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[转贴]生物信息学从入门到精通
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[分享]生物信息学从入门到精通 第一阶段：入门期。 建议用书：《生物信息学-- 基因和蛋白质分析的实用指南》或 《生物信息学》 下载：http://www.bio-soft.net/ 该阶段目标：弄清生物信息学的一些基本概念，研究内容等，并结合实例亲手进行DNA序列的查找，BLAST，FASTA等分析。 第二阶段：深入期 建议用书：Beginning Perl for Bioinformatics、Mastering Perl For Bioinformatics、Oreilly BLAST 下载：http://www.dnathink.org推荐网站：http://www.bioperl.org 要真正的领会生物信息学的精髓，必须亲自进行应用程序的编写。目前用于生物信息学软件开发程序语言有：perl python java 等，但perl最流行和较成熟。故笔者推荐PERL。 该阶段目标：掌握PERL语言，结合开放的源程序（如BLAST、BIOPERL MODULE，特别是几个经典的module）研究透几个经典的算法：如Needleman-Wunsch、Smith-Waterman、 Dynamic Programming等，并亲自编写、改进程序以适合己用。 学习编程、算法可能对未接触过它的生物学生是一个瓶颈，但只有翻过这座山，生物信息学的学习才能上一个档次。(学习PERL语法，可结合Beginning Perl for Bioinformatics一书，普通例子结合分子生物学例子，更有针对性） （附：windows环境下的PERL编译器：ActivePerl (下载：http://aspn.activestate.com/ASPN/Downloads/ActivePerl/ ) 第三阶段：针对自己的研究领域，选一个相应的生物信息学的发展方向。 |
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我认为从事与生物信息学相关的人有两种： 1) 用生物信息的人：把生物信息作为工具。在当代，即使做为纯正的生物学家，也应该掌握数据库查询，学会各种应用软件的使用。作PCR不会设计引物，作microarray不会分析数据，作克隆不懂找酶切点，找同源不会作blast，作进化不会建树，在当代我认为多少有些落伍。他们把生物信息作为自己辅助的工具，但不是bioinformatist 2) bioinformatist是能大规模调动数据或设计工具、方法大规模调动数据的人。这些数据不可能靠一个人来产生，而是许多人实验的结果。bioinformatist有两个主要目的：一是设计工具方法帮助生物学家（作算法数据库），二是从大规模数据中发现新的规律（自主研究）。 生物学家不必成为bioinformatist，但应该成为用生物信息的人。 如果接受了我的定义，成为bioinformatist的转折点就是编程，perl/c/shell/VB/...都可以；因为只有会编程才可能大规模处理数据。而且，只要会编程，再加上一颗清晰、好学的大脑，你就可能成为优秀的bioinformatist. 楼主所说的没有区分不同的情况。我提一套简单的方案： “方案1，对学生物的朋友”，掌握unix的基本操作，学会perl；工作中逐渐学习相关的数理知识 “方案2，适合计算机背景的朋友”，系统学习一、两门生物课是必要的；其它知识在工作中慢慢补，遇到不会的，多查书，多google；如果喜欢作数据库，这方面要加强。 “方案3，数学背景的朋友（强调统计学），和计算机的朋友差不多”，“建议加强统计模型的算法分析”，掌握unix的基本操作，学会perl 关键是边用边学，边学边用，不过有机会的话最好系统掌握。 |
2楼2007-12-13 21:46:19
3楼2007-12-14 12:38:26
4楼2007-12-14 13:15:19
5楼2007-12-14 13:17:25
6楼2007-12-16 15:35:56
8楼2008-03-10 18:58:50
9楼2008-03-22 07:55:05
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2008-03-10 16:26
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