
Catalyst？可以模拟催化剂？？
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与超版斗，其乐无穷；与斑竹斗，其乐无穷；与虫子斗，其乐无穷。
3楼2007-12-29 23:57:04
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yelverxm

金虫 (小有名气)
偶一直在网上找下载的，没找到。。。
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In God we trust
4楼2007-12-30 01:34:05
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★
spur(金币+4,VIP+0):辛苦了！感谢帮助！：）
引用回帖:
Originally posted by cometring at 2007-12-29 23:57:
Catalyst？可以模拟催化剂？？

Catalyst的确是催化剂的意思。

不过，还有很多公司或者产品也叫Catalyst。

例如，美国的Catalyst公司是著名的电子设备生产商，产品服务于全世界大范围的技术开发人员，从刚成立的高科技公司到全球最大的计算机软硬件生产商。所有从事USB，PCI Express，SATA，SAS， PCI和 PCI-X产品开发的公司都可以受益于Catalyst的产品。Catalyst的用户包括软件开发商，计算机生产商，外围设备生产商，增值业务转卖商，系统集成商，存储产品开发商，网络公司，元器件生产商（比如半导体公司）。

日常生活中，恋爱男女的Catalyst可能是一束花、一杯酒或者一段音乐。

美国Accelrys公司的一款软件也起名字叫Catalyst，意思是“催化”药物设计研究。老汉前面提到的Catalyst就是指这款软件。

Catalyst 是Accelrys公司开发的面向药物研究领域的综合性药物开发软件。通过确立正确的药效团模型，并利用这一药效团模型及来自受体的信息形成约束条件，对Catalyst所管理的化合物数据库进行检索。药效团模型可对检索得到的化合物的活性进行预测和评价，最后帮助研究人员找到合乎要求的先导化合物。

基本功能：

产生多构象的分子
基于SAR数据（结构-活性相关数据）自动产生药效团
基于药效团对分子进行叠合
基于形状建立化合物数据库，或基于形状对化合物数据库进行三维检索


在药物发现过程中，Catalyst可以从以下角度帮助科研人员：

- 寻找包含相似药效团或相似形状的新分子，这些分子可能对靶点具有拮抗或激动性质
- 利用一组化合物分子，解释结构-活性关系
- 为替换取代基设计全新先导化合物提供思路

什么是药效团？

药效团是一种与生物活性相关的抽象分子特征的表示方法。这些抽象分子特征包括三维的（亲疏水性基团、带电/可离子化基团、氢键供体/受体等），二维的（子结构）和一维的（物化和生物性质）。Catalyst可利用一系列结构和生物活性具有一定差别的化合物数据集构建三维药效团模型。这些模型可用于检索三维数据库，寻找与模型相吻合的结构，或预测新化合物的生物活性。Catalyst帮助科研人员将研究对象集中在可能有活性的化合物上，从而加快药物研发过程。

药效团模型的建立

通过已知的一系列化合物的二维结构和生物活性数据，Catalyst能够产生药效团模型，来解释这些化合物生物活性的变化。Catalyst利用可能与受体活性部位发生相互作用的重要化学特征来定义药效团模型，每一化学特征包含四部分内容：

化学功能：该功能包括亲疏水性基团、带电/可离子化基团和氢键供体/受体。这些默认的化学功能还可以进一步细化或重新定义，进行灵活和独立的分析。Catalyst还可以对可及性表面进行检查，因而只选择能与受体相互作用的亲疏水性基团或氢键供/受体。

三维空间的位置和定向：Catalyst 可以通过绝对/相对坐标来定义不同化学特征的空间位置，而不仅仅定义化学特征间的距离，因而可以辨别结构对映体，同时大大提高算法的性能。

位置许可误差：每个化学功能用不同颜色的立体球表示。如：配体和活性结合位点的氢键受体和供体用表示重原子一端的两个球表示。球的大小代表位置精确度。小球意味着该特征的精确位置对活性很重要，大球表示位置要求低一些，从而可以识别哪些特征的位置要求更精确。

权重：每个化学功能对生物活性的重要性都用一个权重系数表示。数值表征该功能对活性贡献的大小，即该功能存在时的活性和不存在时活性比值的对数。如一个电荷特征基团的权重是2.0表示它存在时的活性是它不存在时的100倍。

三维结构信息的分析与管理

Catalyst先进的信息检索和分析能力可以搜索到许多新型的先导化合物。所有Catalyst数据库都能把结构信息和生物学数据整合，以ORACLE数据库格式储存。

基于空间形状的数据库搜寻

Catalyst/SHAPE可检索三维数据库、组合化学库，来寻找分子间的形状类似性。Catalyst/SHAPE用特定的三维构象来辨认三维形状类似的化合物。由于药物分子必须采取特定形状才能与受体空腔相配，当受体的X-光衍射或NMR结构得到后，Catalyst/SHAPE可提供快速挑选潜在新型化合物的方法。Catalyst/SHAPE可进一步筛选三维检索结果，从而集中处理最好的候选药物。形状类似检索比传统的类似检索产生结构更多样的候选药物，提高发现新型结构模板的几率，可进一步发展成治疗性化合物。

