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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请教freq=readisotopes计算同位素效应的输入文件设置？
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些小

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请教freq=readisotopes计算同位素效应的输入文件设置？

用高斯03计算同位素效应。
计算CH2=CH-CH2-CD3
输入关键词freq=readisotopes.
下面分子坐标后加温度压强，再加原子量。
总是出错，显示failed to get reasonable mass for atom 1 atomic number 6。
我再三核对了输入文件的元素顺序应该没有错。
输入文件的顺序为
c
c     1
c      2
c      3
H      1
H      1
H      2
H      3
H      3
H      4
H      4
H      4
我后面定义原子数的时候写的如下
12
12
12
12
1
1
1
1
1
2
2
2
计算就总是出错。翻看旧帖。有人说readisotopes的关键词如果只是定义压强和温度已经废弃不用。但是我要算同位素效应。请各位指教。
另外如果我把readisotopes的关键词去掉，只是在后面写上
12
12
12
12
1
1
1
1
1
2
2
2
计算可以通过。但是freq结果和没有定义D用H时是一样的。翻开旧帖应该是freq结果有区别。
所以请教如何定义同位素。
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1楼 2013-12-02 16:21:42
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
引用回帖:
5楼: Originally posted by 些小 at 2013-12-06 19:24:01
谢谢你的解答，很清楚。
我按照你的方法重新建立了输入文件。果然不报错了。但是计算结果出来，和没有定义同位素是一样的。我想计算H和D的不同IR谱图，我看文献，说freq结果是有区别的，但是我算出来是 一样的。请 ...

其实，你贴log文件附件是最省事的，可以直接用GView来看振动，你这样贴文字看起来很困难。
就说说“freq结果是有区别的，但是我算出来是 一样的”吧。
因为你仅对10-11-12三个H原子改成D，因此，你需要寻找对应这三个原子的振动模式来对比频率，与此三原子无关的振动，频率改变当然会非常小。举例而言，
第2个振动频率，对应甲基旋转，原频率229.05，氘代后变为170.18
第6个振动，对应的剪式振动，原频率797.77，氘代后为671.51
第7个振动，11号H的摆动，原频率857.49，氘代后为742.31
第17个振动，原频率1409.38，氘代后对应第15个频率1127.46
……
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
11楼2013-12-09 14:04:24
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marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2013-12-02 19:38:09
些小: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-12-03 15:17:32
--------------------------------------------------------------------------------------
# freq=(noraman,readisotopes) ub3lyp/6-31++G(d,p) opt

Title Card Required

1 2
O                  4.53438900   -2.22112600    0.11517600
H                  0.00000000    0.00000000    0.00000000

298.15,1.0
16
  2
----------------------------------

温度和压强应该按照上面的那种格式来输入，如果还是不正确的话你换做笛卡尔坐标试试~
赞一下 回复此楼
思想有多远，我们就能走多远~
2楼2013-12-02 18:14:18
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+5 2013-12-03 10:25:40
些小: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-12-03 15:18:37
1、readisotopes不是不可以用，但是属于已被废弃，不建议使用。如果你依然喜欢用，还是可以用的，包括你算同位素效应，用法不变。
2、新的使用方法（其实已经不新了），除了温度、压强新增了关键字，对于同位素则更简单，就是在你写坐标的时候，在相应的元素名称后面写上(iso=n)即可，举例而言：

#p hf/3-21g freq

title

0 1
O(iso=17) 0.0 0.0 0.0
H 1.0 0.0 0.0
H(iso=2) 0.0 0.0 1.0

==========
iso后面可以接两种格式的数据，如果是实数，则严格按照你输入的数据执行，比如，你写(iso=17.000)，那么计算的时候O同位素就采用17.000，如果你写的是整数，比如上面的例子，那么O同位素采用的是实际相应的精确同位素质量17O(16.99913)，2H(2.01410), 同时你没有特别说明的那个H，则自动采用1H的精确质量(1.00783)，我这么解释，你清楚了没？
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
3楼2013-12-03 09:17:28
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些小

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by marson at 2013-12-02 18:14:18
--------------------------------------------------------------------------------------
# freq=(noraman,readisotopes) ub3lyp/6-31++G(d,p) opt

Title Card Required

1 2
O                  4.5343 ...

谢谢你的解答，很清楚。
我按照你的方法重新建立了输入文件。果然不报错了。但是计算结果出来，和没有定义同位素是一样的。我想计算H和D的不同IR谱图，我看文献，说freq结果是有区别的，但是我算出来是 一样的。请问你知道是怎么回事吗？？？
谢谢！
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4楼2013-12-06 19:23:45
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