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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » temperature-accelerated molecular dynamics
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zxl102623

银虫 (正式写手)

[交流] temperature-accelerated molecular dynamics

大家好，最近在看一些文献，关注到有temperature-accelerated molecular dynamics这样的动力学，我一直以来是做常规动力学的，不知道这个动力学是如何做的，文章中是这样描述的：见附件

不知道有没有知道的指点一下，谢谢先
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  • 附件 1 : PNAS-2010-Abrams-4961-6.pdf
    • 2013-11-12 10:34:26, 446.11 K

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1楼 2013-11-12 10:35:21
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emrecoba

银虫 (正式写手)
★ ★
zxl102623(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-12 19:04:05
这个是用来研究生物大分子的free energy surface 和折叠情况的。基本原理是通过较高的温度来突破原来在室温下无法突破的能垒，从而可以得到更全面的系综信息。
很多开源分子动力学软件都能实现。
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5楼2013-11-12 15:35:07
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pigrass

专家顾问 (著名写手)
★
zxl102623(金币+1): 谢谢参与
估计要自己编程。。。
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3楼2013-11-12 11:15:07
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zxl102623

银虫 (正式写手)
顶起来，没人做过吗
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4楼2013-11-12 14:53:15
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zxl102623(金币+1): 谢谢参与
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-15 09:47:56
这种一般都是在现有的动力学软件基础上去修改计算流程 使得其适合于模拟高温下的动力学 加速整个模拟过程的速度 又需要避免引入不稳定因素和过大的误差  实际去做的话需要找一下做这种模拟的文章 看看大家比较认可的一些软件是什么  总体来说 这个还处在发展阶段 不要指望拿出一个太成熟的软件包来
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7楼2013-11-14 11:24:44
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