| 查看: 387 | 回复: 0 | ||
yangchuanyu2捐助贵宾 (小有名气)
|
[求助]
关于利用illumina sequencing 构建遗传图谱的问题
|
|
目前有番木瓜F2代群体的DNA，本人想通过illumina相应的KAPA Library Preparation Kit构建测序文库做Illumina DNA-sequencing（DNA skim sequencing），测序覆盖度5×（5× coverage），测序平台为illumina 2500，目的是通过Illumina测序方法来构建番木瓜高密度遗传图谱，用该遗传图谱指导非转基因番木瓜全基因组组装。 但是现在有两个问题： 不知道Library Preparation过程中胶回收的片段大小（Size selection），我知道一般用于木瓜全基因组测序和组装的回收片段大小一般为500-700 kb，但不太清楚如果用于遗传图谱构建，回收片段大小需不需要改变，是否跟双端测序或者单端测序有关。 另外，请问各位大侠是否有看过illumina测序构建高密度遗传图谱的文章，或者做过类似的实验，本人对这块完全陌生，恳请各位能给一些建议。 番木瓜遗传背景：目前已经有转基因番木瓜SunUp全基因组草图，番木瓜有2n=18条染色体，基因组大小为372Mb，若干不同方法构建的遗传图谱和物理图谱。 |
回复此楼» 猜你喜欢
过年走亲戚时感受到了所开私家车的鄙视链
已经有10人回复
-
今年春晚有几个节目很不错，点赞！
已经有12人回复
-
情人节自我反思：在爱情中有过遗憾吗？
已经有13人回复
-
体制内长辈说体制内绝大部分一辈子在底层，如同你们一样大部分普通教师忙且收入低
已经有12人回复
-
基金正文30页指的是报告正文还是整个申请书
已经有5人回复