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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yangchuanyu2

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[求助] 关于利用illumina sequencing 构建遗传图谱的问题

目前有番木瓜F2代群体的DNA,本人想通过illumina相应的KAPA Library Preparation Kit构建测序文库做Illumina DNA-sequencing(DNA skim sequencing),测序覆盖度5×(5× coverage),测序平台为illumina 2500,目的是通过Illumina测序方法来构建番木瓜高密度遗传图谱,用该遗传图谱指导非转基因番木瓜全基因组组装。

但是现在有两个问题:

不知道Library Preparation过程中胶回收的片段大小(Size selection),我知道一般用于木瓜全基因组测序和组装的回收片段大小一般为500-700 kb,但不太清楚如果用于遗传图谱构建,回收片段大小需不需要改变,是否跟双端测序或者单端测序有关。

另外,请问各位大侠是否有看过illumina测序构建高密度遗传图谱的文章,或者做过类似的实验,本人对这块完全陌生,恳请各位能给一些建议。

番木瓜遗传背景:目前已经有转基因番木瓜SunUp全基因组草图,番木瓜有2n=18条染色体,基因组大小为372Mb,若干不同方法构建的遗传图谱和物理图谱。
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