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关于利用illumina sequencing 构建遗传图谱的问题
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目前有番木瓜F2代群体的DNA，本人想通过illumina相应的KAPA Library Preparation Kit构建测序文库做Illumina DNA-sequencing（DNA skim sequencing），测序覆盖度5×（5× coverage），测序平台为illumina 2500，目的是通过Illumina测序方法来构建番木瓜高密度遗传图谱，用该遗传图谱指导非转基因番木瓜全基因组组装。 但是现在有两个问题： 不知道Library Preparation过程中胶回收的片段大小（Size selection），我知道一般用于木瓜全基因组测序和组装的回收片段大小一般为500-700 kb，但不太清楚如果用于遗传图谱构建，回收片段大小需不需要改变，是否跟双端测序或者单端测序有关。 另外，请问各位大侠是否有看过illumina测序构建高密度遗传图谱的文章，或者做过类似的实验，本人对这块完全陌生，恳请各位能给一些建议。 番木瓜遗传背景：目前已经有转基因番木瓜SunUp全基因组草图，番木瓜有2n=18条染色体，基因组大小为372Mb，若干不同方法构建的遗传图谱和物理图谱。 |
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