| 查看: 257 | 回复: 0 | ||
jaxb银虫 (正式写手)
|
[交流]
基于计算和芯片技术检测家兔microRNAs
|
|
MicroRNAs（miRNAs）是19-25nt长度的非编码小RNA,其在转录后水平调剂基因表达从而调控复杂的生物学过程。目前在人类、小鼠、鸡等物种上miRNAs的研究已经获得较大的进展，然而在家兔上研究的还很少。2010年，Guiming Liu等通过比较miRNAs数据库miRBase和兔子基因组，然后用表达芯片和RT-PCR实验方法验证，在兔子基因组确认了266个基因编码的274个miRNAs。这其中有49个是miRNA-miRNA-star，24个与转座元件（TEs）重叠。这些miRNAs大部分都是起源于原始祖先，因此和其它哺乳动物miRNAs间存在很大的保守性。当然也有一些miRNAs是种间特意的。比如一些重复或者缺失型的miRNAs，就是由于进化过程中基因组随机重复和随机突变产生的。我们基于芯片和RT-PCR以及靶标预测分析，发现在大脑、脾脏、肌肉、心脏和卵巢特异性表达的miRNAs,在一些GO分类中呈显著，因此认为这些miRNAs的靶基因可能在信号传导和转录调控中发挥着重要作用。 交流： 1，microRNA的长度有各种说法，比如，19-25、19~23、21~23等，不知道那个说法更加准确。 2，本文预测miRNAs时就是将miRbase数据比对到兔子基因组上，比对上且几个限制条件的就作为候选miRNAs。好像挺简单的，不知道这个理解对不对？ 参考文献：Liu G, Fang Y, Zhang H, Li Y, Li X, Yu J, Wang X. Computational identification and microarray-based validation of microRNAs in Oryctolagus cuniculus. Mol Biol Rep, 2010, 37(7):3575-81. [ Last edited by jaxb on 2013-12-13 at 21:12 ] |
回复此楼
