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请教freq=readisotopes计算同位素效应的输入文件设置？
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用高斯03计算同位素效应。 计算CH2=CH-CH2-CD3 输入关键词freq=readisotopes. 下面分子坐标后加温度压强，再加原子量。 总是出错，显示failed to get reasonable mass for atom 1 atomic number 6。 我再三核对了输入文件的元素顺序应该没有错。 输入文件的顺序为 c c 1 c 2 c 3 H 1 H 1 H 2 H 3 H 3 H 4 H 4 H 4 我后面定义原子数的时候写的如下 12 12 12 12 1 1 1 1 1 2 2 2 计算就总是出错。翻看旧帖。有人说readisotopes的关键词如果只是定义压强和温度已经废弃不用。但是我要算同位素效应。请各位指教。 另外如果我把readisotopes的关键词去掉，只是在后面写上 12 12 12 12 1 1 1 1 1 2 2 2 计算可以通过。但是freq结果和没有定义D用H时是一样的。翻开旧帖应该是freq结果有区别。 所以请教如何定义同位素。 |
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out文件，D的： 1 2 3 A A A Frequencies -- 102.7741 170.1805 293.3161 Red. masses -- 2.4546 2.0640 2.0441 Frc consts -- 0.0153 0.0352 0.1036 IR Inten -- 0.0592 0.0281 0.3456 Raman Activ -- 2.5739 0.2184 1.0489 Depolar (P) -- 0.7472 0.6776 0.6533 Depolar (U) -- 0.8553 0.8078 0.7903 Dip. str. -- 2.2968 0.6594 4.6999 Rot. str. -- 2.0861 0.9186 4.6255 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 6 0.12 0.09 0.15 0.03 -0.06 0.05 -0.03 -0.07 0.01 2 6 -0.01 -0.08 -0.17 -0.01 0.04 0.01 -0.11 0.03 -0.10 3 6 0.02 -0.02 -0.13 0.00 0.05 -0.09 -0.03 0.15 0.06 4 6 -0.10 0.00 0.09 -0.01 -0.01 0.01 0.12 -0.04 0.03 5 1 0.10 0.06 0.16 0.01 -0.09 0.17 -0.21 -0.32 -0.17 6 1 0.25 0.24 0.43 0.11 -0.11 -0.03 0.23 0.08 0.29 7 1 -0.13 -0.23 -0.43 -0.07 0.09 0.09 -0.33 -0.14 -0.40 8 1 0.02 -0.07 -0.21 -0.01 0.00 -0.17 -0.07 0.18 0.09 9 1 0.15 0.08 -0.12 0.01 0.14 -0.11 -0.02 0.06 0.08 10 1 -0.12 0.10 0.23 0.38 -0.25 -0.24 0.29 -0.04 0.09 11 1 -0.04 0.09 0.10 -0.15 -0.24 0.50 -0.02 -0.24 -0.11 12 1 -0.24 -0.16 0.10 -0.27 0.38 -0.14 0.29 -0.10 0.08 4 5 6 A A A Frequencies -- 427.7045 637.9827 671.5056 Red. masses -- 2.0768 1.4456 1.7313 Frc consts -- 0.2238 0.3467 0.4600 IR Inten -- 0.8411 9.9126 1.6581 Raman Activ -- 3.5847 1.5933 0.1834 Depolar (P) -- 0.2260 0.2275 0.4277 Depolar (U) -- 0.3687 0.3707 0.5992 Dip. str. -- 7.8455 61.9852 9.8509 Rot. str. -- -4.5379 12.1808 -3.9086 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 6 0.17 -0.07 -0.01 0.02 -0.01 -0.03 0.02 0.01 0.00 2 6 0.05 0.16 -0.08 0.07 0.07 0.12 -0.01 -0.02 -0.07 3 6 -0.10 -0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 -0.02 0.00 0.04 4 6 -0.09 -0.03 -0.01 -0.03 -0.06 -0.01 -0.04 -0.02 0.11 5 1 0.01 -0.27 0.25 -0.18 -0.33 -0.55 0.06 0.08 0.19 6 1 0.49 -0.21 -0.17 0.17 0.20 0.32 0.03 -0.06 -0.10 7 1 0.07 0.21 0.01 -0.03 -0.15 -0.25 0.06 0.03 0.03 8 1 -0.31 0.17 0.30 -0.02 -0.15 -0.24 -0.08 -0.23 -0.36 9 1 -0.08 -0.33 0.17 -0.14 0.28 -0.11 0.26 0.41 -0.02 10 1 -0.18 -0.02 -0.02 -0.21 -0.08 -0.11 -0.23 -0.20 -0.27 11 1 -0.07 0.01 -0.06 0.06 0.08 0.03 -0.06 -0.03 -0.19 12 1 -0.06 -0.03 0.00 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-0.01 -0.01 -0.04 0.04 0.01 0.02 12 1 -0.10 -0.07 -0.07 0.04 0.06 0.06 -0.02 -0.01 -0.01 19 20 21 A A A Frequencies -- 1337.8939 1458.5815 1488.0212 Red. masses -- 1.3599 1.1796 1.1083 Frc consts -- 1.4341 1.4786 1.4458 IR Inten -- 1.3790 1.4935 5.9268 Raman Activ -- 4.9764 15.2219 3.8223 Depolar (P) -- 0.3274 0.3470 0.7061 Depolar (U) -- 0.4933 0.5152 0.8277 Dip. str. -- 4.1120 4.0850 15.8898 Rot. str. -- 5.4269 -4.2932 8.4915 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 6 -0.04 -0.04 0.04 -0.03 -0.02 0.02 -0.01 -0.01 0.01 2 6 0.02 0.03 -0.05 -0.10 0.01 0.03 -0.03 0.00 0.00 3 6 0.14 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 -0.08 -0.02 4 6 -0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 5 1 -0.08 -0.07 0.12 0.35 0.43 -0.38 0.10 0.12 -0.12 6 1 -0.35 0.01 0.09 0.54 -0.16 -0.12 0.16 -0.04 -0.02 7 1 0.42 -0.03 -0.14 0.27 -0.07 -0.07 0.06 0.00 0.01 8 1 -0.54 0.00 -0.17 -0.12 -0.09 -0.21 -0.21 0.34 0.55 9 1 -0.52 -0.02 -0.13 0.00 -0.23 0.06 0.04 0.64 -0.21 10 1 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 11 1 -0.07 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-0.01 0.00 0.46 -0.32 -0.02 0.39 -0.26 -0.02 12 1 -0.01 0.00 0.00 -0.10 0.14 0.54 -0.07 0.09 0.35 25 26 27 A A A Frequencies -- 2290.1181 3003.7590 3049.2709 Red. masses -- 2.3782 1.0648 1.0959 Frc consts -- 7.3488 5.6604 6.0034 IR Inten -- 12.6625 29.3983 18.7728 Raman Activ -- 40.6290 148.7149 78.5358 Depolar (P) -- 0.7172 0.1080 0.5304 Depolar (U) -- 0.8353 0.1950 0.6932 Dip. str. -- 22.0581 39.0450 24.5606 Rot. str. -- -0.6263 4.1461 -1.5338 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 2 6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 3 6 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.04 -0.05 -0.02 -0.06 0.07 4 6 0.12 -0.09 -0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 5 1 0.00 0.00 0.00 -0.01 0.01 0.00 -0.01 0.01 0.00 6 1 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.01 0.01 0.00 -0.01 0.01 7 1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 -0.01 -0.01 -0.11 0.07 8 1 0.00 0.00 0.00 0.06 0.30 -0.21 0.15 0.78 -0.48 9 1 0.03 0.01 -0.01 -0.22 0.24 0.87 0.08 -0.11 -0.32 10 1 -0.01 -0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 11 1 -0.55 0.38 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 12 1 -0.13 0.17 0.69 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.01 28 29 30 A A A Frequencies -- 3111.5655 3127.4660 3207.8878 Red. masses -- 1.0837 1.0648 1.1151 Frc consts -- 6.1816 6.1363 6.7606 IR Inten -- 23.4625 5.2602 16.4060 Raman Activ -- 46.7003 147.9138 74.3434 Depolar (P) -- 0.4008 0.1058 0.6092 Depolar (U) -- 0.5722 0.1913 0.7571 Dip. str. -- 30.0817 6.7099 20.4028 Rot. str. -- 0.3904 0.6782 -1.8568 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 6 -0.01 0.00 0.00 -0.05 -0.03 0.04 -0.05 0.08 -0.03 2 6 -0.01 -0.07 0.04 0.01 0.02 -0.01 0.00 0.01 -0.01 3 6 0.00 -0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 4 6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 5 1 0.18 -0.14 0.01 0.45 -0.34 0.04 0.64 -0.47 0.04 6 1 0.01 0.10 -0.06 0.06 0.67 -0.42 -0.06 -0.49 0.32 7 1 0.04 0.81 -0.50 -0.01 -0.18 0.11 -0.01 -0.10 0.06 8 1 0.02 0.10 -0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.01 0.01 9 1 0.02 -0.02 -0.05 -0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 