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分子对接软件HEX介绍
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在前些日子发了一个AutoDock的使用札记 见 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=644156 一时手痒，再次把HEX使用方法总结放在这里。如果大家支持，我会逐渐把自己的软件使用心得拿出来给大家共享的。 HEX是运行在各个平台的分子对接软件，主要用于考察大分子之间的相互作用，对学术用户免费。 下载： http://www.csd.abdn.ac.uk/hex/ 分为如下几个版本： windows sgi linux（rh9） linux（fc4） －－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－ HEX的安装 对于linux（fc4）版本安装，需要文件： hex-4e-rt.tgz 数据文件，各个平台都需要 hex-4e-lnx-fc4.tgz 可执行文件，用于intel fc4平台。 对于readme中提到的hex_configure.bin文件，其实是调用上述两个文件，所以手动安装的情况下不需要该文件。 #cd /usr/local #mkdir hex #tar zxvf 路径/hex-4e-lnx-fc4.tgz 释放出exe目录，其中有两个可执行文件。 #tar zxvf 路径/hex-4e-rt.tgz 释放出其他目录。 #vi /etc/bashrc 编辑/etc/bashrc文件，添加如下信息： export HEX_ROOT = /usr/local/hex # required #export HEX_PDB= /home/dritchie/pdb #export HEX_MACROS= #export HEX_COLOUR= #export HEX_DATA= export HEX_CACHE= /tmp/hex_cache export HEX_STARTUP= $HEX_ROOT/examples/startup.mac export HEX_CPUS= 2 export HEX_MESSAGES= yes export HEX_STEREO= yes PATH = $PATH:$HEX_ROOT/bin :wq 保存退出。 安装完毕。 －－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－ 使用非常简单，图形界面，分别输入两个蛋白，然后运行就可以了。 [ Last edited by wjmed on 2007-12-14 at 09:01 ] |
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