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PAML branch-site 模型
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利用PAML软件作基因正选择分析，选取四个物种ABCD，A作为前景枝，用branch-site模型，看看A种的基因组中有哪些基因收到正选择。 但是有几个问题还想请教各位高人 （1）PAML的输入文件要求候选物种的某种基因核酸序列要一一对应，那如何利用这四个物种的基因组筛选出共有的基因进行一一对应？筛选共有基因用什么软件，筛选标准是什么？把基因进行一一对应一般用什么软件？ （2）在branch-site模型中，有modelA（model=2 NS=2） modelB（model=2 NS=3） 之分，一般用哪个，有什么异同呢？ （3）在PAML的输出文件中如何认定该前景枝的基因是受到正选择呢？ 谢谢谢~~ |
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