利用限制性抽象特征检索数据库的优点

Catalyst将抽象特征与灵活的几何限定条件相结合，尤其在定义药效团模型时，能够表达重要的化学概念。抽象可用于定义激动作用和拮抗作用必需的分子相互作用性质。相互作用特征的限制指定了相互作用的相对位置和方向，排除体积用于指定受体结合位置的几何限制条件。位置约束指每个相互作用的位置允许范围和相对重要性。为实现最佳检索性能，Catalyst经过了高度优化，即使最抽象的(化学表达)检索也不例外。Catalyst通过不同的数据库索引文件使检索速度达到最大。利用多CPU计算机或多机联网, Catalyst还可实现并行检索，大大提高检索效率。

可供Catalyst管理和检索的商用数据库有：

Derwent WDI, BioByte Master File, NCI, Chemical Available for Purchase/Screening, Jubilant Kinase inhibitor database（收录了包含165,000种激酶的抑制剂。其中超过60,000个化合物包含生物活性、作用机制、实验测试、靶酶结构及专利信息等）。

Catalyst支持多种输入输出格式包括：

MDL的Mol, Sketch和SD格式；
Sybyl的MOL2格式；
MacroModel的Mmod格式；
SMILES格式；
HyperChem的HIN格式；
图像格式；
以及Catalyst本身的chm, cpd, spst格式。

系统需求：

Catalyst可以运行于IBM eServer AIX操作系统、基于Intel芯片的Linux PC以及SGI UNIX工作站和服务器。

Catalyst 模块简介

Catalyst/VISUALIZER: 一个用于分子构建、三维结构编辑、药效团生成以及三维结构搜索的软件平台。无论对于实验化学家还是理论化学家，它都简单易用。
ConFirm: 基于Polling算法的多构象模型生成工具。
Catalyst/COMPARE: 提供了分子和药效团之间比较、叠合的工具。
Catalyst/SHAPE: 用一个特定的三维结构的形状作模板，确定可能与此模板具有相似形状的化合物。该模块是对基于化学特征药效团搜寻方法的一个有效补充。
Catalyst/INFO: 建立及管理来自于科研人员自身工作的三维结构数据库，它可以与MDL ISIS数据库建立联系。
Catalyst DBServer: 基于药效团进行数据库搜索的工具，可以帮助科研人员查找到可能的先导化合物。这些可检索的药效团中包含了结合特征、形状以及特性约束等信息，将这样的药效团作为一个数据库的检索条件，在包含了成千上万个分子结构的商业或内部数据库中进行查询。DBServer在检索时还考虑了分子三维结构的柔性。DBServer模块除了提供检索引擎外，还免费提供Maybridge和NCI的数据库。
CatDBLibrary: 基于母体结构产生Catalyst格式虚拟组合库的工具。这个模块可以用来产生包含多个R取代基经过排列组合形成的高质量的多构象库。此外，对排列组合得到的每一个确定的结构，用户还可自行定义产生多构象的方法。
Catalyst Jubilant Kinase Database: 收录了包含165,000个激酶的抑制剂。其中超过60,000个化合物包含生物活性、作用机制、实验测试、靶酶结构以及专利信息等。
HipHop: 对一组都具有活性的化合物进行基于特性结构的比对并自动生成药效团模型的工具。这些特性结构包括亲疏水性基团、氢键给体/受体和正/负电荷基团等。使用HipHop产生药效团模型时不需要提供具体的活性数据。同时HipHop可根据化合物和药效团叠合、匹配的情况对候选分子或三维数据库搜寻结果的活性进行定性的评价。
HypoGen: 根据一组活性有较大差异的化合物自动生成具有构效关系的药效团模型的工具。使用HypoGen产生药效团模型时需要提供具体的活性数据，并且活性需要具有一定的差异性。利用HypoGen产生的药效团模型可直接预测候选分子的活性。
HypoRefine: 提供一种新的生成更精确的药效团模型的算法。HypoRefine可对通过HypoGen产生的药效团进行优化，在产生药效团的过程中考虑排除体积，从而引入受体占有空间位阻的信息。精修后得到的药效团模型可以提高预测能力。
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5楼2007-12-30 09:53:54
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luai071

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2007-12-30 09:53:


Catalyst的确是催化剂的意思。

不过，还有很多公司或者产品也叫Catalyst。

例如，美国的Catalyst公司是著名的电子设备生产商，产品服务于全世界大范围的技术开发人员，从刚成立的高科技公司到全球最大的 ...

yalefield兄真是~~

唉，太博学了
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6楼2007-12-30 20:01:08
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
引用回帖:
Originally posted by luai071 at 2007-12-30 20:01:
yalefield兄真是~~
唉，太博学了

无它，手熟而。
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7楼2007-12-30 22:28:06
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loappleve

金虫 (小有名气)
咋就跑到Catalyst上了呢
我想了解一下它里面QSAR还有DOCKING得功能
yalefield兄
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8楼2007-12-30 22:37:27
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
如果没记错，MOE里有QuaSAR，也有Docking。
用CNKI查中文，好像只有1篇介绍MOE的。
建议你还是看看MOE的网站：http://www.chemcomp.com/
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9楼2007-12-30 23:57:49
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