10 1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 11 1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 12 1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 ------------------- - Thermochemistry - ------------------- Temperature 298.150 Kelvin. Pressure 1.00000 Atm. Atom 1 has atomic number 6 and mass 12.00000 Atom 2 has atomic number 6 and mass 12.00000 Atom 3 has atomic number 6 and mass 12.00000 Atom 4 has atomic number 6 and mass 12.00000 Atom 5 has atomic number 1 and mass 1.00783 Atom 6 has atomic number 1 and mass 1.00783 Atom 7 has atomic number 1 and mass 1.00783 Atom 8 has atomic number 1 and mass 1.00783 Atom 9 has atomic number 1 and mass 1.00783 Atom 10 has atomic number 1 and mass 2.01410 Atom 11 has atomic number 1 and mass 2.01410 Atom 12 has atomic number 1 and mass 2.01410 Molecular mass: 59.08143 amu. Principal axes and moments of inertia in atomic units: 1 2 3 EIGENVALUES -- 91.40846 487.98482 498.93416 X 0.99961 -0.02287 -0.01597 Y 0.01614 0.94117 -0.33754 Z 0.02275 0.33715 0.94118 This molecule is an asymmetric top. Rotational symmetry number 1. Rotational temperatures (Kelvin) 0.94755 0.17749 0.17360 Rotational constants (GHZ): 19.74370 3.69836 3.61719 Zero-point vibrational energy 258423.3 (Joules/Mol) 61.76464 (Kcal/Mol) Warning -- explicit consideration of 4 degrees of freedom as vibrations may cause significant error Vibrational temperatures: 147.87 244.85 422.02 615.37 917.91 (Kelvin) 966.15 1068.02 1341.88 1366.13 1384.75 1439.84 1495.38 1550.85 1556.62 1622.16 1675.48 1823.00 1901.09 1924.93 2098.57 2140.93 2451.01 3126.00 3285.55 3294.97 4321.73 4387.22 4476.84 4499.72 4615.43 Zero-point correction= 0.098428 (Hartree/Particle) Thermal correction to Energy= 0.104018 Thermal correction to Enthalpy= 0.104962 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.070383 Sum of electronic and zero-point Energies= -157.187310 Sum of electronic and thermal Energies= -157.181720 Sum of electronic and thermal Enthalpies= -157.180776 Sum of electronic and thermal Free Energies= -157.215355 |
9楼2013-12-09 09:39:53
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-------------------------------------------------------------------------------------- # freq=(noraman,readisotopes) ub3lyp/6-31++G(d,p) opt Title Card Required 1 2 O 4.53438900 -2.22112600 0.11517600 H 0.00000000 0.00000000 0.00000000 298.15,1.0 16 2 ---------------------------------- 温度和压强应该按照上面的那种格式来输入，如果还是不正确的话你换做笛卡尔坐标试试~ |
2楼2013-12-02 18:14:18
zhangmt
至尊木虫 (著名写手)
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1、readisotopes不是不可以用，但是属于已被废弃，不建议使用。如果你依然喜欢用，还是可以用的，包括你算同位素效应，用法不变。 2、新的使用方法（其实已经不新了），除了温度、压强新增了关键字，对于同位素则更简单，就是在你写坐标的时候，在相应的元素名称后面写上(iso=n)即可，举例而言： #p hf/3-21g freq title 0 1 O(iso=17) 0.0 0.0 0.0 H 1.0 0.0 0.0 H(iso=2) 0.0 0.0 1.0 ========== iso后面可以接两种格式的数据，如果是实数，则严格按照你输入的数据执行，比如，你写(iso=17.000)，那么计算的时候O同位素就采用17.000，如果你写的是整数，比如上面的例子，那么O同位素采用的是实际相应的精确同位素质量17O(16.99913)，2H(2.01410), 同时你没有特别说明的那个H，则自动采用1H的精确质量(1.00783)，我这么解释，你清楚了没？ |
3楼2013-12-03 09:17:28
4楼2013-12-06 19:23:45