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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请教freq=readisotopes计算同位素效应的输入文件设置？
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些小

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请教freq=readisotopes计算同位素效应的输入文件设置？

用高斯03计算同位素效应。
计算CH2=CH-CH2-CD3
输入关键词freq=readisotopes.
下面分子坐标后加温度压强，再加原子量。
总是出错，显示failed to get reasonable mass for atom 1 atomic number 6。
我再三核对了输入文件的元素顺序应该没有错。
输入文件的顺序为
c
c     1
c      2
c      3
H      1
H      1
H      2
H      3
H      3
H      4
H      4
H      4
我后面定义原子数的时候写的如下
12
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2
2
计算就总是出错。翻看旧帖。有人说readisotopes的关键词如果只是定义压强和温度已经废弃不用。但是我要算同位素效应。请各位指教。
另外如果我把readisotopes的关键词去掉，只是在后面写上
12
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2
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2
计算可以通过。但是freq结果和没有定义D用H时是一样的。翻开旧帖应该是freq结果有区别。
所以请教如何定义同位素。
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1楼2013-12-02 16:21:42
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些小

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhangmt at 2013-12-07 01:06:04
我能说什么呢？
你没有提供输入文件和输出文件的情况下，我只能说要么你看错了，要么你输入文件写错了。不同的同位素计算频率，怎么可能是一样的结果呢？...

你好。我回去详细看了一下输入文件和out文件以及chk文件。在out文件中热力学数据是不一样。但是freq的数据基本没差别，用高斯view看chk文件，IR的图谱是一样的。
输入文件为：
H的
%chk=1-butene-skew-C1-b3lyp 5 freq-1.chk
%mem=6MW
%nproc=1
#p freq=(raman,vcd) b3lyp geom=connectivity aug-cc-pvtz

Title Card Required

0 1
C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
H                  1              B4    2              A3    3              D2
H                  1              B5    2              A4    3              D3
H                  2              B6    1              A5    3              D4
H                  3              B7    2              A6    1              D5
H                  3              B8    2              A7    1              D6
H                  4              B9    3              A8    2              D7
H                  4             B10    3              A9    2              D8
H                  4             B11    3             A10    2              D9

   B1             1.32732166
   B2             1.49908828
   B3             1.53392413
   B4             1.08175755
   B5             1.08382230
   B6             1.08737229
   B7             1.09221111
   B8             1.09510683
   B9             1.09158404
   B10            1.09069104
   B11            1.09060736
   A1           125.50458339
   A2           112.86482817
   A3           121.69352147
   A4           121.53949364
   A5           118.78096588
   A6           109.51696512
   A7           108.99690200
   A8           111.14854496
   A9           110.97847634
   A10          110.96806107
   D1           120.15102802
   D2          -179.67117422
   D3             0.45166366
   D4           179.35667563
   D5            -2.72455443
   D6          -119.02505515
   D7            57.96819542
   D8           177.86632852
   D9           -61.86141506

1 2 2.0 5 1.0 6 1.0
2 3 1.0 7 1.0
3 4 1.0 8 1.0 9 1.0
4 10 1.0 11 1.0 12 1.0
5
6
7
8
9
10
11
12

D的：
%chk=1-butene-skew-C1-b3lyp 5D freq-4.chk
%mem=6MW
%nproc=1
#p freq=(raman,vcd) b3lyp geom=connectivity aug-cc-pvtz

Title Card Required

0 1
C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
H                  1              B4    2              A3    3              D2
H                  1              B5    2              A4    3              D3
H                  2              B6    1              A5    3              D4
H                  3              B7    2              A6    1              D5
H                  3              B8    2              A7    1              D6
H(iso=2)           4              B9    3              A8    2              D7
H(iso=2)           4             B10    3              A9    2              D8
H(iso=2)           4             B11    3             A10    2              D9

   B1             1.32732166
   B2             1.49908828
   B3             1.53392413
   B4             1.08175755
   B5             1.08382230
   B6             1.08737229
   B7             1.09221111
   B8             1.09510683
   B9             1.09158404
   B10            1.09069104
   B11            1.09060736
   A1           125.50458339
   A2           112.86482817
   A3           121.69352147
   A4           121.53949364
   A5           118.78096588
   A6           109.51696512
   A7           108.99690200
   A8           111.14854496
   A9           110.97847634
   A10          110.96806107
   D1           120.15102802
   D2          -179.67117422
   D3             0.45166366
   D4           179.35667563
   D5            -2.72455443
   D6          -119.02505515
   D7            57.96819542
   D8           177.86632852
   D9           -61.86141506

1 2 2.0 5 1.0 6 1.0
2 3 1.0 7 1.0
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4 10 1.0 11 1.0 12 1.0
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7楼2013-12-09 09:29:48
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marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2013-12-02 19:38:09
些小: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-12-03 15:17:32
--------------------------------------------------------------------------------------
# freq=(noraman,readisotopes) ub3lyp/6-31++G(d,p) opt

Title Card Required

1 2
O                  4.53438900   -2.22112600    0.11517600
H                  0.00000000    0.00000000    0.00000000

298.15,1.0
16
  2
----------------------------------

温度和压强应该按照上面的那种格式来输入，如果还是不正确的话你换做笛卡尔坐标试试~
赞一下 回复此楼
思想有多远，我们就能走多远~
2楼2013-12-02 18:14:18
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+5 2013-12-03 10:25:40
些小: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-12-03 15:18:37
1、readisotopes不是不可以用，但是属于已被废弃，不建议使用。如果你依然喜欢用，还是可以用的，包括你算同位素效应，用法不变。
2、新的使用方法（其实已经不新了），除了温度、压强新增了关键字，对于同位素则更简单，就是在你写坐标的时候，在相应的元素名称后面写上(iso=n)即可，举例而言：

#p hf/3-21g freq

title

0 1
O(iso=17) 0.0 0.0 0.0
H 1.0 0.0 0.0
H(iso=2) 0.0 0.0 1.0

==========
iso后面可以接两种格式的数据，如果是实数，则严格按照你输入的数据执行，比如，你写(iso=17.000)，那么计算的时候O同位素就采用17.000，如果你写的是整数，比如上面的例子，那么O同位素采用的是实际相应的精确同位素质量17O(16.99913)，2H(2.01410), 同时你没有特别说明的那个H，则自动采用1H的精确质量(1.00783)，我这么解释，你清楚了没？
赞一下 回复此楼
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
3楼2013-12-03 09:17:28
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些小

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by marson at 2013-12-02 18:14:18
--------------------------------------------------------------------------------------
# freq=(noraman,readisotopes) ub3lyp/6-31++G(d,p) opt

Title Card Required

1 2
O                  4.5343 ...

谢谢你的解答，很清楚。
我按照你的方法重新建立了输入文件。果然不报错了。但是计算结果出来，和没有定义同位素是一样的。我想计算H和D的不同IR谱图，我看文献，说freq结果是有区别的，但是我算出来是 一样的。请问你知道是怎么回事吗？？？
谢谢！
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-12-06 19:23:45
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