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请教freq=readisotopes计算同位素效应的输入文件设置？
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用高斯03计算同位素效应。 计算CH2=CH-CH2-CD3 输入关键词freq=readisotopes. 下面分子坐标后加温度压强，再加原子量。 总是出错，显示failed to get reasonable mass for atom 1 atomic number 6。 我再三核对了输入文件的元素顺序应该没有错。 输入文件的顺序为 c c 1 c 2 c 3 H 1 H 1 H 2 H 3 H 3 H 4 H 4 H 4 我后面定义原子数的时候写的如下 12 12 12 12 1 1 1 1 1 2 2 2 计算就总是出错。翻看旧帖。有人说readisotopes的关键词如果只是定义压强和温度已经废弃不用。但是我要算同位素效应。请各位指教。 另外如果我把readisotopes的关键词去掉，只是在后面写上 12 12 12 12 1 1 1 1 1 2 2 2 计算可以通过。但是freq结果和没有定义D用H时是一样的。翻开旧帖应该是freq结果有区别。 所以请教如何定义同位素。 |
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你好。我回去详细看了一下输入文件和out文件以及chk文件。在out文件中热力学数据是不一样。但是freq的数据基本没差别，用高斯view看chk文件，IR的图谱是一样的。 输入文件为： H的 %chk=1-butene-skew-C1-b3lyp 5 freq-1.chk %mem=6MW %nproc=1 #p freq=(raman,vcd) b3lyp geom=connectivity aug-cc-pvtz Title Card Required 0 1 C C 1 B1 C 2 B2 1 A1 C 3 B3 2 A2 1 D1 H 1 B4 2 A3 3 D2 H 1 B5 2 A4 3 D3 H 2 B6 1 A5 3 D4 H 3 B7 2 A6 1 D5 H 3 B8 2 A7 1 D6 H 4 B9 3 A8 2 D7 H 4 B10 3 A9 2 D8 H 4 B11 3 A10 2 D9 B1 1.32732166 B2 1.49908828 B3 1.53392413 B4 1.08175755 B5 1.08382230 B6 1.08737229 B7 1.09221111 B8 1.09510683 B9 1.09158404 B10 1.09069104 B11 1.09060736 A1 125.50458339 A2 112.86482817 A3 121.69352147 A4 121.53949364 A5 118.78096588 A6 109.51696512 A7 108.99690200 A8 111.14854496 A9 110.97847634 A10 110.96806107 D1 120.15102802 D2 -179.67117422 D3 0.45166366 D4 179.35667563 D5 -2.72455443 D6 -119.02505515 D7 57.96819542 D8 177.86632852 D9 -61.86141506 1 2 2.0 5 1.0 6 1.0 2 3 1.0 7 1.0 3 4 1.0 8 1.0 9 1.0 4 10 1.0 11 1.0 12 1.0 5 6 7 8 9 10 11 12 D的： %chk=1-butene-skew-C1-b3lyp 5D freq-4.chk %mem=6MW %nproc=1 #p freq=(raman,vcd) b3lyp geom=connectivity aug-cc-pvtz Title Card Required 0 1 C C 1 B1 C 2 B2 1 A1 C 3 B3 2 A2 1 D1 H 1 B4 2 A3 3 D2 H 1 B5 2 A4 3 D3 H 2 B6 1 A5 3 D4 H 3 B7 2 A6 1 D5 H 3 B8 2 A7 1 D6 H(iso=2) 4 B9 3 A8 2 D7 H(iso=2) 4 B10 3 A9 2 D8 H(iso=2) 4 B11 3 A10 2 D9 B1 1.32732166 B2 1.49908828 B3 1.53392413 B4 1.08175755 B5 1.08382230 B6 1.08737229 B7 1.09221111 B8 1.09510683 B9 1.09158404 B10 1.09069104 B11 1.09060736 A1 125.50458339 A2 112.86482817 A3 121.69352147 A4 121.53949364 A5 118.78096588 A6 109.51696512 A7 108.99690200 A8 111.14854496 A9 110.97847634 A10 110.96806107 D1 120.15102802 D2 -179.67117422 D3 0.45166366 D4 179.35667563 D5 -2.72455443 D6 -119.02505515 D7 57.96819542 D8 177.86632852 D9 -61.86141506 1 2 2.0 5 1.0 6 1.0 2 3 1.0 7 1.0 3 4 1.0 8 1.0 9 1.0 4 10 1.0 11 1.0 12 1.0 5 6 7 8 9 10 11 12 |
7楼2013-12-09 09:29:48
【答案】应助回帖
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gmy1990: 金币+2 2013-12-02 19:38:09
些小: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-12-03 15:17:32
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-------------------------------------------------------------------------------------- # freq=(noraman,readisotopes) ub3lyp/6-31++G(d,p) opt Title Card Required 1 2 O 4.53438900 -2.22112600 0.11517600 H 0.00000000 0.00000000 0.00000000 298.15,1.0 16 2 ---------------------------------- 温度和压强应该按照上面的那种格式来输入，如果还是不正确的话你换做笛卡尔坐标试试~ |
2楼2013-12-02 18:14:18
zhangmt
至尊木虫 (著名写手)
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- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
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gkf高: 金币+5 2013-12-03 10:25:40
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些小: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-12-03 15:18:37
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1、readisotopes不是不可以用，但是属于已被废弃，不建议使用。如果你依然喜欢用，还是可以用的，包括你算同位素效应，用法不变。 2、新的使用方法（其实已经不新了），除了温度、压强新增了关键字，对于同位素则更简单，就是在你写坐标的时候，在相应的元素名称后面写上(iso=n)即可，举例而言： #p hf/3-21g freq title 0 1 O(iso=17) 0.0 0.0 0.0 H 1.0 0.0 0.0 H(iso=2) 0.0 0.0 1.0 ========== iso后面可以接两种格式的数据，如果是实数，则严格按照你输入的数据执行，比如，你写(iso=17.000)，那么计算的时候O同位素就采用17.000，如果你写的是整数，比如上面的例子，那么O同位素采用的是实际相应的精确同位素质量17O(16.99913)，2H(2.01410), 同时你没有特别说明的那个H，则自动采用1H的精确质量(1.00783)，我这么解释，你清楚了没？ |
3楼2013-12-03 09:17:28
4楼2013-12-06 19:23:45
