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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 化学化工区 » 环境 » 交流探讨 » 序列嵌合体检查
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xiaoyong1983

木虫 (小有名气)

[求助] 序列嵌合体检查

请教坛子里的各位经验高手，环境样品中微生物群落分析过程中，提取总细菌的DNA，测序后，如何判断序列是否嵌合体呀？请大家知无不言，言无不尽，谢谢大家了！
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科研呀科研
1楼 2013-11-14 22:11:47
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cz200717

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
xiaoyong1983: 金币+5, ★★★很有帮助, 这个我知道，觉得不太好用，但是谢谢你 2013-11-18 19:01:29
xuweimbf: 金币+1, 积极应助。 2013-11-19 08:07:32
http://comp-bio.anu.edu.au/bellerophon/bellerophon.pl用这个就可以
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2楼2013-11-18 16:06:20
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cz200717

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

内容已删除
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3楼2013-11-18 20:13:52
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xiaoyong1983

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cz200717 at 2013-11-18 20:13:52
mothur软件什么的也可以，只是复杂一点，这个网站的方便…………...

请教个问题哈，这网站上辨别的嵌合体并不一定都是嵌合体，也就是说可能把正常的序列也认为是嵌合体，这种如何区分呀？
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科研呀科研
4楼2013-11-18 21:55:04
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cz200717

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaoyong1983 at 2013-11-18 21:55:04
请教个问题哈，这网站上辨别的嵌合体并不一定都是嵌合体，也就是说可能把正常的序列也认为是嵌合体，这种如何区分呀？...

的确有这个问题，后来我用软件，还是有这个问题。反正我后来就是把可能的嵌合体序列Blast,如果相似度很低的话就确认是嵌合体……感觉这些软件都不太靠谱，不知道有没有好点的检测软件。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2013-11-18 23:34:21
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匿名

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6楼2014-06-05 10:54:57
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